机构设置 1979年9月，济宁市医学会建立。是月选举产生市医学会第一届理事会。理事会有正、副会长4人，常务理事12人，理事43人。医学会内设13个专业学组。1980年3月，医学会发展第一批会员139人。1982年，发展第二批会员161人。1983年10月后，市中区因医疗机构减少和人事变更，医学会组织受到影响，会务活动暂时停止。1985年3月，医学会通过改组形成市中区医学会，并选举产生市中区医学会第二届理事会，理事会有正、副会长8人，秘书长1人，常务事理11人，理事25人，医学会内设15个专业学组。1986年，市中区医学会有会员244人。医学会颁发会员证，建立会员科技档案。1989年1月，医学会进行调整换届，选举产生市中区医学会第三届理事会。理事会有会长1人，副会长2人，秘书长1人，副秘书长2人，常务理事11人，理事33人。医学会内设16个专业学组（其中含中医学组）。至1995年，医学理事会负责人进行二次调整，人员编制未变。
组织活动 1979年9～12月，市医学会先后组织学术交流活动10余次，参加活动者2000余人。其间，会员撰写各类学术论文共51篇。1980年3月，市医学会为厂企单位医生举办心电图学习班。5月，举办初级技术职称晋升中级技术职称医药卫生辅导班，接受辅导者320人。1981年5月，市医学会举办学术交流会，有21个医疗单位、100余人参加。交流会共收学术论文75篇，部分专业论文载入市医学会刊物《医学资料汇编》，水平较高的论文分别在《中华医学杂志》、《中国急救杂志》、《山东医药》等杂志上发表。1983年，市医学会先后邀请上海华山医院、上海五官医院7名正、副主任医师和北京儿童医院4名副主任医师来济宁讲学。
1986年，市中区医学会护理学组试行护理责任制，对各种护理文书记录提出统一要求。在参加市区8家医院举办的心肺复苏竞赛中，市中区人民医院护理代表队取得第4名。1987年，市中区医学会各学组参加市级以上学术交流会的86人，宣读论文24篇。1988年，结合职称改革，各学组撰写论文共127篇，同时开展医学科研的技术引进。至年底，市中区卫生医疗单位共完成技术革新引进项目8项。1989年“5·12”护士节期间，市中区医学会护理学组组织护士开展知识竞赛和技术操作比赛活动，选出业务素质好、应答熟练者，参加市护理知识竞赛。是年，护理学组举办护士学习班，组织护理人员观看猝死诊断与抢救、急性心衰与肾衰、内科急腹症等电视录像。1991～1995年，市中区医学会除参加市医学会的各项活动外，自己组织两次学术研讨，共宣读论文87篇，获“科技进步奖”的49篇，其中二等奖3篇，三等奖46篇。