医药市场管理新中国建立前，私营药铺(店)各自为政，医药市场混乱，药品无统一价格。建国后，开始对医药市场进行管理。1954年，县人民政府根据山东省卫生厅的通知，制订医药统一收费标准，同时加强出售药品价格的监督，稳定了药品价格。1963年3月27日，根据县人民委员会制订的《关于加强路医、游散药商和个体开业者的管理办法(试行)》，取缔了制造出售伪劣药品的路医与药贩。同时审查了经卫生科批准代销成药的摊贩。1980年6月10日，县革委卫生局、工商行政管理局、公安局联合下达《加强市场管理，取缔游医药贩的通知》，依法取缔了游医、药贩、巫婆、神汉，关闭了擅自建厂生产伪劣药品的药厂，处理了倒卖、出售、转让、伪造药品标签的罪犯。至1986年，共取缔游医药贩100余起，400余人次，关闭了3处假膏药店。1987～1990年，先后取缔游医30余人次。
药品生产质量管理1960年，县成立药品检验委员会，下设药品检验室，专门负责药品质量检查。各公社卫生院也成立相应的组织。1980年县革委卫生局开始清理整顿院办制剂室。凡不具备生产条件、非法生产的单位，一律停产，改从别业。继续生产的单位，所制配剂，必须经药品检验单位检验合格后，方可应用于临床，未经检验或检验不合格的制剂，严禁使用。是年，经济宁行署卫生局、药品检验所联合检查，县人民医院、两城分院、南阳、夏镇公社卫生院生产的9种制剂，基本达到国家规定的标准，准予临床使用。1984年，对检查验收合格的单位，县卫生局分别颁发给《药品生产企业许可证》、《药品经营企业许可证》、《制剂许可证》。1985年，省、市对验收合格的县人民医院、留庄、韩庄、两城、欢城、马坡分院、夏镇、南阳镇卫生院，分别发给《普通制剂许可证》。
同时，县卫生局还狠抓了伪劣、淘汰失效、无政府批准文号药品的管理。1982年10月6日，县卫生局下文通知，将“复方胆硷片”等127种次劣药品淘汰。12月1日～14日，对全县164个医疗单位进行全面检查，共封存淘汰药品35种，价值5810.37元。1984年，根据国务院、省、市卫生厅、局的指示，于7月17日，在有关单位的监督下，就地销毁各医疗单位和药材供应部门被封存淘汰的药品，价值8859.52元。9月20日《中华人民共和国药品管理法》颁布之后，至1986年，先后共组织10次药政工作检查，查销各种伪劣药品268种，价值36587.83元，封存药材部门储存过期失效不能使用的药品价值3万元。1990年，又组织工作组检查全县医药单位药品的质量，依法查处违法案件12起，销毁、退货处理销售单位的12种不合格药品。是年，全县共没收各种伪劣药品3660瓶、688盒、35袋、23包、493支、660片、1040克，总价值3452.77元。没收非法药品价值789.97元。
麻、毒、限、剧药品管理1978年，国务院颁布《麻醉药品管理条例》。1979年9月，县卫生局整顿销售、使用麻醉药品的医药单位，统一印发了《麻醉药品日积月报表》和《麻醉药品处方》。同时明确了开麻醉药品处方的权限。1983年4月10日，县卫生局下达《关于医疗用毒、限、剧药品管理使用的通知》。《通知》要求全县各医药单位对医疗用毒、限、剧药品设专柜进行管理；同时还要设立消耗专帐，控制处方剂量。凡购买毒、限、剧药品者，必须填写《毒、限、剧药品申购卡》。销售单位必须以医疗单位的正式处方为据出售，以防止毒、限、剧药品的流弊和恶性事故的发生。
药品检验1979年5月，建立县药品检验所，配工作人员2人，在县妇幼保健站办公。1981年5月，迁址于微滕公路东(南邻县化肥厂)，占地10亩，建房20间。内设理化、中药、生物、测定4个室。1986年，主要仪器有分析天平、紫外线分光光度计、恒温培养箱、片剂崩解仪、电热恒温干燥箱等，可进行大输液全检、卫生学检验、抗生素效价测定、中草药显微鉴定、理化测定等项目的检验。1981～1986年，共做检品279份，1158个项目。
1990年，搬入原中医院办公楼办公。全年检验药品287件，其中不合格者27件。
附中央、省、市驻微山县单位医院
山东省七五生建煤矿医院1972年，济南军区山东生产建设兵团三师煤矿独立团，在微山县欢城公社建立兵团三师煤矿卫生队，有队长1人，卫生工作人员14人，床位5张。1975年9月，改称山东省七五生建煤矿卫生所，有正、副所长各1人，政治助理员1人，工作人员17人。下设机关门诊所1处，监狱卫生所1处。1980年更名为七五劳改支队医院。1986年，全院共有工作人员39人，床位50张。1990年，工作人员增至42人，其中卫生技术人员33人。
其他客驻于微山县者，还有中央水利电力部十三工程局一分局医院、山东省三河口生建煤矿医院、山东省代庄生建煤矿医院、江苏省韩庄发电厂卫生所、山东省济宁菜园煤矿医院等5处。1990年，这几处医院(所)共有卫生医药工作人员93人，床位105张。