市境内有大小河流20条，分属弥河、淄河、塌河水系，淄河、塌河又同汇入小清河。
弥河水系
弥河 《水经注》称巨洋水，《国语》称具水，其他古书又称巨昧、巨蔑、巨沫，朐弥等。从石河乡大刘村东由临朐入境。流经弥河、东坝、黄楼、杨家庄、谭坊、苏埠屯等乡镇，在苏埠屯乡的庄家庄东人寿光县。市境内流长29.82公里，流域面积662.5平方公里。主河槽250—300米，流量变幅较大，汛期旋泄洪水最大量达4000立方米／秒，枯水季节常断流.平均年入境水量为22836万立方米，平均年出境水量为29156万立方米，境内主要支流有石河、南阳河、康浪河、尧河等，均系季节性河流。另在石河、弥河、东坝等乡镇自南到北排列有乾河、墨水溪、温凉河（含另源汤王河）、云峡河（含另源建德水）等季节性短河，自西向东流入弥河。
石河 又名石沟河。《水经注》称洋（音详）水。季节性河流。北源出孙旺乡鏊子顶东麓，南源出钓鱼台乡摩云崮北麓。流经王坟镇，在石河乡入弥河。长31.3公里，河槽150米，流域面积229平方公里。
南阳河 《水经注》称“长沙水”，“出逄山北阜，世谓之阳水”。季节性河流。源出五里镇玲珑山（古逄山北峰）北麓，旧图志载，另有北源出朗公山（即今莲花盆乡大阴山）北麓。流经益都城区，在东坝乡入弥河。
康浪河 《齐乘》又称狗王河。两源均发源于郑母镇灵山北麓，东源称洗耳河。两源在四座楼村合流，流向西北，在谭坊镇人弥河。1974年在谭坊镇新挖排水沟，自郑母镇十亩田村北起，经宋池乡、谭坊镇北流人弥河，称新康浪河。
尧河 《水经注》载即蕤水。在赵坡乡，自临朐县入境，北流至郭家园村成为青州与昌乐的界河，在胶济铁路南侧人昌乐县境。西北流与丹河汇合后入弥河。
猪龙河 源出宋池乡香山北麓，经谭坊镇人寿光县境，汇入弥河。
淄河水系
淄河 是青州市与淄博市的界河。南起上庄乡长秋村，中经庙子镇、文登镇，北至邵庄乡台头村附近，入临淄境。青州市境内流长27.5公里，河面宽80—100米，最大流量为3180立方米／秒，枯水季节常断流。
仁河 一名银河，季节性河流，发源于杨集乡三县顶北麓。北流经上庄乡，在庙子镇人淄河。长27.5公里，宽30米，流域面积134平方公里。
塌河水系
市境北部自西向东，平行排列着南北流向的裙带河、北阳河、茅津河、龙泉河、乌阳沟、王钦河、伏龙河、跃龙河等季节性河流，均北流入寿光县境后，汇入塌河。
裙带河 《水经注》称女水，旧志又称女织水。东源旧称于家河，发源于普通乡尧王山北麓，西源发源于夹涧村南，两源在大交流村汇合。流经东高、苏闻、朱良、阳河等乡镇，境内长28公里，流域面积136平方公里。
北阳河 《汉书·地理志》称浊水，《水经注》说：“浊水，一名溷水。”古书又称渑水或绳水。《后汉书》说：“为山，浊水所出。”旧志载，另有北源出邵庄乡黑山东麓，东流，在石家车马乡岔河村两源合流。共流经五里、车马、益都（城关）、普通、王母宫、东高、高柳、朱良、阳河等乡镇，人寿光县境，流域面积193平方公里。
茅津河 发源于益都镇北，北流经王母宫、徐集等乡，在高柳镇入北阳河。长约19公里。
龙泉河 旧志称灵泉河。西源旧志称滑石沟（画十沟），出徐集乡褚马庄村西；东源旧志称福水河，出徐集乡苗家庄村西。两源在何官乡杨家营村北汇合，称双龙河。再北流入阳河乡，在双河村北与发源于张家河的龙泉河汇合北流入寿光境。1986年版“青州市地图”称此河为跃龙河，误。
乌阳沟 原源出何官乡时家河村西北，北流入寿光县境。1965年，从东夏镇堂子村北，新挖排水沟，名新乌阳沟，北流经徐集乡与口埠镇之间，在何官乡邢屯村北与旧乌阳沟相汇。
王钦河 旧河源出口埠镇进泮村南王钦墓侧，北流经何官乡出境。1965年从杨家庄乡西坡村西，新挖排水沟，名王钦河，北流经东夏镇，至口埠镇入旧王钦河。
伏龙河 源出口埠镇北大王村东，北流经何官乡北张楼村北出境。
跃龙河 （俗称盐路沟）源出口埠镇口埠村北，北流至何官乡张楼村东出境。1974年另在苏埠屯乡石家庄北新挖排水沟，北流至小马家庄出境，在寿光县与跃龙河相汇。
各河流在历史上流量变幅很大。《水经注》记载，北阳河“有时穷通”，南阳河“时有通塞”。南阳河在宋、明、清各代的记载中，汛期泄洪量都很大。《宋史·王居卿传》说：“青州河贯城中，苦泛溢为病。”宋代王辟之《渑水燕谈录》说：“青州城西南皆山，中贯洋水，……每至六、七月间，山水暴涨，……州以为患。”明代杨应奎《重修北门南阳桥疏》形容南阳河汛期时“梁崩地坼，岂料坚碕破败。”清代安致远《万年桥碑铭》说：“山瀑河涨，蔽岸塞川而下……河流滂湃，簸荡城基。”咸丰《青州府志》载：道光十八年，“南阳水与万年桥平，漂没居民村舍人畜甚众”。但自20世纪60年代以来，市境内大小河流流量大幅度下降，80年代以来，南阳水不但绝无象上述描绘的洪汛，而且连年断流，仅在雨量较大年份的汛期，有几天细流，即使流量大的弥河和淄河也常干涸，甚至全年断流。另外，弥河、南北阳河都受到工业废水的污染。