境内河流属淮河流域沂沭泗水系。京杭运河斜擦县境，全县直接流入此河的河流有新万福河、老万福河、惠河、西支河、东鱼河、复新河、东边河。老万福河的支流有东沟、鱼清河、小郭河、小俞河、小苏河、白马河；惠河的支流为金鱼河；西支河的支流为幸福河；东边河的支流为苏鲁边河。上述17条河流境内长266.63公里，境内流域面积654.2平方公里。
新万福河 1821～1850年(清道光年间)，万福河在金乡县城北屡决北堤，冲成南、北大溜，沿县境入湖的南大溜于1957年浚治后名为新万福河。1964年金乡县于刘堂村筑坝，此后原万福河上游之水全由新万福河入湖。其源在东明县八里寺，经菏泽、定陶、金乡，于金乡县的高河店村东入境，沿鱼台、济宁边界流入南阳湖。口宽70米，底宽40米，全长71公里，总流域面积1330平方公里，境内长18.5公里，境内流域面积38.97平方公里。
老万福河 其前身是黄河南迁后的菏水，自金乡县入境后，经相里集南东流，至古塌场口入运河。1690年(清康熙二十九年)，知县马得祯沿菏水故道，从北田寺至柳沟开掘新河，名为新开河。道光年间，因河床淤塞，泄水不畅，于金乡县城北决口冲成的南、北两大溜成其支流。因南大溜疏浚后为新万福河，故原河称老万福河。其源在金乡县王杰村北，东经金乡县高河店入境，过清河镇南，至武台乡吴坑村入南阳湖。口宽80米，底宽50米，全长33公里，总流域面积563平方公里，境内长18.4公里，境内流域面积76.71平方公里。
东沟河 1824年(清道光四年)，由金乡、鱼台两县共同开挖。源于金乡县兴隆乡张湾村南，东北经张楼、康桥，至鱼台县罗屯乡西张集西北，沿金、鱼边界于罗屯乡军城村西北入老万福河。口宽30～37米，底宽18米，全长20公里，总流域面积105平方公里，沿境长8.5公里，境内流域面积23平方公里。
鱼清河 1958年12月平地开挖成河。南起鱼城北双集，北经陈楼、李阁乡，沿罗屯、石集两乡边界至清河涯桥西入老万福河。口宽50米，底宽5～20米，全长14.8公里，流域面积67平方公里。
小郭河 初为李阁、罗屯两乡边界排水沟，1973年12月开挖成河。西起罗屯乡郭河村东北，沿罗屯、李阁两乡边界，先东北，折而东，至李阁乡张寨村北入鱼清河。口宽40米，底宽10米，全长8.44公里，总流域面积22.5平方公里。
白马河 又名“八里河”。1836年(清道光十六年)开挖。源于单县城东杨集，东北流，经金乡县东部入境。1964年，在金乡县张集村北将上游段改道入惠河。1968年，又为东鱼河截于改道处。自截流以下，穿金鱼河，汇小苏河、小俞河，至武台乡常李寨入老万福河。口宽60米，底宽10～35米，全长28.8公里，总流域面积155.3平方公里，境内长24公里，境内流域面积70.45平方公里。
小苏河 发源于金乡县司马乡魏门楼村，东北流，于陈楼乡西李集村北入境，沿陈楼、李阁两乡边界而东，至李阁乡解河村南入白马河。口宽45米，底宽16～18米，全长22公里，总流域面积86平方公里，境内长7.29公里，境内流域面积8.66平方公里。
小俞河 1966年开挖。东起石集乡韩庙村东南接白马河，西至李阁乡许庄村西北接鱼清河。口宽40米，底宽10米，全长4.4公里，流域面积5平方公里。
惠河 1936年开挖。源自单县东南龙王庙东大孟庄，东北流，沿江苏丰县与山东金乡县边界，于金乡县核桃园村入境。1964年，原惠河大孟庄至金乡、丰县交界处一段河道引入苏鲁边河。1968年，被东鱼河截于入境处，被截的上游河段成为东鱼河的支流。下游西南起鱼城镇杨楼村，东北过鱼城镇，穿王庙乡，沿武台、王鲁两乡边界，至王鲁乡齐楼村入南阳湖。口宽55米，底宽20～40米，境内长27公里，境内流域面积85平方公里。
