自1995年起，莱山区实施环境保护系统工程，对环境进行综合管理和整治。1995～1996年，实施“全面控制环境污染系统工程”（简称CCP系统工程）。1997～2002年，实施“改善环境质量系统工程”（简称IEQ系统工程）。2003～2007年，实施“持续改善环境质量系统工程”（简称ESD系统工程）。三项工程将环境质量指标、污染控制指标、环境建设指标、限期治理、总量控制、建设项目环境管理、环境管理指标等39项工作任务纳入其中，每项工程的实施，按照属地管理原则，实行环境目标管理责任制，省、市、区、镇、单位层层签订环境保护目标责任书。年终，省对市、市对区、区对镇（街道、园区）及各有关单位逐级进行年度考核，对没有完成目标任务的单位实行年终评先树优一票否决。至2003年，全区否决5家污染企业，关停莱山水泥厂、孔辛头炼油厂、莱山兴莱饲料厂、初家砖瓦厂等20家污染严重及国家明令禁止的项目及企业。完成各类环境治理项目和城区环保设施建设项目210个。
污染源控制 1995年，区政府建立建设项目环保第一审批制度，凡是新建和扩改项目，立项前必须由区环保部门进行环境评价。未经环保部门审批，其他各部门均不得办理相关手续。坚持“五不批”（国家明令禁止或淘汰的项目不批，无防治技术和措施的项目不批，环保资金不落实的项目不批，水源保护区内有污染的项目不批，引进不符合国家环保要求的技术和设备不批）、“三同时”（建设项目需要配置建设的环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用）和先评价后建设、先验收后正式生产原则。2000年，按照 “简化办事程序，提高办事效率”的要求，将提交“建设项目环境影响登记表”、“建设项目环境影响报告表”和“建设项目环境影响报告书”的时限，由过去的15日、30日、60日分别缩短至2日、10日和30日。2003年，实行污染物排放总量控制制度，核发排污许可证，当年发证4家。1995～2003年，莱山区实行环保第一审批建设项目1660余个，涉及食品、机械加工制造、涂料、房地产等上百种行业。
执法检查 1995年，区环保分局对境内外夹河和辛安河流域水源地两侧污染情况进行专项清查，打击两河流域土氰化和土法汞提金违法排污行为，共拆除汞碾子2台，取缔土氰化炼金点5处。1996年，依法查处莱山区砂金矿DSD酸项目的污染案件，土氰化现象和非法淘金行为得到遏制。1997～1998年，严查冒黑烟污染大气环境、排废水污染、水环境案件以及未经环保部门审批擅自开工建设的污染项目。查处烟台峰山化工厂废水污染案件及其呋喃酚污染项目，勒令该污染项目停止建设；查处莱山区鸿源化工厂的氯气污染和黉德食品工业有限公司废水污染马家河流域案件，责令鸿源化工厂对氯气污染限期治理，黉德食品公司停产治理。1999年，区环保分局制订并实施污染物削减计划，对全区所有污染源排放情况的企业进行逐一排查摸底，对8个重点污染企业的14个治理项目实施重点监控。自是年起，每年高考期间均安排专人在中午和夜间对环境噪声污染源进行巡查。2000年，查处烟台市初家建筑公司二处和莱阳市高格庄建筑公司夜间违规施工等行为，依法予以经济处罚。2001年，以生态建设为重点，对环境污染违法行为进行严查。先后组织重点污染源及建筑施工噪声源监察活动38次，查处违法单位36个，处罚金额7.60万元；责令限期治理企业3家，提出整改意见20余条。2002年5月，烟台市莱山区环境监理站成立（为副科级全额拨款事业单位，编制3人），负责全区环境监督管理工作。对烟台秀玉服装有限公司、烟台新亚黎明铝业有限公司、烟台麦多利啤酒原料有限公司、烟台渤丰钢铁建材有限公司、烟台利德洁具有限公司擅自停用污水处理设施行为予以3万余元的经济处罚；对烟台市华运镀锌管厂、烟台市华运实业公司电镀厂、烟台秀玉服装有限公司废水污染行为予以1万元的经济处罚。2003年4月“非典”防治期间，区环保局对全区5家医院和4个大型医疗场所进行监督检查，医疗垃圾、废物实行集中焚烧处理，医疗废水进行处理达标后排放。是年，区环保局对烟台市麦芽厂、烟台新亚黎明铝业有限公司闲置停用治污设施废水外排违规行为，烟台东昌供热有限责任公司、高新区新世纪物业公司的锅炉烟尘污染及烟台黄海建筑工程有限公司、烟台市建设集团第五建安公司、南通建筑工程总承包有限公司夜间违规施工等违法行为，依法予以总计5.50万元的经济处罚。
排污费征收 1995年，区环保分局对废水、废气、废渣排放实行超标单因子收费。1998年，增加征收SO2废气排污费。2002年1月国务院《排污费征收管理使用条例》颁布实施后，区环保局重新理顺排污费征收工作程序，建立排污申报、审核、计算、审定、征收、催缴、处罚、强制执行等一整套规章制度，改排污超标单因子收费为排污多因子迭加收费。2003年7月，按新办法征收，当年征收排污费220余万元。各年度征收的排污费，均按规定如数上缴国库。
1995～2003年莱山区环境保护统计表
表3—6
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│年 │1995 │1996 │1997 │1998 │1999 │2000 │2001 │2002 │2003 │
