1949年12月，湖区办事处下设5个分区：第一分区驻五段；第二分区(亦称微山湖区)驻微山岛；第三分区驻满口；第四区分区驻独山、白沙；第五分区驻仲浅。1950年，撤销湖区办事处，其辖区又分属沿湖各县。1952年6月，复设湖区办事处，下设4个分区：第一分区驻南阳(1952年10月，凫山县的南阳区划归湖区办事处时建立)；第二分区驻满口；第三分区驻微山岛杨村(1952年6月，临城县第九区划归湖区办事处时建立)；第四分区驻三孔桥(1952年6月，临城县第十区南部的南庄、三孔桥、沿河等村庄划归湖区办事处时建立)。
微山县从建立至1990年，行政区划有10余次较大的变更，主要实行过3种体制。
区乡村制(1953年10月～1958年8月)
1953年建立微山县，将原属山东、江苏两省6个县的4个镇302个村庄和4个水上渔民乡，划属微山县管辖，即：
嘉祥县44个村庄：孙庄、杨庄、田庄、谭庄、王庙、居庄、卞集、吴庄、湾子、杭子、龚庄、祝庄、王埝、关帝庙、郑楼、朱庙、郑庄、宫埝、侯庄、宫庄、侯楼(后侯楼)、前侯楼、邢滩、李庄、郝庄、郑埝、潘庄、李唐桥、西高庄、李口、张埝、刘庄、秦庄、高郑庄、前白口、后白口、聂庄、滑庄、孙庄、冯庄、杨楼、王口、孟口、仲庄。
鱼台县81个村庄：刘桥、郝桥、高庄、窦庄、谢庄、徐庄、韩楼、小张庄、大张庄、樊楼、马朱家、魏家、尹家、管闸、小梅家、大梅家、李桥、丁楼、梅石家、龚家庄、柳沟、八里井、南店子、胡庄、西刘楼、东刘楼、梁陈庄、小赵庄、调咀、西渡口、东渡口、马陈庄(马庄)、十字门、前屯、后屯、黄庄、侯楼(下侯楼)、王庄(王苏白)、白庄(小甄庄)、岳家庄、关王庙、贾庄、刘庄、任庄、梅屯、于屯、前张庄、后张庄、王楼、徐庄、李埝、朱杨庄、马楼、李庙、蒋店、薛桥、宋庄、东姚、北田庄、南田庄(东田)、王庄(北王庄)、卢埝、张庄(东张庄)、周庄、小徐庄、陈安、邵庄、王庄(南王庄)、杨庄、王占一、王老户、南田庄(南田)、刘庄、闫海、后仇海、前仇海、徐庄、刘香庄、陈方。
凫山县47个村庄，两个镇：辛店、辛闸、仲浅、师庄、刘楼、枣林、新挑河、北堤、盛家屋、刘庄(九孔桥)、青山、彭庄、白沙、石楼、苗家、独山、古井、山庄、房头、李庄、大辛庄、歇马亭、刘家楼、曹家楼、李家庄、耿庄、李家桥、胡西头、北羊庄、南羊庄、马口、孟口、尤口、石口、邢庄、桥头闸、店子、小李庄、马闸、营房庄、建闸、大赵庄、七里单闸、五里单闸、吴庄、黄庄、张家庄。鲁桥镇、南阳镇。
薛城县93个村庄，1个镇：张口、上王口(王口)、土山、满口、下河头、徐营房、后徐塘(后塘子)、前徐塘(前塘子)、牛庄、赵庄、十孔桥、沙堤、蒋坑、时口、王口、宋闸、上辛庄、赵庄、曲房、夏庄、下辛庄、大营、常口、土楼、夏刘庄、张白庄、后邵集、前邵集、姚庄(姚生)、肖口、陈家湾、宋李庄、前马楼、后马楼、西王口、东王口、史庄、张庄(新张庄)、徐楼、高庄、小卜湾、大卜湾、苏村、房村、杨村、崔庄、曹庄、甄庄、朱庄、黄桥、大刘庄、周岭、沙河涯、城后、辛庄、刘庄(西刘村)、部城、古楼、张庄(南门外)、沙谷堆、袁庄、寨子、三孔桥、十村、老坝、西楼(微滨)、东楼、南庄、大捐、郗山、南行、山头、邓楼、草(曹)寺、杨村、上庄、小官、大官、吕蒙、吕庄、田庄、李庄、谢楼、沟南、沟北、万庄、墓前、姚村。夏镇。
峄县21个村庄，1个镇：新河头、东马山、西马山、山后(丁汪)、厉湾、东厉家、厉家、李庄、蒋家、马庄、陈家(庄)、前石楼、中石楼、后石楼、小王庄、西李家、王套、杨套、祖套、黄庄、郑庄(四街)、西刘村、南张庄、南梁庄、东陇子、西陇子、徐楼、东楼、姚山子、孙家。韩庄镇。
江苏省沛县16个村庄：王楼、高楼、刘楼、小闸子、小四段、程子庙、大孙庄(即十三欢)、水围子、官庄、甄王庄、聂庄铺、东丁官屯、东陶官屯、张楼、北丁官屯、翁楼。
