水上运输始于1954年。运输工具多是大小木制帆船，航线为济宁—谷亭，客运班次不固定，票价因人数多少而定。1957年始有机动客轮，航线开辟至夏镇—常口—微山，年客运量4.8万人次，客运周转量259.4万人公里；货运量10.78万吨，货运周转量4303万吨公里。60～70年代，水上航运事业不断发展，运输条件逐步改善。期间，客运总量46.5万人次，客运周转量1162.3万人公里；货运量336.4万吨，货运周转量124398万吨公里。80年代中期航运事业较为兴旺，货运航线总运距达1万余公里。1988年，客运航线因久旱无雨，航道枯水，加之公路、铁路运输大量增加，水路客运逐渐减少，是年4月，客运航班停止运行。1990年，水路运输得以恢复，至年底，货运量127.6万吨，货运周转量51947万吨公里。1995年，货运量达到400万吨，货运周转量为191000万吨公里。