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
│ 份 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业重复用水量（万吨） │ 55 │560 │421 │271 │220 │197 │195 │206 │210 │
│ │0 │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业废水排放量（万吨） │ 31 │321 │293 │283 │143 │148 │163 │178 │183 │
│ │6 │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业废水排放达标量（万吨）│ 22 │265 │234 │258 │138 │148 │163 │178 │183 │
│ │6 │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业废水排放达标率（%） │71.5 │75.50 │80.0 │91.0 │96.5 │100. │100. │100. │100. │
│ │0 │ │0 │0 │0 │00 │00 │00 │00 │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业废气排放总量（万标立米│1580 │16000 │1540 │1524 │2470 │2855 │2591 │2658 │2657 │
│/年） │00 │0 │00 │58 │00 │40 │76 │45 │45 │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业废气处理率（%） │ │ │79 │78 │100 │100 │100 │100 │100 │
│ │ 65 │ │ │ │ │ │ │ │ │
│ │ │70 │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业烟尘排放量（吨） │ 10 │1100 │3424 │1534 │528 │332 │336 │329 │319 │
│ │50 │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业粉尘排放量（吨） │1472 │15680 │4977 │5608 │4008 │2378 │1900 │1930 │1850 │
│ │8 │ │ │ │ │ │ │ │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业固体废物产生量（万吨）│33.0 │27.30 │19.8 │9.80 │10.5 │10.7 │11.4 │10.2 │9.80 │
│ │0 │ │0 │ │8 │0 │7 │0 │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业固体废物综合利用量（万│14.0 │14.00 │13.0 │7.00 │9.60 │10.2 │11.2 │10.2 │9.80 │
│吨） │0 │ │0 │ │ │7 │4 │0 │ │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│工业固体废物综合利用率（% │42.0 │44.00 │65.0 │81.0 │90.7 │96.0 │98.0 │100. │100. │
│） │0 │ │0 │0 │0 │0 │0 │00 │00 │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│生活垃圾处理率（%） │70.0 │90.00 │92.0 │96.0 │93.8 │94.0 │94.8 │95.0 │95.7 │
│ │0 │ │0 │0 │0 │0 │0 │0 │0 │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│城市气化率（%） │65.0 │82.00 │90.0 │95.0 │97.5 │97.5 │98.5 │98.6 │98.7 │
│ │0 │ │0 │0 │0 │0 │0 │0 │0 │
├─────────────┼────┼─────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┼────┤
│建成区绿化覆盖率（%） │32.2 │35.00 │38.4 │40.2 │42.2 │43.5 │44.9 │46.0 │47.3 │
│ │0 │ │0 │0 │3 │5 │0 │0 │0 │
└─────────────┴────┴─────┴────┴────┴────┴────┴────┴────┴────┘