清道光二十年（1840年），城厢内分4隅、18铺。
城内包括：东南隅、东北隅、西南隅、西北隅。
东关包括：东关一铺、东关二铺。
西关包括：西关一铺、草桥一铺、草桥二铺。
南关包括：南城一铺、南城二铺、南城五铺、南城六铺、南城七铺、南城八铺、南城九铺。
北关包括：北关一铺。
河东包括：河东二铺、河东三铺、河东四铺、河东五铺、河东七铺。
清宣统二年（1910年），实行地方自治，城区分为城内4隅，即：东南隅、东北隅、西南隅、西北隅；城外分为6区，即南关为一区，西关为二区，西南关为三区，东关为四区，北关为五区，东南关为六区。
1928年废地方（社）建制，境内划为第一、二、三、四、五、六、七、八区，辖11个镇、98个乡。
1946年1月，济宁市辖5个区公所。是年7月，区公所改称区民主政府。1948年7月，仍设5个区（县级）。同年10月，5个区共辖12个镇、133个行政街、1个行政村、5个自然村。即一区（驻翰林街）辖：太白镇、新华镇。二区（驻北门大街）辖：民主镇、光明镇。三区（驻姜店街）辖：建设镇、大众镇。四区（驻糖坊街）辖：坝口镇、胜利镇、进步镇。五区（驻驴市口街）辖：草桥镇、新济镇、解放镇。1949年11月，将5个区改建4个区。即一、二区合并为城区，三区改称运东区，四区改称越河区，五区改称济阳区。1个行政村为刘庄村。
1951年11月，将4个区改建为一、二、三区。即城区改为第一区，济阳区改为第二区，运东区、越河区合并为第三区。1954年1月，又将二、三区的部分区域划出，成立回族自治区。
1956年4月，一、二、三区更名。一区为城区，二区为济阳区，三区为运东区。回族自治区改称民族自治区。是年6月，一区（城区）改称市中街道办事处，二区（济阳区）改称济阳街道办事处，三区（运东区）改称运东街道办事处。
1957年11月，市中街道办事处分设为古槐、渔山两个街道办事处；运东街道办事处分设为阜桥、运河两个街道办事处。济阳街道办事处、民族自治区体制未变。
1958年8月，成立红旗人民公社。11月，红旗人民公社改称城关人民公社。是月，济宁县的二十里铺、接庄、李营、安居、唐口、喻屯、南阳湖公社和嘉祥县的疃里、纸坊、马村、金屯、嘉祥划归济宁市。
1960年4月，撤销街道办事处和民族自治区建制，成立古槐、阜桥、济阳城市人民公社。
1962年1月，疃里、金屯等5个人民公社划归嘉祥县。
1965年5月1日，二十里铺、接庄等7个人民公社划归济宁县。同时，撤销古槐、阜桥、济阳3个城市人民公社和城关公社建制。市内设古槐、渔山、东门、济阳、阜桥、运河、运西、越河8个街道办事处，辖65个居民委员会；城郊设土城、后铺、刘庄、东五里营、谭庄5个人民公社，辖41个生产大队，131个生产队。
1966年10月，市内街道办事处和城郊人民公社更名。即：古槐街道办事处改称红卫兵路街道办事处；渔山街道办事处改称红星街道办事处；东门街道办事处改称红旗街道办事处；济阳街道办事处改称四新街道办事处；阜桥街道办事处改称共青团路街道办事处；运河街道办事处改称解放路街道办事处；运西街道办事处改称革新街道办事处；越河街道办事处改称文革路街道办事处。土城人民公社改称星火人民公社；后铺人民公社改称红旗人民公社；刘庄人民公社改称东方红人民公社；东五里营人民公社改称东风人民公社；谭庄人民公社改称前进人民公社。
1971年12月，撤销星火、红旗、东方红、东风、前进5个人民公社，组建为郊区人民公社。
1972年3月，调整街道办事处机构，将市内8个街道办事处合并为4个。即：红星、红旗、红卫兵路街道办事处合并改称红星街道办事处；共青团路、解放路街道办事处合并改称东风街道办事处；革新、文革路街道办事处合并改称延风街道办事处；四新街道办事处改称红旗街道办事处。
1980年10月，市内4个街道办事处更名：即红星街道办事处改称古槐街道办事处；红旗街道办事处改称济阳街道办事处；东风街道办事处改称阜桥街道办事处；延风街道办事处改称越河街道办事处。
1983年10月，郊区人民公社改称刘庄人民公社。1984年4月，政社分开，建立乡政权，将刘庄人民公社改称为环城办事处。建立土城乡、观音阁乡、南辛庄乡、仙营乡。1985年7月，撤销环城办事处建制。至1990年，区境内共有4个街道办事处、4个乡。
1994年3月，经省、市人民政府批准，撤销土城乡、观音阁乡、南辛庄乡、仙营乡，设立金城镇、南苑镇、观音阁镇、仙营镇。撤乡设镇后，各镇行政区域和政府驻地未变。至1995年底，区内设4个街道办事处和4个镇。