1994年，莱山区有1家小型民营科研机构——莱山区食用菌研究所，从事食用菌研究，有科研人员3人。之后，民营科研机构不断增加。1999年，民办科研机构13家，科研人员200余人。2001年发展为27家。至2003年，全区各类民办科研机构42家，科研人员600余人。这些民营科研机构主要从事新型建材、环保设备、特种动物繁育、优良果品、花卉繁育、推广食品、制药、食用菌、橡胶等行业技术研究。
山东省绿叶天然药物工程技术研究中心 1999年7月成立，由烟台绿叶制药有限公司（山东绿叶制药股份有限公司）创办，为山东省天然药物领域唯一一家省级企业技术研究中心。地址在宝源路9号。该中心以中药、天然药物（包括植物、动物、海洋药物来源）为研究对象，提取有活性的天然化合物，研制开发具有自主知识产权的创新药及药物新制剂。该中心设有实验室1万平方米，配有Bruck Avance 400M核磁共振仪、液相色谱——质谱联用仪、高效液相质谱仪等仪器设备，总价值2000万元。建有山东省中药新药安全性评价中心、注射用冻干粉针制备平台、抗肿瘤药物筛选与评价平台等9个新药研究平台。自1999年起，承担科技型中小企业创新基金、国家863攻关计划等国家及省级研究课题，每年对外技术贸易合同额数千万元。2002年，注册山东绿叶天然药物研究开发有限公司。至2003年，该中心承担研究课题10余个，有20余个项目在国内大型制药企业中进行产业化生产或临床实验；申报国家发明专利近百项，获得授权10多项；申报国际发明专利5项，获得授权3项。2003年该中心专职科研人员98人，其中具有高级职称20人，中级职称29人，本科学历49人。
1999～2003年山东省天然药物工程技术研究中心承担科研项目一览表
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│年 │项目类别 │项目名称 │扶持金额（│
│份 │ │ │万元） │
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│199 │国家中小企业创新基金项目 │七叶皂苷系列产品的开发与产业化 │100 │
│9 │ │ │ │
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│199 │国家中药现代化研究与产业化开发 │七叶皂苷系列产品的产业化开发 │ 70 │
│9 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │国家863计划 │利用海藻多糖生产人工皮肤技术的中试推广 │ 30 │
│0 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │国家中小型企业创新基金项目 │人造皮肤的产业化 │100 │
│1 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │山东省科学技术发展计划 │中药现代化关键技术研究 │ 30 │
│1 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │国家863计划 │抗脑缺血药SYA的临床前研究 │ 80 │
│2 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │国家十五攻关计划——中药现代化山东基│超临界二氧化碳提取当归油的研究及产业化开│ 13 │
│2 │地项目 │发 │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │山东省科技攻关计划 │中药新药安全性评价中心建设 │ 30 │
│2 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │山东省科技攻关计划 │桑叶总生物碱的研制 │ 13 │
│2 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │国家重大科技专项“创新药物和中药现代│红花提取物质量标准的研究 │ 10 │
│3 │化”专项 │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │山东省科技攻关计划 │抗肿瘤药人参次苷H注射液的研制 │ 38 │
│3 │ │ │ │
├───┼──────────────────┼────────────────────┼─────┤
│200 │山东省优秀中青年科学家奖励基金 │中药注射剂指纹图谱研究及技术平台研究 │ 10 │
│3 │ │ │ │
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烟台高新区兔业科研所 烟台双鹿野生动物科研所 1996年5月，烟台发达兔业有限公司创办烟台高新区兔业科研所。该所占地20公顷，畜舍面积1万平方米。专业科研人员9人，从事良种长毛兔的繁育与推广。地址在解甲庄镇西解甲庄村。1997年，用科学杂交方法培育出“烟台长毛兔”，通过省科委鉴定。之后多次获奖。1998年，烟台发达兔业有限公司创办烟台双鹿野生动物科研所，与烟台高新区兔业科研所合署，从事特种动物繁育、饲养课题研究和推广。1999年，“良种鹿繁育与推广”项目列入山东省农业良种产业化计划。2000年，该所所长张永义被山东省特种动物养殖协会评为全省特种养殖拔尖人才。2002年，双鹿科研所被全国特种动物养殖协会聘为常务理事单位。2003年，张永义担任山东省特种养殖协会副会长。是年，该所专业科研人员9人。
