境内老运河由西郊进入，经城区入南阳湖。建国后，因河道狭窄，水上运输不便，经多次改造砌修，成为城区内观光游览之地。1954年后，开辟济宁至谷亭、夏镇等客运航线。
1959年，开通新京杭大运河。至60年代，济宁航运线已开通枣庄、泰安、临沂、菏泽等地。70年代，运输航线不断延伸。1973年，京杭大运河苏鲁段通航后，相继开辟济宁至盐城、扬州、泰州、南通、无锡、苏州、上海、杭州等航线。1985年后，水上航线已通至桐乡、嘉兴、余杭、芜湖、九江、马鞍山、铜陵、宜昌、亳州、富阳、长沙、株州等。至1995年，济宁航运线路已通过淮河、长江、赣江、钱塘江及运河五大水系直达苏、皖、申、浙、赣、鄂、湘等省市。并通过海河联运，以上海、南京、扬州等大港为中转站，通往广州、福州、深圳等沿海城市。总运距已达1万余公里。