分类管理 2000年，区政府根据市卫生局、财政局、计划委员会制定下发的《烟台市医疗机构分类管理实施办法》的规定，将全区医疗机构分为营利性和非营利性两类，实行分类管理。经初审并报市卫生局审核，核准莱山区第一、第二、第三人民医院和烟台大学校医院及村卫生所、单位内设卫生所等162家医疗机构为非营利性医疗机构，享受免税待遇，部分非营利性医疗机构享受政府财政补助；核准所有个体诊所和部分对社会开放的单位卫生所106家医疗机构为营利性医疗机构，依法照章纳税。
分级管理 20世纪90年代初期，境内各镇卫生院按照《山东省医院分级管理办法实施细则（试行）》的规定，加大资金投入，扩大医院规模，改善医疗条件，提高医疗服务质量和管理水平，推行标准化管理。1993年，初家镇卫生院（区第一人民医院）通过烟台市卫生局一级甲等医院评审，被确认为一级甲等医院。建区后，区卫生管理部门加强对各医院的指导，开展医院分级管理达标评审活动。1997年，莱山镇卫生院（区第二人民医院）被市卫生局确认为一级甲等医院。至2003年，全区一级甲等医院2处。