蒙军攻陷济宁 宋嘉定五年，金宣宗元年，元太祖八年十一月（1213年12月），成吉思汗与子拖雷统帅蒙古军分道攻金。蒙古军南下，攻占河间、济南、益都等20余州府，直抵邳洲，黄河以南商丘、徐州、宿迁、清江等州府均被占领。济州（任城、今济宁市市中区）召集市民守城，战3日，为蒙军攻陷。
红巾军与元军济宁之争 元至正十七年五月（1357年6月），红巾军将领刘福通派关先生、白不信、毛贵分3路北伐，刘福通自率一军攻克大名曹（今菏泽市），濮（今鄄城县北）、卫辉（今河南汲县）等路州，8月攻占济宁。元至正二十一年（1361年8月），元大将察罕帖木尔进军山东，由东阿造浮桥渡河，红巾军集中2万人与元军争夺浮桥，元军且战且渡，后攻克长清，又以精兵5万攻东平，攻败田丰部红巾军，田丰、王士诚降元。元军进占东平、济宁。济宁重为元军占据。
朱元璋攻占济宁 元至正二十七年（1367年10月），元撤扩廓帖木尔军职，山东元军由太保中书右丞相统帅。同年10月21日，吴王朱元璋以中书右丞相、信国公徐达为征讨（虏）大将军，中节平章政事、掌军国重事常遇春为副将军率25万人北取中原。11月4日至下邳，命都督同知张兴祖由徐州攻克济宁。
燕王朱棣靖难军袭济宁 明惠帝元年（1399年7月5日），燕王朱棣在北平举兵靖难。次年11月，靖难军从馆陶渡黄河南进至东平，12月至济宁，后返北平。明惠帝三年（1401年6月），靖难军将领李远率轻骑6000人南下，袭济宁、鱼台、沛县，命士卒混入南军，烧毁南军运粮船及器械仓库，使南军断粮械。
杨虎起义军攻入济宁 明武宗六年（1511年）正月，河北文安史杨虎起义军东路军在刘六（宠）、刘七（震）、齐彦名率领下攻入邹县，袭兖州。3月，攻入曲阜阙里。武宗派惠安伯张伟任总兵官，右都御史马中锡提督军务征讨起义军。10月，起义军攻入济宁，俘工部主事王宠。11月17日在济宁焚毁明军运粮船1218艘，切断漕运。次年7月起义军失败。
李自成军济宁之战 明崇祯十七年（1644年），李自成起义军将领郭升率军入济宁，以张向行为大顺济宁防御史，刘浚本为兖东防御使，率掌旗等将士1300人防守济宁，各州、县亦为义军占领。5月1日，郭升离开济宁，次日义军将领白举进驻济宁，派傅龙为驻兖州掌旗。8日，济宁绅士聚众生事，当夜白举率起义军撤离济宁城。11日，济宁绅士调4乡地主乡兵9营（太平、奏凯、仁育、义正、智胜、勇奋、元武、文成、严翼营）进占济宁，捕获大顺起义军官吏张向行、刘浚本等，将其处死，恢复明制。15日，明济宁署总兵官右都督张文昌率900余人进剿峄山农民起义军。26日，驻兖州府各州县大顺军由郭升率领西去。济宁绅士四出鼓动，至27日兖州府属27城全部恢复明制。
捻军在济宁的战斗 捻军自入济宁州境到清咸丰十年（1860年）军力扩大，步马兵将已有几十万，全军列队百里，旌旗招展，角号相闻。是年10月22日，分旗分队北进，一旗由丰县张家庄奔入济宁的嘉（祥）、鱼（台）至金乡的化雨集、黄堆、羊山等地；一旗攻占州境西的安居镇，北到长沟，围歼长沟河标马万春及青州营骑兵，标兵冲围没有成功。捻军杀死河标马万春、千总傅朝立，把总刘凤鸣、刘善杰、陆克勤等，弁将及其所率的团练500余人均被全歼。捻军离开长沟直奔州城，知州卢朝安所带兵将不多，面对压境捻军，未敢迎战，而急速收兵退回济宁城。捻军随后追至城下，迅疾越壕，从土圩突入济宁西关外船厂街，喊声震天，炮声不绝，战斗激烈。后捻军分两队攻打，一队绕西关攻打北关，一队沿运河直插州城东南赵村、石佛，北折攻州城土圩观音阁寨门，遭到守城清兵抵抗，几天攻打不下。