学制 1946～1967年，中学学制实行“三·三制”。1968年以后，中学普遍实行“二·二制”，即初中2年，高中2年。1978年秋季开始，全日制中学的初中恢复3年制。1980年秋，各中学高中部相继改为3年制。为实现九年义务教育，以山东省确定的“五·四制”为基本学制，市中区从1989年开始进行初中4年制学制改革。至1994年，初中全部改为4年制。
课程 清末，济宁中学堂课程设置12种，即修身、读经讲经、中国文学、外国语、历史、地理、算术、博物、物理、化学、法制、理财及图画、体操。每周上课36小时。至光绪二十七年（1901年），仿德国学制，实行中学文、实分科制，文科重经学，实科重工艺。
民国时期，中学课程有公民、国文、英语、数学、博物、历史、地理、物理、化学、动物、植物、生理卫生、图画、美术、体育、音乐等课程。日伪时期不设公民、博物，加设日语、经学及军训。
建国初期，中学课程开设政治、语文、数学、外语、物理、化学、生物、生理卫生、历史、地理、体育、音乐、美术和劳动技术等学科。1953年，初中开设语文、数学、物理、化学、生物、卫生常识、历史、体育、音乐、图画等科。高中开设语文、数学、物理、化学、生物、历史、制图、体育等科。至1958年，教学计划变更频繁，缺乏相对的稳定性，课程设置常有变动，一度影响了教学质量的提高。
“文化大革命”期间，课程设置任意取舍，用“砍、换、并”的办法重新组合，严重削弱了基础学科知识教学，1969年，中学课程设政治、语文、数学、工业基础知识、农业基础知识、革命文艺、军体、劳动等。1972年，开始实行省统一课程设置，中学设政治、语文、数学、物理、化学、地理、历史、农业基础知识、生理卫生、外语、体育、音乐、美术、劳动等。
中共十一届三中全会后，初中陆续使用国家统编教材，开设政治、语文、数学、外语、物理、化学、历史、地理、生物、生理卫生、体育、音乐、美术等。1989～1995年，初中学制改革后，实行四年制的学校开始执行国家教委颁布的《课程方案》，使用九年义务教育教学大纲和九年义务教育教材。课外活动改为活动课程，学制课程增设劳动技术课，共13个学科。