野鸟类 昌邑的野鸟有16个目、44科或亚科，近200种。
鹳形目
鹳科：白鹳；鹭科：牛背鹭、草鹭、苍鹭、池鹭、大麻鳽、黄斑苇鳽。
雁形目
鸭科：大天鹅、鸿雁、白额雁、豆雁、雪雁、鸳鸯、秋沙鸭、赤麻鸭、斑咀鸭、白眉鸭、针尾鸭、罗纹鸭、绿头鸭、琵咀鸭、赤膀鸭、绿翅鸭。
隼形目
隼科：红脚隼、黄爪隼；鹰科：松雀鹰、雀鹰、苍鹰、蜂鹰。
鸡形目
雉科、鹑亚科：鹌鹑。
鸨形目
鸨科：大鸨；三趾鹑科：黄脚三趾鹑；秧鸡科：红骨顶、白骨顶、董鸡、红胸田鸡、小田鸡；鹤科：丹顶鹤、灰鹤、白鹤。
鸻形目
燕鸻科：普通燕鸻、灰燕鸻；鹬科：大杓鹬、中杓鹬、小杓鹬、斑尾塍鹬、黑尾塍鹬、灰鹬、草鹬、矶鹬、红脚鹬、泽鹬、青脚鹬、小青脚鹬、弯咀滨鹬、尖尾滨鹬、乌脚滨鹬、扇尾沙锥、针尾沙锥、大沙锥、长脚鹬；鸻科：凤头麦鸡、矩翅麦鸡、金斑鸻、金眶鸻、白领鸻。
鸥形目
鸥科：白额燕鸥、灰背鸥、红咀鸥、黑尾鸥、银鸥、海鸥、须浮鸥、白翅浮鸥、鱼鸥、普通燕鸥。
鸽形目
鸠鸽科：山斑鸠、火斑鸠。
鹃形目
杜鹃科、杜鹃亚科：大杜鹃、四声杜鹃、棕腹杜鹃、中杜鹃。
鸮形目
鸱鸮科：长耳鸮、短耳鸮、红角鸮、斑头鸺鹠。
夜鹰目
夜鹰科：普通夜鹰。
雨燕科：雨燕。
佛法僧目
翠鸟科：翠鸟、兰翡翠；戴胜科：戴胜；佛法僧科：三宝鸟。
鴷形目
啄木鸟科、啄木鸟亚科；大斑啄木鸟、绿啄木鸟、棕腹啄木鸟；蚁鴷亚科：蚁鴷。
鸊鷉目
鸊鷉科：小鸊鷉、黑颈鸊鷉、凤头鸊鷉。
雀形目
百灵科：云雀、小云雀、凤头百灵；燕科：家燕、金腰燕、灰沙燕；鹡鸰科：林鹨、树鹨、平原鹨、田鹨、草地鹨、黄头鹡鸰、黄鹡鸰、灰鹡鸰、白鹡鸰、山鹡鸰，山椒鸟科；山椒鸟、小灰山椒鸟；伯劳科：长尾灰伯劳、虎纹伯劳、红尾伯劳、灰伯劳；黄鹂科：黑枕黄鹂；卷尾科：黑卷尾；椋鸟科：黄椋鸟、北椋鸟；鸦科：家鸦、寒鸦、大咀乌鸦、白鸬鸦、喜鹊、灰喜鹊；鸫科：兰矶鸫、白喉兰头矶鸫、斑鸫、灰背鸫、白眉地鸫、光背地鸫、兰歌鸲、兰点、红点，北红尾鸲；莺科、莺亚科：大苇莺、芦莺、棕柳莺、黄眉柳莺、黄腰柳莺；翁科、翁亚科：鸟翁、白眉翁、寿带鸟；山雀科：大山雀、沼泽山雀；绣眼鸟科：红胁绣眼鸟、暗绿绣眼鸟、灰腹绣眼鸟；文鸟科；树麻雀；雀科、锡咀雀亚科；锡咀雀、黑大蜡咀雀、黑尾蜡咀雀；雀科、雀亚科：金翅雀、黄雀、黄胸鹀、灰头鹀、黄喉鹀、黄眉鹀、白眉鹀、芦鹀、灰眉岩鹀、三道眉草鹀、燕雀。
60年代以来，随着剧毒农药的大量使用，诸如猫头鹰等逐渐减少。
野兽类 昌邑县地多平原，人口稠密，野生兽类较少，主要有狐狸、獾、狸、鼬、野兔、蝙蝠、田鼠、鼹鼠、刺猬。自1966年以后，狐狸、獾、狸、鼬等逐渐减少，有的已经绝踪。
昆虫类 野蜜蜂、螳螂、蟋蟀、壁虎、蚯蚓、蜘蛛、蜥蜴、蚕、蛇、青蛙、蟾、赤眼蜂、七星瓢虫、异色瓢虫、中华草蛉、丽草蛉、叶色草蛉、大草蛉、大灰食蚜蝇、黑带食蚜蝇、螟黄长距茧蜂、历奇蜂等。蛇系无毒蛇，自1966年后大量减少。
鱼类
一、海鱼 县境北临渤海湾，产黄姑鱼、小黄鱼、鲈鱼、梭鱼、鲻鱼、鳓鱼、鲅鱼、带鱼、鲳鱼、虾虎鱼、银鱼、鲆、鲽、斑祭、梅童、鲨、鳐、鳗、鲷、青鳞鱼等。近年因捕捞过度，黄姑鱼、鲅鱼、鲳鱼大大减少，幼鱼损害严重，故资源严重衰退。小黄鱼、带鱼、鳓鱼等濒于绝迹。
二、淡水鱼 境内地处暖温带，适于水生动物繁殖生长。全县天然淡水鱼种约10多种，分属3日6科。
鲤形目
鲤科：鲢鱼、鲤鱼、鲫鱼、麦穗鱼、棒花鱼、乌鳢鱼、餐条鱼、鲂鱼、马口鱼。
鳅科：泥鳅、花鳅、沙鳅。
鲶科：鲶鱼。
鮠科：黄。
鲻形目
鲻科：鲻鱼、梭鱼（溯河性洄游鱼类）。
合鳃目
合鳃科：黄鳝。
虾类 对虾、毛虾、明虾、褐虾等。
蟹类 梭子蟹、中华绒鳌蟹、宽身大眼蟹、伍氏厚蟹、豆形拳蟹、隆绒拳蟹等。
螺类 红螺、扁玉螺、托氏鲳螺、习见织纹螺等。
多毛类 主要有齿围沙蚕、短角围沙蚕、双齿围沙蚕、巢沙蚕等。
海贝类 文蛤、四角蛤、毛蚶、缢蛏、长竹蛏、兰蛤、青蛤、菲律宾蛤、日本镜蛤、饼干镜蛤、渤海鸭咀蛤、寻氏肌蛤等。
此外，还有海蛰等。