另有4个水上渔民乡：郭谷堆(住小口门附近水上)、新民(住师庄西水上)、新河(住仲浅西水上)、黄河(住高郑庄附近水上)乡。
1953年10月6日，山东省人民政府以鲁民密(53)字一五三三号命令公布微山县区乡设置方案，全县共设9个区，1个镇，71个乡(镇)。
一区(驻夏镇)辖3乡1镇：奎文、昭庆寺、部城乡和夏镇镇①，共18个村庄。
二区(驻韩庄)辖3乡1镇：马山、厉湾、石楼乡，韩庄镇②，共30个村庄。
三区(驻杨村)辖10乡：小闸子、郗山、谢楼、杨村、微湖、微西、渭河、大河、解放、微北乡，共19个村庄。
四区(驻沿河)辖9乡：王楼、三孔桥、泰山、大捐、翁楼、盐店、十字河、沿河、西翁楼乡，共15个村庄。
五区(驻常口)辖7乡：水围子、张楼、塘子、宋闸、常口、肖口、卜湾乡，共44个村庄。
六区(驻满口)辖8乡：刘楼、羊庄、马口、石口、民主、北丁官屯、满口、土山乡，共31个村庄。
七区(驻建闸)辖9乡：蒋店、王庄、王占一、白沙、独山、房头、马闸、建闸、运河乡，共42个村庄。
八区(驻南阳)辖9乡：枣林、新挑河、北阳、南阳、刘桥、李桥、摆渡口、梅屯、双河乡，共54个村庄。
九区(驻仲浅)辖11乡：田庄、王埝、侯楼、张埝、仲浅、辛店、辛闸、郭谷堆、新民、新河、高郑庄乡，共47个村庄。
鲁桥镇(驻鲁桥)辖鲁桥、刘楼村。
1956年3月，撤销凫山、薛城县，将两县的22个乡184个村庄划归微山县。
凫山县两个乡的10个村庄：陈庄乡的陈庄、古沟、张庄、东寨、西寨、西辛庄、刘庄；东单乡的东单、西单、黄山。
薛城县的20个乡，174个村庄：乡即阎村、朱庄、赵庄、袁堂、三河口、傅村、朱梅集、杨路口、田陈、欢城、八里屯、洛房、西万、彭口闸、李谷堆、翁楼、张阿、蒋集、朱姬庄、塘子乡。
村庄即欢城、邢堂、朱梅集、二龙岗、宋庄、菜园、虎庄、大宋楼、袁堂、小屯、小宋楼、陈楼、蒋庄、慈庄、于桥、尹洼、东田陈、苏庄、双王楼、房庄、小朱庄、桥岗、高谷堆、王家庄、西门外、界牌口、西田陈、於村、丁庄、袁楼、石家庄、崔庄、高庄、周村、东闫村、西闫村、王楼、邹楼、代庄、张家楼、关庄、卜寨、李集、菜楼、田家楼、黄村、陶阳寺、于楼、西翁楼、裴口、东岗子、西岗子、吴庄、王庄、朱庄、李庄、徐村、前寨门口、后寨门口、东新庄、西新庄、大王庙、朱杭、傅村、小傅村、大傅村、马集、刘庄、小肖村、朱楼、邵庄、东汇子、沙窝、西汇子、周家庄、杨路口、柳庄、李庄、宋寺、大马庄、安路口、程园、卓庙、侯庄、战庄、樊村、大肖村、班村、斜庙、西薛庄、郭庄、邹庄、程庄、郑庄、菜庄、大李庄、张东、小三河口、大三河口、三尖寨、前马集、后马寨、闫庄、郭坊、小李庄、石坝、童庄、吴道沟、朱道沟、黄庄、西寨、前村、后村、东翁楼、小官口、大官口、杨闸、东薛庄、亓楼、李楼、殷庄、傅楼、李堂、陆庄、鹿湾、李谷堆、周庄、范庄、马楼、白庄、建新(和尚寺)、东马庄、西八里屯(孙楼)、后八里屯、前八里屯、三里庄、东王庄、汤庄、严庄、贾庄、后洛房、王庄、吕家庄、前鲍楼、后鲍楼、种口、刘昌庄、蒋庄、西万、后学、三官庙、大王庙(四新)、南坝、渐口、蒋集、袁庄、恩庄、黄埠庄、蒋官庄、孟庄、东张阿、西张阿、里张阿、后张阿、大西庄、穆庄、孙庄、沟崖、前朱姬庄、后朱姬庄、后阁、赵庄、小房头、杏树园。
3月21日，微山县进行区划调整，全县合并为9个区，76个乡、镇。即夏镇区辖15个乡、镇；韩庄区辖5个乡；微湖区辖6个乡；欢城区辖10个乡；常口区辖4个乡；满口区辖10个乡；建闸区辖8个乡；南阳区辖7个乡；鲁桥区辖11个乡。
7月11日，经国务院批准，微山县将韩庄区马山乡的东马山等7个村庄，厉湾乡的厉湾等4个村庄，石楼乡的南石楼等14个村庄，共3个乡，25个村庄划归江苏省徐州专区铜山县辖。
