梁济运河 1959～1960年，新拓梁山县国那里至境内李集一段梁济运河，长90公里。自长沟镇陈庄北进入区境，至龙拱河口入湖，段长26公里。除赵王河擦边而过于长沟镇陈庄北入干流外，境内尚有四条支流。
小新河 1973年春开挖，全长10.5公里，段长5.6公里，于长沟北汇入干流，为蜀山湖内排水河道。
老运河 元朝初年开挖，因年久失修，河身弯曲，河床高悬，航运闭塞，解放前已成害河。现存段长20公里，自安居镇火头湾起，于西五里营村东穿过干流，越市区至许庄镇石佛村入南阳湖。北段为安居镇补泄河道，南段为济宁城区、许庄镇引排和航运河道。
幸福沟 1965年开挖，源于南张镇王平村南，于凤凰台村南汇入干流，长4.3公里。
南跃进沟 1965年开挖，源于洸府河西岸李营镇的庄头村东，于南张镇坡石桥与天宝寺沟交汇入干流，长15.2公里。主要承接五羊坡、郑蒲洼、天宝寺洼、大明滩、孟宪洼、于白洼、谢家洼、白家洼等地坡水。
泗河 古称泗水，发源于新泰市太平顶山西侧。流经泗水、曲阜、兖州，于接庄镇东贯庄村东北进入区境，沿任城、邹城、微山交界处，经郑庄、栗河涯村，至石桥镇辛闸村南入南阳湖。全长159公里，段长18.6公里，对岸属邹城、微山所辖。境内无支流。
洸府河 源于宁阳县大汶河南岸堽城镇，全长84公里。自李营镇何岗村东入境，于石桥镇辛店村西注入南阳湖，段长24.7公里。境内有三条支流。
杨家河 东岸支流，源于宁阳县柳沟，全长60公里。自柳行镇陈厂村东入境，于杨桥村西汇入干流，段长11公里。
蓼沟河 东岸支流，源于兖州市竹亭洼，全长25公里。自柳行镇蔡营村东入境，至许庄镇东石佛村东汇入干流，段长12.6公里。
北跃进沟 西岸支流，源于汶上县蜀山湖北岸，长25公里。自二十里铺镇于白村东入境，至李营镇汪庄村北汇入干流，段长12.6公里。
洙赵新河 源于东明县木庄，流经菏泽、鄄城、郓城、巨野、嘉祥等县，于喻屯乡红庙屯村北入境，至刘官屯村东北入南阳湖。全长141公里，段长11公里。境内无支流。
新万福河 源于成武县楚楼，流经巨野、定陶、金乡等县，于东邵乡邵庄寺西南入境，至大周村南入南阳湖。全长77公里，段长9.3公里，只辖北岸，境内无支流。
蔡河 源于嘉祥县狼山屯，于东邵乡虎头王村西入境，至大王楼村东南入南阳湖，全长44公里，段长15.5公里。境内有支流两条。
小王河 源于嘉祥县茹庄，与洙赵新河相通，自喻屯乡瓦屋张村北入境，于兴福集村西入干流。全长7公里，段长2.7公里。
北大溜 源于金乡县焦庄村南，于东邵乡梁李村南入境，至微山县高郑庄（驻东邵乡）东入干流。全长29.4公里，段长13.65公里。
洙水河 源于巨野县毛张庄，流经嘉祥县，于唐口镇姜庄村南入境，至路口村南入南阳湖。全长121.6公里，段长15公里。
境内北岸有支流老赵王河，北起嘉祥县马村，于安居镇后埝口村西入境，至唐口镇棒李村南入干流。全长41.8公里，段长14公里。
幸福河 为石桥镇的骨干引排河道，1965年开挖。源于后李庙村东，至辛店村东南入南阳湖，长10公里。
龙拱河 源于安居镇宫白庄西南，至唐口镇泇河村南向东入南阳湖。全长12公里。