烟台高新区科立自控设备研究所 1999年9月成立，占地0.10公顷，建筑面积500平方米。科研人员15人，其中具有中高级技术职称7人，从事食品、制药业发酵设备及其自控装置的研究开发和批量生产。地址在初家街道松岚村。主要产品为各种类型的不锈钢自控发酵罐，远销江苏、广东等地。2003年，该所完成技工贸总收入2000余万元。
烟台高新区固特丽高新技术研究所 1999年10月成立，由烟台固特丽科技有限公司创办。租用烟台高新区留学生创业园房屋办公，使用面积300平方米。科研人员6人，其中博士学位2人，硕士学位4人，从事弹性腻子、防水涂料等各种新型建材研究与开发。地址在桐林路10号。2001年，迁址中俄基地科技孵化中心大楼（莱山区迎春大街133号），办公用房使用面积400余平方米。该所承担的“壳寡糖开发及利用”项目列入烟台市科技攻关计划。2003年，该所研制的MC系列砂浆外加剂在全国20余个省、市推广使用。
烟台市莱山区莱山镇惠远家禽研究所 2001年4月成立。占地0.27公顷，建筑面积1100平方米。科研人员4人，从事良种蛋鸡的繁育、推广以及绿色鸡蛋的研究与生产。良种培育面积1000平方米。地址在莱山镇董家庄村。2002年，占地扩大至1.33公顷，建筑面积增加至4200平方米，良种培育面积扩大至2000平方米。2003年，存栏9000只，产蛋100吨。研究开发的“健康蛋”及种鸡均投放市场。是年，该所被国家农业部评为“国家级绿色食品基地”。
烟台利生环保新技术研究所 2001年6月成立，由烟台国防科技交流培训中心创办。办公用房建筑面积120平方米，科研人员5人。主要从事环保技术及设备（如野外饮水机）、水处理技术及设备等的研究开发。地址在海韵路6号。该所研究开发的空间杀菌消毒技术、净水处理等技术已用于相关项目工程。主要研究成果有JFK系列、KFK系列臭氧发生器和纯净水直饮到户系统等。
山东省海藻工程技术研究中心 2001年12月成立，由山东东方海洋股份有限公司创办。为省级工程技术研究机构，与烟台大学、中国海洋大学、中科院海洋所、黄海水产研究所以及山东省水产研究所、烟台市水产研究所等建立长期稳定的合作关系。占地7.20公顷，建筑面积4万平方米。科研人员63人，其中高级工程师7人，中级工程师13人，助理工程师21人，技术员22人。主要从事海水育苗育种、养殖研究开发、生产以及水产品加工出口业务，是集渔业生产加工、国际贸易、科技开发以及技术推广于一体的国家火炬计划重点高新技术企业、国家农业产业化重点龙头企业。地址在澳柯玛大街18号。2003年，该中心完成工业总产值8412万元，产品销售收入7269万元，实现工业增加值6632万元，利润1348万元，出口创汇1178万美元。
烟台高新区骨科研究所 2002年4月成立，由莱山区光华骨科医院创办。占地0.12公顷，建筑面积1000平方米。科研人员10人，其中具有中高级职称5人，从事骨科治疗方法以及骨科固定器械的研究。地址在迎春大街150号。该所研究的肩关节脱位4种保守整扶方法应用于临床，疗效明显。在《中国创伤骨科》、《中国骨科》等杂志上发表多篇论文。
烟台天圣橡胶坝设计研究所 2002年4月成立，由烟台天圣橡胶坝有限公司与中国水利科学技术研究院合作创办。占地0.50公顷，建筑面积2800平方米。科研人员 22 人，专门从事研究开发各种类型橡胶坝，用于小型水利工程和小河流域治理。地址在莱山经济开发区源盛路12号。该所研发的高度6米的橡胶坝为国内首创，并取得“钢丝网橡胶坝及其生产工艺”的发明专利。2003年，产品销售收入2000万元。
烟台市食用菌产业发展中心 2002年10月成立，由莱山镇政府与烟台师范学院食用真菌研究所联合创办。占地3公顷，建筑面积4500平方米，是山东省食用菌专家顾问团、山东省菌物专业委员会、山东省农业微生物专业委员会挂靠单位。专门从事食用菌科研与教学并且具有博士、硕士学位的专家教授20余人。配有科研和教学实验设备50余台（套），价值800余万元。其中透视电镜1台，价值300余万元。内设食用菌科技创新研究、食用菌优良种繁育、食用菌品牌研制、食用菌科技成果示范、食用菌新技术推广和食用菌信息咨询服务六大中心，从事秸秆食用菌科研、生产、加工、技术培训和咨询服务等。地址在莱山镇姜家台村。2003年，该中心被国家科技部确定为全国食用菌培训基地，每年举办培训班2期，每期参加培训200余人。
烟台高新区爱克斯分析技术研究所 2003年4月成立，由烟台大学留德教授创办。办公用房使用面积100平方米。为烟台高新技术创业服务中心在孵企业。科研人员5人，主要从事分析技术的研究以及X射线荧光分析仪的开发，其技术水平在国内处于领先地位。地址在迎春大街133号。是年，样机已开发成功并批量生产。