9月11日，微山县将欢城等77个村庄又划归滕县。同时，峄县将前性义、后性义、大公、前寨、五里沟、丰楼6个村庄划归微山县。
9月底，微山县合区并乡，全县设5个区，27个乡，4个镇：
微湖区辖郗山、杨村、小闸子、微湖、渭河、大河、朱姬庄7个乡。
南庄区辖三孔桥、西万、盐店、沿河4个乡。
常口区辖卓庙、常口、袁堂、满口、张楼5个乡。
建闸区辖东姚、西单、房头、运河、羊庄、建闸6个乡。
仲浅区辖仲浅、王埝、张埝、辛店、新河5个乡。
夏镇、韩庄、南阳、鲁桥镇。
1957年3月21日，滕县的峦谷堆、前留庄、后留庄划归微山县。峦谷堆并入羊庄乡；羊庄乡的马口村与留庄合并，增设留庄乡，属常口区。
1958年3月，撤区并乡，全县设4个镇，14个乡。
是年，全县建有高级农湖渔业合作社364处，其中农业社241处，湖渔业社123处。
说明：嘉祥等县划给微山县的村庄总数与具体村庄个数稍有差异，原因是当时列村上报时，有的统计不精确。
说明：①韩庄镇实为数个村组成，上报时仅列韩庄镇。
②夏镇、韩庄镇为区辖镇。
公社、大队、生产队制(1958年9月～1983年12月)
1958年9月，开始建立人民公社。10月初，全县建成5处人民公社：微山岛公社(驻韩庄)、炬星公社(驻夏镇)、宏光公社(驻常口)、西湖公社(驻留庄)、南阳公社(驻鲁桥)。
12月16日，济宁县马坡公社的58个自然村划归微山县，仍称马坡公社；滕县的建华公社(原殷庄乡)及洛房乡的7个村划归微山县，并入炬星公社。改炬星公社为夏镇公社；滕县的灯塔公社(原欢城区)划归微山县，并入宏光公社。改宏光公社为欢城公社；西湖公社改称留庄公社。是年，全县共设6处人民公社。即微山岛公社、夏镇公社、欢城公社、留庄公社、南阳公社、马坡公社。
全县72829户，335135人。
1959年1月15日，各公社开始设管理区(简称管区)，为公社的派出机构。11月2日，全县又改为韩庄、欢城、微山岛、夏镇、鲁桥、昭阳、留庄、马口、南阳、马坡10个公社，下辖336个生产大队。
1960年1月17日，微山县将辛店、辛闸、孙庄、杨庄、田庄5个村，划归济宁县南阳湖农场。1月27日，全县合并为114个核算单位(大队)，即韩庄公社9个，夏镇公社16个，欢城公社27个，留庄公社6个，马口公社5个，南阳公社14个，鲁桥公社11个，马坡公社15个，昭阳公社10个。微山岛公社为一级核算单位。2月11日，马口公社与留庄公社合并，称留庄公社。
7月，枣庄市的马山、多义、朱庙、大柳庄、大洼、华桥、南马庄、新庄、罗庄、葛墟店、南周庄、大房头、北梁庄、小后庄、东官庄、西官庄、东岳庄、西岳庄、前王庄、后王庄、东刘庄、小黄庄、大黄庄、曹村、南谢、北谢、傅园、许庄、北张庄、田楼、刘傲、刘林、河西庄、北周庄等34个自然村，划归微山县，并入韩庄公社。
1962年5月20日，马坡公社的两城、北薄管区，鲁桥公社的陈庄、东单管区合并，建立两城公社。欢城公社的傅村、卜湾管区和夏镇公社的杨楼管区合并，建立傅村公社。
1964年，全县共设微山岛、韩庄、夏镇、昭阳、傅村、欢城、留庄、两城、南阳、鲁桥、马坡11处公社，561个生产大队，2260个生产队。
1965年4月15日，将昭阳、南阳两公社改建为区。1966年1月28日，又将韩庄等8处公社改建为区。区下设人民公社。微山岛为县直属公社。
1969年1月2日，又将区改为公社，全县共设11处公社。
1971年1月7日，增设彭口闸、高楼、张楼、塘湖、侯楼5处公社。全县共设16处公社，55个管区，538个生产大队，1993个生产队。1982年1月，将夏镇公社改称夏镇镇，所辖生产大队未变。
