本县河流分潍河、白浪河和虞河三大水系，均依地势自南向北流入渤海莱州湾，多系季节性河流。
潍河水系 潍河古为潍水，俗称淮河，源于莒县潍山（又名箕屋山），以山得名。《水经注》云：“（潍河）水出琅琊箕县（今莒县）之潍山，故名潍水。然《汉书》之‘潍’作‘淮’”，乃俗称淮河。”《潍河源流考》曰：“潍水自箕屋山流至诸城，注以析泉水、涓水、扶淇水、卢水、四水共入，而潍水渐大。”再下，则汶河、渠河、浯河、百尺河、太祖河、九曲河等数十条大小河流一并汇入。每到汛期，山洪暴发，泛滥成灾，严重危害着人民生命财产和安全，建国前当地人民称其为“坏河”，属常年性河流。
潍河流经莒县、五莲、诸城、安丘、高密和昌邑县，在本县穆村镇小沼于家村东北入境，经眉村乡在朱里镇东南堤、东于渠和北港村东，入昌邑县境，北流入渤海莱州湾，河道全长246公里，流域面积6367平方公里。境内长度22.5公里。流域面积225平方公里，区境内长9公里，流域面积72平方公里。河床宽300—500米之间。1957年修峡山水库前历史最小流量1.2立方米／秒，一般流量10立方米／秒左右，历史最大流量1957年7月18日，潍、汶河上游普降暴雨110毫米，19日水位上涨至海拔22.74米（胶济铁路面基石），流量高达7850立方米／秒。1967年在小沼于家村北，建成114孔的栏河闸一座，1974年8月13日、14日辉村水文站过闸流量为4300立方米／秒，冲毁拦河闸35孔，长105米，冬季修复。
建国后，对河道、堤防进行了多次治理，并进行岁修和防汛工作，避免水患，保证农业丰收和人民安全。1958年到1960年，中共昌潍地委和昌潍专署。组织潍坊、昌邑、高密、安丘四个县（市）建成总库容13亿立方米的峡山水库，可灌溉农田104万亩，境内灌溉面积42万亩，同时解决北部沿海央子、泊子、南孙等乡镇的人畜饮水问题。还先后建成潍石公路大桥、胶济铁路复线大桥各1座；在穆村镇小沼于家建有114孔的潍河拦河闸和峡山灌区潍县4孔进水闸各1座，为农业发展提供有利的物质基础。
潍河故道 南起眉村乡望庄村北，至北港村东，曾为秦、汉、北齐时潍河流经之故道。此处地势较洼，宽1公里左右，沙厚10米以上。河西岸西李家庄窑湾，李家庄北新堤，东于渠村北方家口子，皆系潍河决口改道处，遗址尚存。
汶河 源于临朐县沂山东麓邹家岭，经昌乐、安丘，在本县穆村镇马村入境，经小沼于家村汇入潍河，全长122公里，总流域面积1760平方公里，境内长7.5公里，流域面积96.6平方公里，下游堤距350—550米，主河槽200—450米，历史最大流量5410立方米／秒（1957年7月19日），属季节性河流。1958年至1960年，先后在上游建有高崖、牟山两座大水库，削减了洪峰。
渭水河 别名渭水溪，源于车留庄乡南店村东，东流至穆村镇徐家庄南入汶河，全长13公里，属季节性河流。
白浪河水系 白浪河原名白狼河，以源头白狼山、白狼庙而得名，后演称白浪河。该河发源于今昌乐县鄌郚镇的大鼓山（即大姑山）南麓，流经昌乐、潍城，贯穿本县埠头、郭家官庄、里疃、固堤、泊子、央子等乡镇，由央子渔港以北汇入渤海莱州湾，主河道全长127公里，流域面积1237平方公里，境内长57公里，流域面积633.25平方公里，区境内长42.5公里，流域面积397平方公里，主河槽底宽50—100米，堤距200—1700米。
