微山县境内典型的原生自然植被已不存在，现存的仅为次生植被和人工植被。全县大致可分为3个区：
低山丘陵区植被 是人工封山培育的针叶、阔叶混交林区。树种以侧柏、刺柏为主。其次是阔叶杂木林。主要有刺槐、枣、桃、苹果、杏、核桃等。还有常见的旱生小灌木及草本植物。梯田中种植的农作物有地瓜、芝麻、花生、大豆。南部海拔50～80米的近山阶地上，多为经济林。主要有桃、苹果、核桃、葡萄等。
滨湖平原区植被 原有的植被，因开垦农田而被破坏，覆盖于地表的全为人工种植的农作物，覆盖率为57.2%。其次是人工栽培的用材林和经济林。农田间植泡桐，堤坝多植刺槐、榆树、泡桐。路旁、沟渠旁、台田边，除植树外，还栽杞柳、白蜡、紫穗槐等。村镇周围，房前屋后，多为人工栽植的欧美杨、刺槐、白榆、泡桐、旱柳、臭椿、苦楝等。果树以苹果为主，梨、桃、枣、柿、葡萄次之。
水域、滩涂区植被 滩涂地带，河渠交错，地势平洼，多为湿生水生植物形成的绿色地带。水域深处有兰隐藻、隐藻、纤维藻等；浅水(2米以下)处主要有睡莲、芡、菱等水生浮叶植物和人工栽培的菰、苇、蒲等挺水植物。
微山县土壤分布图