城西民团头子褚修义、史成元率民团偷至决马场湖堤，启开永通闸门向济宁城壕放水。水涨城不能陷，捻军回兵捉杀破堤放水的汛兵徐济瀛等。因城壕被水灌，无法再攻，随于28、29两日分3队陆续撤离，分渡洸河、府河到城北王府集村集结，稍事休整后，分队向兖州、汶上、泗水县城挺进。11月6日，清政府派亲王僧格林沁坐阵济宁。次年2月15日，一股花旗捻军到济宁西南新开河，清帮办军务都统西凌阿循河击却之；4月复趋济宁，知州周昆于顺河门外迎战由赵村渡河而来的捻军，插在顺河门观音阁上的抗捻大旗被拔除；10月，捻军黄旗一股袭济宁后，潜自石佛闸渡河西走。清同治元年（1862年2月），当僧格林沁与捻军首领李成会战于满家洞时，黑旗军首领胡四又突然烽及济宁东乡接庄等处，迫使僧格林沁慌忙回师济宁。清同治四年（1865年4月），赖文光、张宗禹率捻军大队人马攻打济宁城。4月15日，捻军过济宁张家桥土圩，围之，未及攻，闻清军将至，乃扑州城，列队亘数十里，并直逼观音阁、演武厅各圩门。（东）五里营民圩发炮截击，即受捻军立屠其寨，清兵死亡甚众。济宁城西，恰是城守营守备钟守仁率500营兵巡防城西乡安居，卒与捻军相遇，500营兵尽为捻军所歼。16日，赖文光等得知僧格林沁到济宁，又假攻一阵后，便由汶上袁家路口踹浅渡河而去。
国民军与直奉军济宁之争 1925年11月中旬，岳维峻（冯玉祥部国民军）与孙传芳、吴佩孚14省联军协同攻鲁。国民二军委派李继才为攻鲁前敌总指挥，李继才率主力从鲁西攻入曹州，驻济宁奉系张宗昌部旅长吴长植反戈，李继才顺利进入济宁并向泰安、济南攻击。11月19日，吴长植与驻兖州之奉系张培荣部联合豫军，攻击奉军张宗昌部，迫张退泰安。孙传芳又暗中任命吴长植为前敌总司令，吴长植转而进攻国民二军。李继才被迫退守兖州。1926年1月5日，张作霖与吴佩孚讲和，20日，双方发表讨冯玉祥通电，2月15日，吴佩孚委李景林为直军，张宗昌为鲁军讨冯（玉祥）总司令，李继才受直奉两面夹击，从兖州退守济宁，旋又退入河南。
国民党军攻占济宁 1928年3月15日，孙传芳5省联军残部改组的安国军第一方面军的第二军军长郑俊彦的第十师，第三军军长李宝章的第二师驻防济宁。4月9日，国民党第二集团军孙良诚第一方面军绕过金乡西侧，冲击孙传芳后尾，向巨野、汶上、宁阳攻击前进。15日攻占巨野、嘉祥，16日攻占济宁车站并包围济宁。守备济宁的郑俊彦部大部撤往城东南，城内仅留少部固守。孙传芳闻济宁被占，于17日率攻沛（县）的5个师兵力反攻济宁，令毛思义部在丰县牵制国民党军；以2个师袭击巨野，切断国民党退路；以2个师直犯嘉祥，切断济（宁）嘉（祥）之联络；以1个师增援济宁。在孙传芳以优势兵力企图向济宁、嘉祥间反攻之际，孙良诚部即撤至十里铺以北地区，国民党第一集团军的方振武军团一部已前进至十里铺以南至金乡一线。国民党的“北伐军”与孙传芳的联军在付庄、安居、十里铺、渭井桥、大长沟一线展开激烈拉锯战，至20日，津浦线的直鲁军已渡大汶河北窜，并先后占领兖州、汶上、宁阳等地。孙传芳恐被击留于汶河以南地区，遂下令全线撤退，向东平、肥城方向逃窜。21日，国民党军进占济宁。
无极道围攻济宁 1929年3月，滕县无极道道首李光炎（嘉祥人）、王传仁等，组织无极道军暴动。3月12日（农历二月初二），无极道、小刀会、红枪会万余人包围滕县，又以数千人包围临城（今枣庄市薛城区）。李光炎、王传仁又亲自挂帅，自12日起围攻济宁，遭国民党第二集团军梁冠英部阻击，死伤1000余人，800余人被俘，攻击受挫。因围攻济宁、滕县的战斗失败，遂撤退溃散。