行政管理 清末设立的青州府官立中学堂、青州府官立中等蚕桑实业学堂、青州府师范学堂，为合府公共学堂，其办学经费、人事调配皆由青州府管理。益都县官立高等小学堂、益都县立师范传习所及公立初等小学堂由县管理。私立学堂则应向县备案核准。
辛亥革命以后，省立第十中学、省立第四师范、省立第一甲种农业学校直属省教育厅领导，校长亦由省府任命。县立学校，如县立乙种实业学校。师范讲习所、东关高等小学等校，直属县政府管理。其校长由县教育局（科）提名，由县长委任。区立小学一般是完全小学，校长大都由区长或地方绅士提名推荐，由县长批准任命（由区长兼任校长者亦有），受县教育局（科）和区政府的双层领导。村立小学，一般无专职校长，多由村长或地方乡绅兼任名誉校长。村立小学、既受区、乡、村政府的领导，在业务上又受县教育局（科）的领导。
建国后，小学由县教育行政部门和区（社、乡、镇）党委双重领导，以教育行政部门为主。民办小学由区（社、乡、镇）大队（村）管理。建国初期，中学皆属省立，由所在地区专员公署代管，县政府协助管理。1958年后，中学管理权限下放到县。校长不再由省府直接任命，改为县委批准，报地区备案。
“文革”期间，公办小学管理权限一度下放到大队；普通中学除益都一中改办为县中外，其他学校均下放到公社。直到1975年，国办高中才改由县教育局管理，联办初中则受县、人民公社两级管理。
1985年，根据全国教育工作会议《关于贯彻<中共中央关于教育体制改革的决定>的意见》精神，改革了现行的管理体制。明确规定：教师进修学校、高中、农职中、实验小学、工农子弟学校、聋哑学校均由市举办并主管；初中和乡镇中心小学由乡镇举办和主管；小学由村举办，并协助乡镇管理。全市形成了三级办学二级管理的体制。
学校内部管理 清末所设的学堂，由于规模不大，专职管理人员较少，一般设有监督（校长）1人，综理校务。其他如文案、会计、庶务、监学、多由教习兼任。益都县官立高等小学堂，订有学堂章程。内容包括规章制度16种，计134条。从教职员工的职责范围到厅堂诸室规约，直至仪节、卫生、游息等，皆有章可循。这所学堂，由于“管理认真”，被清学部视学官目为京外最好的一处小学堂。
民国初期，校长以下设学监（1925年后改为训育主任）、庶务、会计（人员多少不等）、教员若干。新学制实行后，遵照部令六学级以下的中学，校长以下设教导主任1人，综理教务、训育事宜；六学级以上的中学，一般为校长之下设教务、训育、事务3处。1922年后，省立学校还设有经济稽核委员会、训育委员会、体育委员会等组织。县立完全小学，一般均有教导、事务主任各1人，协同校长处理教务、训育、事务等事宜；区立小学，其教务、训育、事务事宜多由校长、教师兼任。
建国后，在学校管理方面取消了民国时期的训导制度，推行民主管理。1952年根据中学暂行规程，中小学实行党支部领导下的校长责任制。
中等学校一般设有党支部、校长室、教导处、总务处，由正副校长，正、副教导主任，总务主任主持学校各项工作。此外，还定期召开校务会议、教导会议、班主任会议、总务会议，研究学校工作，加强民主管理。
完全小学，除中心完小建有党支部外，一般仅设校长、教导主任各1人。校长负责全面工作，并领导学区各村初小。教导主任在校长领导下，负责计划、组织和检查全校的教学和学生生活指导事项。各村小学多由1名主任教师负责学校全面工作。各班均设班主任、少先队辅导员，负责对学生进行德、智、体诸方面的培养教育。中心完小是全公社小学的中心，除自身办好外，还担负着对全公社公办小学的领导与民办小学的业务辅导责任。
“文化大革命”期间，中小学领导干部多数被当作“走资派”打倒。造反派掌权，工宣队、贫管组进驻并管理学校。原来管理学校的所有规章制度，均被视为“修正主义的管、卡、压”，全部予以废弃，致使学校的管理工作长期处于极度混乱状态。
中共十一届三中全会后，学校的各种管理制度得到迅速恢复，重新确立了各公社中心小学与学区小学，配齐了中小学的领导班子，使学校内部逐渐恢复了“文化大革命”前的管理体制。