青州烤烟有炭疽病、花叶病、黑胫病、赤星病等病害和烟蚜虫、烟青虫、地老虎、蝼蛄、金针虫等虫害。防治措施一般采取种子消毒、轮作换茬和施用农药等。至1987年烟草所取得较大植保科研成果7项。
60年代初，对烟草黑胫病的发生规律和防治措施进行了研究，摸清了病源、寄生、发病条件和时间的相互关系。1965年完成了“烟草黑胫病流行规律及防治研究”，提出了推广抗病品种、夏改春烟、起垄培土、施用敌克松农药等有效的防治措施，收到理想效果。近几年又开展了病原菌生理小种的研究，为今后有效地培育抗病优质品种打下了基础。
60年代初，开始对烟蚜虫害和烟草病毒进行研究。1965年与山东农学院协作完成“烟蚜发生规律及防治”的研究，1985年又完成“山东烟区烟蚜越冬规律及防治研究”。针对病毒类型，提出了培育无病壮苗、减少接触传染、讲究田间卫生、利用银灰色地膜等综合防治措施。1979年植保室完成“山东烟草病毒病鉴定及防治研究”，获1979年中国农科院技术改进四等奖。
为提高施用农药的科学性和安全性，70年代后淘汰了有机氯农药，筛选了高效低毒有机磷和胺基甲酸脂类农药。1979年烟草所完成“多抗霉素生产工艺中间试验”，获1979年中国农科院技术改进三等奖。同时完成“几种农药在烟草上的残留动态及安全使用标准”的研究，获1978年山东省科学大会奖、1980年农牧渔业部技术改进一等奖。为了防治烟草赤星病，研制生产出“1496”生物制剂。