废水治理 建区后，区政府按照环保系统工程和“一控双达标”（主要污染物排放总量控制、城市空气和地表水环境质量达标）目标要求，采用污染治理先进技术，对重点废水污染企业逐个进行专项治理。全区列入重点废水污染治理项目7个。1996年，烟台市麦芽厂污水处理工程被列入省水污染限期治理项目，并限定COD削减目标。该厂1997～2000年，先后投资200余万元，对污水管网进行配套建设，废水达标排放。1997年，烟台峰山化工厂投资40万元，新上废水治理设施；烟台新亚铝业有限公司投资对废水处理系统进行改造，清除砂滤池沉积物，强化工序操作，废水排放均达标。烟台市黉德食品有限公司（原名莱山淀粉制糖厂）未经审批擅自上淀粉制糖项目并进行试生产，酵母生产废水未经处理直接外排，造成其厂区下游河流水及地下水环境污染。1999年12月被责令停业治理。是年，烟台市金桥乳制品厂投资10万元上污水处理设施。2000年，烟台秀玉有限公司投资150万元上污水处理设施，两家企业均采用气浮法处理废水，实现达标排放。2001年，烟台市高新区海越麦芽有限公司投资188.20万元建污水处理站，废水处理能力400吨/日，处理效率为一级，实现达标排放。
废气治理 燃煤灶具、锅炉改造 建区前，城区内大部分企业生产用原煤作燃料，加之居民冬季燃用原煤取暖，煤烟型污染有加大趋势。建区后，区政府在完成全区燃煤灶具和1吨/小时以下燃煤锅炉改燃油、气或用电之后，对大于1吨/小时锅炉及生产窑炉强制使用低硫低灰份优质煤（灰份＜15%，含硫量＜0.6%）,普及使用低硫煤、无铅汽油、燃油、燃气的锅炉、窑炉。1996～2000年，全区完成滨海、宏福、迟家3个小区管道液化气一期工程；结合旧城改造，对新建住宅区实行集中供热。1998～1999年，区环保分局下达3批重点烟尘污染点源治理计划，治理污染点源60余个。2000年，对烟尘超标的烟台市麦芽厂、清泉纸箱厂、樗岚、石沟屯、前七夼等16个单位（村）的燃煤设施全部进行更新改造，冒黑烟严重锅炉基本消除。至2003年，全区完成前七夼、后七夼、迟家、石沟屯、凤凰、初家等小区的供热工程，城区集中供热面积59.20万平方米。
粉尘治理 1997年，山东渤丰集团公司4.40万吨水泥生产线被关停，另两条8.80万吨/年水泥生产线投入70万元上静电-水膜除尘器。但因技术问题，一直未能正常运转。1999年“一控双达标”任务下达后，该厂投资160万元上除尘设施，两条立窑排污达标。2000年，烟台市水泥厂4.40万吨生产线被关停。2002年，该厂新上一台熟料磨静电除尘设备，南分厂粉尘污染得到很大改善；北分厂立窑上湿法除尘设施，达到治理标准。是年，烟台长荣水泥有限公司投资120万元上除尘设施，采取静电除尘及湿法除尘方法治理两条8.80万吨/年水泥生产线，粉尘达标排放。莱山水泥厂因未达到排污标准，1999年12月被关停。
噪声治理 1995～2000年，区政府在初黄路（港城东大街）、清莱路（迎春大街）等城区主干道设置禁鸣标志，结合机动车尾气路检对禁鸣区乱鸣喇叭情况进行整治。禁止店外经营和用高音喇叭招揽顾客，限制娱乐场所营业时间，减少噪声排放；禁止拖拉机在主要路段行驶。2001年，对超标排放噪声的建筑施工单位限制作业时间，规定晚10时至次日晨6时和中午12时至14时禁止施工，同时进行夜间突击检查。城区交通与区域噪声分别降低2.8分贝和0.1分贝。
固体废物治理 建区后，山东渤丰集团公司炼铁炉渣一直综合用于本地水泥企业烧制水泥。全区所有锅炉煤渣全部作为制砖原料。10余家选矿厂的尾矿全部用于复土造田。