1983年，全县设15处公社，1个镇，76个管区，550个生产大队，1959个生产队。
表1-3 1965年4月～1966年1月行政区划表
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│区名 │公社数│辖公社(称小公社) │
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│夏镇 │7 │镇中 部城 洛房 西万 彭口闸 殷庄 纸坊 │
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│韩庄 │8 │韩庄 塘湖 多义 石庄 黄庄 郗山 性义 微湖 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│微山岛│ │县直属公社 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│昭阳 │6 │大捐 大河 小闸子 三孔桥 翁楼 王楼 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│傅村 │6 │卓庙 傅村 三河口 杨路口 杨楼 卜湾 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│欢城 │10 │朱梅集 闫村 陈楼 朱庄 常口 袁堂 张楼 田陈 程子庙 欢城 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│留庄 │5 │塘子 满口 马口 羊庄 留庄 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│两城 │6 │两城 北薄 东单 陈庄 黄山 鲁村 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│鲁桥 │7 │鲁桥 枣林 仲浅 侯楼 湾子 新河 张埝 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│马坡 │7 │马坡 朱集 姬堂 石里 焦庄 西庄 荆集 │
├───┼───┼───────────────────────────┤
│南阳 │4 │南阳 东姚 渡口 建闸 │
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表1-4 1983年12月行政区划表
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│公社、镇│辖生产大队 │
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│夏镇 │前村 后村 东翁楼 小官口 大官口 杨闸 东薛庄 亓楼 李楼 殷庄 傅楼 李堂 │
│ │曹庄 大刘庄 陆庄 鹿湾 李谷堆 周范庄 马楼 白庄 建新 东马庄 西八里屯 │
│ │前八里屯 后八里屯 朱庄 黄桥 周岭 辛庄西 刘村 沙河涯 高峰 前进 建国 │
│ │三里庄 严庄 贾庄 后洛房 王庄 沙谷堆 南门外 青山 吕家庄 前鲍楼 后鲍楼│
│ │城后 老北街 磨担街 南门口 奎文 箭道 爱国 盐当 文昌 顺河 月河 青年 │
│ │泰山 石坝 童庄 朱道沟 黄庄 西寨共63个 │
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│韩庄 │韩庄一街 韩庄二街 韩庄五街 韩庄六街 杏树园 小房头 大房头 │
│ │赵庄 南周庄 半楼 多义 南马庄 大洼 山头 后阁 前朱姬庄 后朱姬庄 吴沟北│
