南四湖东、北、西三面直接入湖河流53条。其中，湖东28条，湖西25条，总流长1691.5公里。
府河 发源于宁阳县境内。《水经注》称 、洙水合流为洙 水。1952年开始挖新河，引 府二河汇入称 府河。 府河西南流，经兖州，过济宁市郊区，于小口门村东入境，注入南阳湖，全长75.7公里，为季节性河流。
泗河 古称泗水，发源于泗水县东蒙山南麓，四源并发，故名泗水。《水经注》引《博物志》曰：“泗出陪尾，盖斯阜者也。”今名泗河。泗河源出新泰县太平顶山西，西南流，经曲阜、兖州、济宁市郊区，于马坡乡北苏庄村西入境，在鲁桥镇仲浅村北注入南阳湖。泗河全长159公里，境内流长12公里，为山洪季节性河流，含沙量大。
白马河 发源于邹县北黄山白马泉，西南流，经曲阜、兖州、邹县，至马坡乡黄路桥东南入境，在鲁桥镇九孔桥村南入独山湖。全长60公里，境内流长15公里。
界河 古名小白河，发源于邹县峄山镇，西南流，经滕县岗头镇北，至垤斛村西入独山湖。全长55公里，流域面积334平方公里，为季节性河流。
北沙河 发源于邹县香城镇大洪山，西南流，经滕县，至留庄乡后留庄村东北入境，注入独山湖。全长64公里，境内流长1.7公里，为季节性河流。
城漷河 城河发源于邹县东南凤凰山。《水经注》称南梁水、涓涓水； 河古称 水，发源于枣庄市山亭区水泉乡长城东北。《水经注》载：“ 水出东海合乡县…… 水又西南流，经蕃县故城南。”亦称南沙河。两河均西南流，在滕县西岗镇北满庄村北汇流，至留庄乡蒋坑村东南入境，于沙堤村南注入昭阳湖。全长81公里，境内长1.9公里。此河系山洪季节性河流，含沙量大，进入平原后，比降突缓，致使河床变浅，泄水缓慢。
十字河 包括新薛河、薛城大沙河和老薛河3条河道。十字河在滕县庄里以上为两股：一股称西江，发源于枣庄市山亭区水泉乡柴山前；一股为东江，发源于山亭区徐庄乡米山顶。两股在滕县海子村东南合为一股。至滕县官庄以北又分为两股：西股为新薛河，西南流，至夏镇后八屯入境，在彭口闸乡刘昌庄南入微山湖。全长24.4公里，境内长11.4公里；东股为薛城大沙河，亦称薛沙河，西南流，至彭口闸乡种口村东入境，在南坝村入微山湖。全长40公里，境内长3.5公里。老薛河，发源于滕县木石镇桃山，西南流，至夏镇大官口村北入境，于纸坊村入老运河。全长35公里，境内长4.3公里。此河是县境内一条主要山洪季节性河流，有60%的流域面积为低山丘陵地。上游河床窄陡，流急。汛期当注意防洪，但旱季则常断流干涸。
梁济运河 北起梁山县黄河南岸的国那里，东南流，经梁山、汶上、嘉祥至济宁市郊区许庄乡茹行村南注入南阳湖。全长88公里。
洙水河 发源于菏泽城郊区，东流，过定陶北境，至巨野，穿洙赵新河，入嘉祥，至济宁市郊区喻屯乡韩刘庄入南阳湖。全长49公里，流域面积571平方公里。堤距242米，河槽宽50米。上游为季节性河流。
洙赵新河 1965年新开挖的河道。上游自东明县的木庄村西，东南流，经菏泽、郓城、巨野、嘉祥、济宁市郊区，至侯楼乡驻地南注入南阳湖。全长141公里。上游为季节性河流。
新、老万福河 原为一河，建国后分为两河。
新万福河，发源于定陶县境内，东流，经成武、金乡、鱼台至济宁市郊区东邵乡大周村南注入南阳湖。全长77.4公里。
老万福河，开挖后指自金乡县刘堂坝以下，东流，至鱼台县武台乡吴坑村北注入南阳湖。全长33公里。下游为引水、航运河流，上游为季节性河流。
惠河 发源于单县陈蛮庄，东北流，至鱼台王鲁乡大黄庄入南阳湖。全长26公里，流域面积85平方公里。堤距369米，河槽宽50米。下游河底高程31.0米，安全泄量427秒立方米。上游为季节性河流。
东鱼河 上源本为2支：一支发源于东明县刘楼南；一支发源于河南省兰考县境内，于定陶县田集乡境内汇流后，东流，经定陶、成武、金乡至鱼台县谷亭镇西姚村北注入昭阳湖。全长172公里。上游为季节性河流。
复新河 发源于安徽省砀山县黄河堤北玄帝庙，东北流，经丰县至鱼台县谷亭镇双楼村南注入昭阳湖。全长75公里。上游为季节性河流。
大沙河 发源于丰县荒庄，东北流，经沛县西北，至张楼乡程子庙村西南入境，在大孙庄东北注入昭阳湖。全长61公里，境内流长1.5公里。堤距287米，河槽宽100米。下游河底高程30.50米，低于湖底1.50米。此河利于引水，但上游除汛期外，常年干涸。
郑集河 发源于丰县李寨，东流，经铜山县至永胜村西入境，注入微山湖。全长55公里，流域面积497平方公里。堤距110米，河槽宽68米，下游河底高程29.0米，低于湖底1.0米，安全泄量117立方米/秒。上游为季节性河流。
除上述河流外，还有黄山沟、岗头河、龙河、徐楼河、荆河、汁泥河、房庄河、老运河、泥沟河、蒋集河、郭洼河、张庄河、蒋官庄河、赵庄河、幸福河、北大溜、西支河、东边河、杨屯河、挖工庄河、沿河、鹿口河、五段河、八段河、桃园河等。
入湖河道