西支河 1864年(清同治三年)，江苏丰县人掘太行堤为泄水入湖，平地开挖成河。源起丰县徐堤口，北经十字河于周堂乡前张庄东南入境。1968年，被东鱼河截于唐马乡郭楼村西，郭楼村以上至十字河一段遂湮。境内河段自郭楼村经谷亭镇至微山县摆渡口入昭阳湖。口宽55米，底宽10～30米，境内长16公里，境内流域面积96平方公里。
幸福河 1974年12月开挖。东起王庙乡常店村东南，沿王庙乡南部，至周堂乡树李村北穿枣曹公路，止于王庙乡田吴村北。口宽40米，底宽10米，全长8.5公里，流域面积15.89平方公里。
东鱼河 系南四湖流域治理工程局设计开挖的大型排水骨干河道。1967年春动工，1970年竣工。初名“红卫河”，1985年更名为“东鱼河”。西起东明县刘楼村，经菏泽、曹县、成武、单县、金乡，至鱼城镇杨楼村入境，穿周堂、唐马，于谷亭镇西姚村西入昭阳湖。口宽230米，底宽215米，全长175公里，总流域面积5923平方公里，境内长30.7公里，境内流域面积65.87平方公里。
复新河 又名“复兴河”。发源于安徽省砀山县北玄帝庙，经丰县城北，东北流，至老砦乡刘寨村入境，再折向北至双楼村东入昭阳湖。口宽190米，底宽160米，全长54公里，总流域面积1812平方公里，境内长8.3公里，境内流域面积38平方公里。
苏鲁边 河是苏、鲁两省的界河。原为苏北防洪堤的取土沟，1958～1959年开挖成河。西起鱼城镇杨楼村，东经周堂乡、唐马乡南界，至老砦乡刘寨村穿复新河，又东与沛县小沂河相连，再东至老砦乡西城村东南接东边河。口宽50米，底宽10～25米，全长30.9公里，总流域面积86平方公里，境内流域面积13.34平方公里。
东边河 又名“姚楼河”。1864年(清同治三年)开挖。自入境处至老砦乡沙河村一段为鱼台、沛县两县的界河，故名“东边河”。源于沛县郭口村，东北流，经沛县朱王庄、三河尖，至沛县刘新庄入境。入境处西连苏鲁边河，后沿两县边界北流，穿老砦乡东部，至微山县南田村入昭阳湖。口宽60米，底宽20～40米，全长33.5公里，总流域面积113平方公里，境内长8.5公里，境内流域面积13.23平方公里。
金鱼河 1958年开挖。西起金乡县城东关，沿东丰公路南至鱼城镇。原设计为水上航道，故又名“金鱼运河”。因堤防残缺，河槽淤浅，遂渐废弃。
京杭运河 1289年(元世祖至元二十六年)会通河开通，济宁至徐州河段纵穿县境。1565年(明嘉靖四十四年)，因南阳至沛县一段运道淤塞，遂于夏镇至南阳开挖新河，境内运道废弃。1958年10月，北起济宁县石佛村，沿“南四湖”西岸筑堤防洪，运河改道湖西。沿境长32公里，境内流域面积19.84平方公里。
附：古河道
泗水 古泗水是元代以前流经境内的一条主要河道。源于泗水县东南陪尾山麓，流经泗水、曲阜城北，兖州城南，邹县城西至今微山县鲁桥西入南阳湖。原河由鲁桥南流，经南阳，穿谷亭，折而东南，经湖陵城旧址(今微山县程子庙)，过沛县东，经徐州至淮阴入淮河。全长500余公里，是淮河下游一大支流。1194年(金明昌五年)，黄河决口于河南阳武，洪流自徐州夺泗注淮入海，徐州以下的泗河河道成为黄河河道。元代以后，鲁桥至徐州一段为南北漕运要道，成为大运河的一部分。
菏水 菏水是济水的支流。《水经注》载：“菏水分济于定陶东北”，“又东过昌邑县北”，“金乡县南”，“东缗县北”。入鱼台境后“东经重乡城南”，“武棠亭北”，“又东经泥母亭北，又东与钜野黄水合”，“东于泗水合于湖陵县西六十里谷庭城下”。963年(宋乾德元年)，东疏菏水转运兵饷，时又名“五丈沟”。后由于黄河南迁，菏水淤塞，元代的菏水经鱼台境内的一段，已不是原河道，而是今万福河的前身。
清河 亦名“桓公沟”，也叫“黄水”。《水经注》载：“黄水东南流，经任城郡之亢父县故城西，其水谓之桓公沟，南至方与县入于菏水”。金时，黄河改道后，自滑州李固渡有一岔道，东北流，入濮阳，又东经鄄城，折向东南流入嘉祥，循桓公沟入鱼台境，过清河涯、武台，在宁母亭北注入菏水。金代称此河为南清河。境内流道至元代已湮。