│ │梁庄 石庄 小后庄 马山 葛墟店 华家 前寨 东官庄 西官庄 东岳 西岳 │
│ │后王庄 新村 西村 中村 车站 前性义 大工 南梁庄 前王庄 东刘庄 韩庄七街│
│ │韩庄八街 韩庄九街 西刘庄 南张庄 马山场 韩庄四街共46个 │
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│塘湖 │孟家庄 曹庄 北谢庄 许庄 傅园 刘敖 郗山一 郗山二 郗山三 郗山四 郗山五│
│ │希山六 小黄庄 大黄庄 南谢桥 北张庄 田楼 北周庄 河西庄 刘林 新庄 │
│ │大西庄 里张阿 东张阿 西张阿 后张阿 穆庄 孙家庄 沟崖 大柳庄 朱庙 │
│ │微湖一 微湖二 微湖三 微湖四 塘湖共36个 │
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│微山岛 │杨村 沟南 沟北 谢楼 李庄 姚村 吕庄 小官庄 大官庄 吕蒙 墓前共11个 │
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│彭口闸 │种口二 种口三 种口四 刘昌庄 蒋庄 西万二 西万三 西万五 西万六 西万七 │
│ │西万八 后学南 后学北 三官庙 四新 南坝 渐口东 渐口西 蒋集河南 蒋集河 │
│ │北 恩庄 黄埠庄 运河 猛进共24个 │
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│昭阳 │红星 三孔桥 十村 寨子 薛河 老坝 微滨 西楼 大捐 南庄东 南庄西 │
│ │新建 十字河 爱湖共14个 │
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│傅村 │前傅村 新高庄 班村 樊村 大傅村 马集 刘村 小傅村 朱杭 闫庄前马寨 │
│ │后马寨 斜庙 小李庄 大三河口 东大三河口 西大三河口 南三尖寨 小三河口 │
│ │前邵集 后邵集 肖口 陈湾 卓庙 程园 宋李庄 大马庄 朱楼 宋寺 杨路口 │
│ │周家庄 东汇子 西汇子 邵庄 张东 张西 大李庄 蔡庄 程庄 郑庄 邹庄 郭庄 │
│ │西薛庄 小卜湾 新张庄 郭坊 大卜湾 杨家村 苏村共49个 │
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│欢城 │欢城东 欢城西 欢城南 欢城北 朱梅集 二龙岗 时王口 邢堂 宋庄 蔡园 │
│ │宋闸 虎庄 大宋楼 袁堂 小屯 赵家庄 小宋楼 陈楼 蒋慈庄 于桥 尹洼 │
│ │东田陈 上辛庄 苏庄 双王楼 房庄 桥岗 高谷堆 王家庄 西门外 界牌口 │
│ │西田陈 於村 丁庄 袁楼 石家庄 崔庄 大营 高庄 周村 东闫村 西闫村 │
│ │东王楼 西王楼 邹楼 代庄 张家楼 卜寨 李集 蔡楼 下辛庄 张白庄 渡口 │
│ │土楼 夏刘庄 夏庄 常口南 常口北 田家楼 黄村 陶阳寺 于楼 西翁楼 裴口 │
│ │东岗子 西岗子 吴庄 前朱庄 后朱庄 李庄 徐村 前寨门口 后寨门口 │
│ │东新庄 西新庄 大王庙 成新共77个 │
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│留庄 │留庄一 留庄二 留庄三 留庄四 留庄五 留庄六 留庄七 留庄八 北湖 │
│ │李家庄 曹楼 耿庄 歇马亭 胡西头 南羊庄 北羊庄 峦谷堆 马口一 马口二 │
│ │运输 土山 王口 满口 下河头 南赵庄 前塘子 后塘子 桥上 徐营 蒋坑 │
