南四湖形成后，湖上舟楫渐兴，船只除捕鱼猎鸭外，便用于航运。明朝初期，湖中即有不少小木船用来运送行人或货物。后来由于湖面扩大，小木船逐渐被木帆船代替。1949年，湖中有用来运输的木帆船80只，400吨位。1962年开始有机帆船。随着船只的发展，航运线路不断增加。
1990年，全县有湖泊航线47条，总长723公里。
表12-6 湖泊航线统计表
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│序号│起止 │途经主要地点 │航程(公里)│
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│1 │济宁-谷亭 │石佛、龙拱河口、(新)老万福河口│58 │
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│2 │南阳-古井 │独山 │10 │
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│3 │谷亭-白沙 │摆渡口、南阳、白马河口 │18 │
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│4 │辛闸-王贵屯 │- │10 │
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│5 │辛店-济谷航线 │- │2 │
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│6 │仲浅-侯楼 │- │11.5 │
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│7 │鲁桥-侯楼 │- │7 │
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│8 │新挑河-南阳 │- │7 │
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│9 │南阳-老万福河口 │- │4 │
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│10 │南阳-谷亭 │摆渡口 │12 │
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│11 │南阳-两城 │九孔桥、白马河口 │9 │
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│12 │南阳-白沙 │白马河口 │6 │
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│13 │南阳-鲁桥 │白马河口、九孔桥 │13 │
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│14 │南阳-垤斛 │独山、房头 │18.5 │
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│15 │南阳-黄山 │白马河 │7.5 │
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│16 │南阳-西单 │独山 │9.5 │
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│17 │南阳-东单 │独山 │10 │
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│18 │南阳-房头 │独山 │13.5 │
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│19 │南阳-大辛庄 │独山 │15.5 │
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│20 │南阳-辛安 │独山、耿庄 │22 │
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│21 │西单-复新河口 │独山、建闸 │14.5 │
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│22 │垤斛-复新河口 │店子 │18.5 │
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│23 │杨官屯-店子 │- │17 │
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│24 │垤斛-杨官屯 │耿庄、石口 │24 │
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│25 │辛安-杨官屯 │店子 │22 │
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│26 │留庄-杨官屯 │马口 │13 │
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│27 │留庄-杨官屯 │满口 │15.5 │
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│28 │宋闸-满口 │时口 │9 │
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│29 │宋闸-水围子 │- │5 │
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│30 │微山岛-沿河头 │- │9.5 │
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│31 │昭阳-高楼 │大捐、十字河口 │14 │
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│32 │常口-水围子 │- │5 │
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│33 │大辛庄-复新河口 │店子 │17 │
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│34 │种口-高楼 │十字河口 │14 │
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│35 │塘湖-微山岛 │- │4 │
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│36 │塘湖-蔺家坝 │- │35 │
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│37 │塘湖-五段 │- │27 │
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│38 │微山岛-五段 │- │24 │
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│39 │多义-五段 │- │23 │
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│40 │微山岛-韩庄 │- │14 │
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│41 │韩庄-蔺家坝 │- │33 │
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│42 │韩庄-塔山 │- │18 │
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│43 │韩庄-厉湾 │- │9 │
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│44 │韩庄-王套 │- │22 │
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│45 │韩庄-马山 │- │7 │
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│46 │韩庄-五段 │- │25 │
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│47 │微山岛-昭阳 │大捐 │20 │
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