济宁州学设于文庙内（今济宁市委党校），为济宁直隶州的官办学校。济宁州学有学田2顷96亩8分7厘，为州学经费来源。
州学生员分廪膳生员（简称廪生），增广生员（简称增生）和附学生员（简称附生）。廪生每月领取廪米食饩（即生活津贴）。初入学者为附生，经岁试、科试、成绩优异者可依次充补廪生或增生。州学定例，生员入学额为30名，廪生30名，增生20名，附生无定员，岁贡1名，武试生员入学额为25名。
州学生员要接受本州学正和训导的教诲和管束，按规定参加每月初一、十五祭孔仪式，参加月课（即月试）和季考。如3次不应课即受戒饬，无故一年不到即被“黜革”（即开除学籍）。每季季考根据优劣，分出等次，向学政汇报。
生员须参加省学政主持的岁试和科试。岁试每年举行一次，科试在省乡试（考举人）前一年举行，是参加乡试前的予选，科试合格者方准参加乡试。乡试每3年举行一次，分“正科”和“恩科”，在子、卯、午、酉年的八月举行乡试录取的为正科，如遇皇帝即位或其他人员加试的为恩科。前5名称五经魁，第一名为解元，举人于第二年进京参加礼部会试，考中者为贡士，贡士经过殿试为进士。分三甲录取，第一甲，赐进士及第，共3名，第一名称状元，第二名称榜眼，第三名称探花。至1905年，山东省中状元者4人，济宁有2人。其中，孙毓溎道光二十四年（1844年）为甲辰科状元。孙如仅，咸丰三年（1853年）为癸丑科状元，被世人称为“隔代状元”并传为佳话。期间，济宁科甲出身的进士24人，举人87人，贡生101人。废科举制度后，济宁州学即废除。