第一节 河流
梁济运河 1959～1960年，新拓梁山县国那里至境内李集一段梁济运河，长90公里。自长沟镇陈庄北进入区境，至龙拱河口入湖，段长26公里。除赵王河擦边而过于长沟镇陈庄北入干流外，境内尚有四条支流。
小新河 1973年春开挖，全长10.5公里，段长5.6公里，于长沟北汇入干流，为蜀山湖内排水河道。
老运河 元朝初年开挖，因年久失修，河身弯曲，河床高悬，航运闭塞，解放前已成害河。现存段长20公里，自安居镇火头湾起，于西五里营村东穿过干流，越市区至许庄镇石佛村入南阳湖。北段为安居镇补泄河道，南段为济宁城区、许庄镇引排和航运河道。
幸福沟 1965年开挖，源于南张镇王平村南，于凤凰台村南汇入干流，长4.3公里。
南跃进沟 1965年开挖，源于洸府河西岸李营镇的庄头村东，于南张镇坡石桥与天宝寺沟交汇入干流，长15.2公里。主要承接五羊坡、郑蒲洼、天宝寺洼、大明滩、孟宪洼、于白洼、谢家洼、白家洼等地坡水。
泗河 古称泗水，发源于新泰市太平顶山西侧。流经泗水、曲阜、兖州，于接庄镇东贯庄村东北进入区境，沿任城、邹城、微山交界处，经郑庄、栗河涯村，至石桥镇辛闸村南入南阳湖。全长159公里，段长18.6公里，对岸属邹城、微山所辖。境内无支流。
洸府河 源于宁阳县大汶河南岸堽城镇，全长84公里。自李营镇何岗村东入境，于石桥镇辛店村西注入南阳湖，段长24.7公里。境内有三条支流。
杨家河 东岸支流，源于宁阳县柳沟，全长60公里。自柳行镇陈厂村东入境，于杨桥村西汇入干流，段长11公里。
蓼沟河 东岸支流，源于兖州市竹亭洼，全长25公里。自柳行镇蔡营村东入境，至许庄镇东石佛村东汇入干流，段长12.6公里。
北跃进沟 西岸支流，源于汶上县蜀山湖北岸，长25公里。自二十里铺镇于白村东入境，至李营镇汪庄村北汇入干流，段长12.6公里。
洙赵新河 源于东明县木庄，流经菏泽、鄄城、郓城、巨野、嘉祥等县，于喻屯乡红庙屯村北入境，至刘官屯村东北入南阳湖。全长141公里，段长11公里。境内无支流。
新万福河 源于成武县楚楼，流经巨野、定陶、金乡等县，于东邵乡邵庄寺西南入境，至大周村南入南阳湖。全长77公里，段长9.3公里，只辖北岸，境内无支流。
蔡河 源于嘉祥县狼山屯，于东邵乡虎头王村西入境，至大王楼村东南入南阳湖，全长44公里，段长15.5公里。境内有支流两条。
小王河 源于嘉祥县茹庄，与洙赵新河相通，自喻屯乡瓦屋张村北入境，于兴福集村西入干流。全长7公里，段长2.7公里。
北大溜 源于金乡县焦庄村南，于东邵乡梁李村南入境，至微山县高郑庄（驻东邵乡）东入干流。全长29.4公里，段长13.65公里。
洙水河 源于巨野县毛张庄，流经嘉祥县，于唐口镇姜庄村南入境，至路口村南入南阳湖。全长121.6公里，段长15公里。
境内北岸有支流老赵王河，北起嘉祥县马村，于安居镇后埝口村西入境，至唐口镇棒李村南入干流。全长41.8公里，段长14公里。
幸福河 为石桥镇的骨干引排河道，1965年开挖。源于后李庙村东，至辛店村东南入南阳湖，长10公里。
龙拱河 源于安居镇宫白庄西南，至唐口镇泇河村南向东入南阳湖。全长12公里。