1946年5月，市委、市政府积极扶持工商业的生产、经营，废除多种苛捐杂税。冀南银行济宁支行发放商业贷款146.12万元（法币），使城区1400多家大小商号恢复营业。城区的手工业在冀鲁豫贸易总公司济宁市第四分公司的扶助下，10余家较大工厂先后开工，7家染织业、17家扎纸业、19个酒坊、40多家纺织业和制革、印刷、肥皂、小型铁制业等很快恢复生产。是年6月开始进行工商企业登记，至7月5日，已登记的工商业有64个行业、2132户，拥有资金3342亿元（法币）。1948年9月20日至30日，市委、市政府给534家小型工业、手工业、运输业贷款4591.9万元（北海币），以扶持发展生产。至1949年底，市内有商业店（铺）2051家，其中代理行业17个、280户，社会商品零售额723.8万元；手工业有45个自然行业，近2000家，从业人员3150人，手工业总产值476.9万元；工厂企业53个，其中电厂1个，铸造厂9个，火柴厂2个，卷烟厂16个，印刷厂5个，麻袋厂3个，肥皂厂8个，颜料厂2个，面粉厂1个，蛋粉厂2个，酒厂1个，油坊3个，共有职工2322人，工业总产值343.8万元。
1951年，市人民政府按照国家财政经济委员会颁布的《关于公营企业和公私合营应进行登记的通知》和《私营企业暂行条例施行办法》，以资本主义工商业为重点，对不同所有制的工商企业进行全面登记，颁发营业执照。1956年，在对资本主义工商业的社会主义改造基本完成以后，济宁市的工商企业登记管理工作处于停顿状态。
1963年10月，市人民委员会下达《关于对工商企业进行全面登记工作的通知》和《济宁市工商企业登记管理试行办法》，对国营、地方国营、公私合营、合作社等工商企业进行清理整顿和全面登记，重新划分生产经营范围，调整网点布局，取缔无证经营。是年底，共颁发营业执照1277户，取缔665户，不发证不取缔的358户。1964年8月至1965年5月，对工商企业再次进行清理整顿，重新换发营业执照。“文化大革命”期间，企业登记管理被视为“资产阶级法权”受到批判，企业登记管理工作一度停止。
中共十一届三中全会后，工商企业登记管理工作全面恢复。对境内93个符合条件的特种行业进行首批登记发证。其次，对85个社队企业、116个街道居办厂（组）、136个“三代店”、57个街道饮食服务组、10家社队办饮食服务组进行登记，颁发营业执照。对其他260个企业分别颁发临时营业执照。1979年12月，国家经委、农委、工商总局联合发出《关于对工业、商业、饮食业、交通运输业全面登记的通知》，对市内316个工业企业和325个商业、饮食业、服务业、交通运输业全部进行登记，颁发营业执照。通过普查登记，济宁市316个工业企业共有职工56896人，资金总额42105.72万元。其中，盈利企业286个，亏损企业22个，其他8个。1981年，全市开始实行企业登记管理年度检验制度，要求企业按照工商管理规定提供年检报告书、资金平衡表或资产负债表，经审查合格后在营业执照副本上加盖年检戳记。至1982年底，全市工商企业发展到1138个，从业人员88360人，注册资金74167万元。
1983年10月，市改区后，工商企业降至796户，从业人员19182人，注册资金4640万元。1984年，区工商局制定放宽企业登记发照办法，简化企业登记审批手续，放宽企业的开业条件、经营范围和经营方式。1985年8月，根据《国务院关于进一步清理整顿公司的通知》，对105个公司（中心）进行全面清理整顿，保留的公司37个，不具备公司条件、变更为其他企业的38个，吊销营业执照的28个，取缔违法经营的2个。随着经济体制改革的进程，国家工商总局发布了《经济联合组织登记管理暂行办法》，区工商局对企业实行优先审查批准、优先提供方便的政策，促进区经济联合组织的发展，1985年底，联合企业发展到39个。1988年6月，开始施行《中华人民共和国企业法人登记管理条例》，至1989年5月，经审核换证，重新颁发企业法人营业执照的528个，颁发营业性执照的550个，办理注销营业执照的185个，处理假集体转登个体的33个。1990年5月，区工商局、税务局联合对以集体名义登记的个体、私营经济再次进行清理，共查处“假集体”97户。至年底，工商企业注册登记共1286个，有企业法人的621个，营业性企业665个，从业人员38293人，注册资金20522万元。1994年7月1日，《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国公司登记管理条例》开始施行，区工商局对已开办的各类公司进行整顿和规范，按照年检办法和规定，加强对企业的年检工作。至1995年底，工商企业注册登记共2878个，其中有企业法人的1417个，营业性企业1461个，共有从业人员50992人，注册资金96246万元。