建国前，河槽狭窄，自然流向弯曲甚多，每到汛期，泛滥成灾，下游村庄一年中只收一季小麦，俗称“一麦田”，生产低下，群众生活极为贫困。1950年，昌潍专署组织群众对该河由潍坊市至潍县神堂子村河段，进行裁弯取直、挖河筑堤，完成了主河槽的治理工程，河底宽50—60米，堤距200米左右，设计流量（安固以下）1300立方米／秒，沿河人民从此改变了农业生产上的落后局面。1957年8月15日安全通过流量684立方米／秒。但据1972年水利大检查中核算，河道防洪能力，安固村以下，只能通过500立方米／秒。如超过此限。常寨村以下将会出现险情。1974年8月13日全县普降暴雨250毫米，白浪河水库泄洪790立方米／秒，符山水库泄洪（为白浪河支流水库）流量125立方米／秒，再加库区间和支流来水，安固村以下洪峰高达1200立方米／秒。虽经水库调节，但终因洪水泄量集中，下游决口3处，总长320米。1976年对下游进行了根本性治理，防洪坝延伸至蔡家央子村北龙王庙处，与防潮堤相接，末端堤顶高程6米，顶宽5米，堤距逐步扩展到1700米，设计流量1500立方米／秒。1987年冬和1988年春，对白浪河区段进行全面综合治理，工程项目是清障、疏浚加宽河槽、裁弯取直、加宽加高堤防、整理滩地等。
白浪河在境内有支流8条。该河上游建有微型水库25座，小型水库4座，还有中型水库1座，白浪河大型水库1座。该河系常年性河流，水期50天左右。近几年由于上游厂矿排放大量废水，河水污染严重。致使下游水不能灌溉农田。河上主要建筑物有公路桥、生产桥7座，涵洞48座。
白浪河故道 现存5条：河东4条，河西1条。①白浪河东侧，里疃乡范家庄子村西白浪河堤“北杨河圈”处，北魏时曾由此处决口，东流夺虞河入海。②在“北杨河圈”决口处，明、清时期又形成三条故道：一条是南起范家庄子村西，经宋家庄子村西，孙家杨孟与张金杨孟之间，枣林村与鲁家口之间，河南、圈里、高庄村西，大泊子村东，至前岭子村北，重归白浪河槽。1530年8月，（明嘉清八年七月），西横沟村刘璋（官居太仓副使）在高庄村西白浪河滩所建八角形砖井，至今尚存。第二条是鲁家口村西白浪河故道岸边，大汶口文化遗址以北有一股经北寨里、东常寨村入河。第三条是牟家温庄村北有一股流向西北，经海庙、蔡家栏子、大湾口、神堂子村东，至前岭子村北归入河槽。1838年7月（清道光十八年六月），白浪河决口，沿故道北流，魏家温庄深受其害，故名“魏家口子”。③白浪河西侧一条故道，南起双杨店镇东南阳村东河堤沙坝，经华疃、后岭、牟家院村夺小于河、大于河入白浪河槽，1866年（清同治五年）曾决口，沿故道北流。
大于河 源于昌乐县方山及胶子山东麓，西南东北流向，入境后，经符山、于河乡镇，在双杨店镇徐家村改道向东北流，在后岭村北入白浪河。该河原名“西虞河”，明、清时称“大于河”，民国时称“大圩河”。全长45公里，宽100米，流域面积253平方公里。在上游符山西麓建有符山水库（原称庙子水库）1座。库容2245万立方米。
大于河故道 原河道有三条：①自双杨店镇徐家村东，经庞家村、高里村，至冯家花园村东，已废弃。1950年开挖新河，从徐家村改道，至后岭村北入白浪河。②南起高里镇河南村西河堤“周家口子”，经河套村、一空桥村。至西官亭。重归大于河。金代明昌三年（1192年）大刘家庄（今一空桥村）在河上建一孔石拱桥，至今尚存。③南起南孙乡小西王庄西。经台底、禹王台村，至邵吕店村东，因大于河从冯家花园村北决口而形成。
干河 位于县西北部，白浪河东岸，南起里疃乡西南角，流经固堤镇北寨里村南，折向北至泊子乡蔡家栏子村南，向东与魏家沟汇流，至前岭子村西入白浪河，系排水干沟，无地下泉水。长22公里，宽30米，流域面积76.8平方公里。
小于河 源于望留镇明宗山东麓，经于河乡，在双杨店镇辛正村西入于河改道。全长25公里，河宽约30—70米，属季节性河流。
崔家河 源于寿光县留吕、五台一带，流经本县南孙、泊子乡，从萧家营乡韩家庙子村北入丹河。1964年自台底村南开挖，经报住子村西北入1952年挖的黄荞洼沟，因开挖时借用崔家营村南一段“崔家营沟”，故称崔家河。全长23公里，底宽12米，堤距50—500米，流域面积169.2平方公里，设计流量84立方米／秒。属季节性河流。主要支流有郭家营沟、斟灌沟、挑沟子、季家沟、营后沟等6条。