│ │沙提共31个 │
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│两城 │两城一 两城二 两城三 两城四 两城五 两城六 两城七 两城八 北薄东 │
│ │北薄西 北薄南 北薄北 王庄 南薄前 南薄后东 南薄后西 鲁村北一 鲁村北二│
│ │鲁村北三 鲁南 古沟 张庄 青山 黄山一 黄山二 黄山三 黄山四 黄山五 │
│ │东单前 东单后 西单 小辛庄 陈庄 东寨 西寨 刘庄 大辛庄 白沙 立新 石楼 │
│ │苗家 独东 独西 航运社 古井山庄 房西 房北共48个 │
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│鲁桥 │鲁桥一 鲁桥二 鲁桥三 鲁桥四 鲁桥五 鲁桥六 鲁桥七 小口门 南王前 │
│ │南王中 南王后 仲浅 泗河涯 新河 新民 麦仁店 师庄 圈里 郑埝 丁营 │
│ │枣林 新挑河 九孔桥共23个 │
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│马坡 │马东 马西 马前 马中 马后 北苏庄 河口 张园 韩寨 马庄 于庄 荆集南 │
│ │荆集北 东九 西九 南苏庄 潘庄 姬堂 东李庄 范庄 南张庄 徐楼 南孙庄 │
│ │高黄庄 程堂东 程堂西 朱集 东程楼 西程楼 胡村 曹坊 石东 石西 石南 │
│ │石北 夹坊 西李庄 居桥 寨东 寨西 宗村东 宗村西 马店 西庄南 西庄北 │
│ │何庄 路庄 黄路桥 址坊 泉上 盛楼 郑庄 吴庙 王庄 焦庄 冯庄 闫庄周庄 │
│ │共58个 │
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│南阳 │顺和 北二 南阳 联兴 北一 和平 建民 建新 管闸 李桥 丁楼 龚庄 柳沟 │
│ │南店子 梁庄 后屯 东渡口 西渡口 下侯楼 王苏白 建闸 关王庙 梅屯 张家庄│
│ │上王楼 于屯 李埝 东田 薛桥 东姚 王占一 前仇海 卢埝共33个 │
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│侯楼 │王埝 吴家庄 卞集 湾子 黄河 高郑庄 侯楼 裕民 李唐桥 刘桥 湖西共11个 │
│ │ │
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│张楼 │张楼 刘香庄 湖兴 程子庙 大孙庄 北丁官屯一 北丁官屯二 水围子 │
│ │陶官屯 东丁官屯共10个 │
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│高楼 │高楼 聂庄铺 沿河一 沿河二 官庄 王楼 翁楼 昭阳 利民 小闸子 盐店 │
│ │小四段 渭河 徽西 永胜南 永胜北共16个 │
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乡(镇)、村制(1984年4月～)
1984年4月25日，将韩庄、欢城、南阳、鲁桥4处人民公社改建为镇；将微山岛、塘湖、彭口闸、昭阳、高楼、傅村、张楼、留庄、两城、马坡、侯楼等11处人民公社改建为乡，其辖区不变，生产大队改为行政村。全县共设5镇、11乡。
8月，经国务院批准，江苏省沛县的14个村庄划归微山县，分设两个乡。六营、西平、杨堂、孙庄、庞孟庄、东明6个自然村为西平乡；赵庙、楼、张庄、赵楼、王庄、曹庄、大挖工庄、中挖工庄8个自然村为赵庙乡。
1990年12月，全县辖18个乡、镇，76个管区，561个行政村(其中居委会5个)，591个自然村。