在崔家河以西的丹河两侧有丹河故道和弥河故道。丹河故道在今丹河东侧，南起萧家营乡的横里路村南，经韩家庙子村东，与崔家河并行北流。弥河故道在今丹河西侧，南起横里路村，北至韩家庙子村西。
桂河 源于昌乐县方山和胶子山西麓，经寿光县至本县高里镇冯家花园村南，入大于河故道（1950年大于河改道），至河北岭子村入白浪河。全长55公里，河床宽100—300米，流域面积376平方公里，设计流量123立方米／秒，为季节性河流。该河支流有白杨河、小河子、潘里沟等。
白杨河 源于杏埠乡远里庄南，流经杏埠、双杨店乡镇，至高里镇冯家花园村西南入桂河。全长13公里，河床宽约25米，流域面积72.5平方公里，属季节性河，下游有青龙沟、人庄沟。
丰收河 源于双杨店镇永宁官庄南部，流经双杨店、高里镇，在萧家营乡邵吕店村东入桂河。该河原名“七里河”，后称“小于河”，1950年治理大于河时，小于河在双杨店镇永宁官庄东南被大于河改道截断，从断处起上游称小于河，下游改称小河子。1976年导治后又有“丰收河”之称。长18公里，宽30米，流域面积96平方公里，流量23.5立方米／秒，属季节性河流。
孝妇河 别名“孝义河”，又名“石沟河”。据清嘉庆版《昌乐县志》记载：“孝义河源于上河头庄，迤北近王裒墓故名”。群众俗称“孝父河”，后写为孝妇河（王裒古为二十四孝子之一）。东北流经王裒村前、后张次村，流入本县埠头乡，在陈家庙子村西北入白浪河。全长143公里，境内长4.5公里，河床石底，宽35—80米。
虞河水系 虞河 古称“溉水”，又名东丹河。发源于安丘县灵山（古名溉源山），经房仕庄，在本县埠头乡泉河头村南入境，流经坊子、潍城区，再经郭家官庄、里疃、寒亭、固堤乡镇，沿昌邑、潍县边缘，北流入渤海莱州湾。全长75公里，宽30—70米，流域面积890平方公里。境内长56.25公里，流域面积209平方公里，流量207立方米／秒。属常年性河流。虞河主要支流有利民河、浞河、瀑沙河、富康河、夹沟河等。
虞河故道 现存二条：一条是寒亭镇北埠子村西至固堤镇李家埠村河段，1957年开挖小潘家庵至李家埠新河时废弃；一条是里疃乡南张氏村今虞河西岸，自汉至明代，虞河流经此处，地势低洼，故道宽约二、三十米。
利民河 位于县境东北部，源于固堤镇东横沟村东南2.5公里处，经走马岭、潍北农场，至西利渔村西入虞河。沿河洼地每到雨季，积涝成灾。1964年开挖此河后，变害为利，故称利民河。长18.2公里，宽35米。流域面积117平方公里，流量50立方米／秒，属季节性河流。
浞河 别名“寒浞河”，位于本县东部，发源于今坊子区涌泉乡南赵庄和常令公山西麓，流经寒亭镇，在昌邑县入丰产河。寒亭系夏朝古寒国，相传寒浞封于此地，故取名寒浞河，后简称浞河。长33公里，宽50米，流域面积73平方公里，流量140立方米／秒。属季节性河流。
瀑沙河 位于本县东部，发源于涌泉乡（今坊子区）风埠顶西坡官路村附近，流经东庄乡，在昌邑县入丰产河。据清光绪《潍县乡土志》记载：“瀑沙河其源有五，在黄埠庄三水合流，俗名三河，自此以下，水势湍急，如遇暴雨，流沙泛起，故称瀑沙河。”全长约27公里，宽15—50米，属季节性河流。
富康河 原名阜康河，别名“麸糠河”。位于本县东部，发源于涌泉乡胡家庄南，穿潍石公路，从东庄乡狮子行村东入夹沟河，流入昌邑县丰产河。全长14公里，宽70米，流域面积41平方公里，属季节性河流。
夹沟河 位于本县东南部，起于眉村乡（今坊子区）罗都屯村南，流经朱里镇（今寒亭区），在昌邑县入丰产河。1971年进行了全面治理，河长约30公里，宽25—45米，流域面积152平方公里，流量80.6立方米／秒，属季节性河流。