党政群机构改革 2001年12月，区、镇两级党政机构进行改革，转变政府职能，实行政事分开；综合设置工作部门，强化科技、招商等部门工作职能。中共烟台市委烟台高新技术产业开发区工委（中共烟台市委烟台中俄高新技术产业化合作示范基地工委与其合署）仍为市委派出机构，与中共莱山区委合署；烟台高新技术产业开发区管委（烟台中俄高新技术产业化合作示范基地管委与其合署）仍为市政府派出机构，与区人民政府合署，其工作机构合并设置，实行一套机构或对外挂牌体制。区委工作机构保留区纪委机关（中共烟台市纪委高新区工委、区监察局与其合署）、区委办公室（挂区政府办公室、区委统战工作部牌子，对外可使用民族宗教事务局名称）、区委组织部（挂人事劳动和社会保障局、机构编制委员会办公室、区直机关工委牌子）、区委宣传部、区委政法委（社会治安综合治理委员会办公室与其合署）。区政府（管委）工作机构撤销经济发展局、贸易局、司法局，设计划统计局、公安分局、财政局、审计局、农业经济发展局、建设管理局、科学技术局、对外贸易经济合作局、社会发展局（挂司法局牌子）、教育体育局、经济贸易局（内设安全生产监督管理局）、环境保护局。区直行政编制由253人精简至200人；司法编制由11人精简至10人。镇设党政办公室、经济发展办公室、社会事务办公室（挂计划生育办公室和社会治安综合治理办公室的牌子），街道设党政办公室、经济发展办公室、社区管理办公室。镇、街道行政编制总数由原来的90人，增加至105人。其中行政编制莱山镇29人，解甲庄镇31人，初家、黄海路、滨海路街道分别为16人、14人、15人。2002年，区人大、区政协、区总工会、共青团区委、区妇联机关和区检察院、区法院进行机构改革，重新确定人员编制和内设机构。2003年8月，区政府办公室单设。
事业机构改革 1997年5月，区编委专门对镇农口事业单位进行改革理顺。三个镇农口事业单位各设9个，人员编制共94人，其中初家镇34人，莱山镇、解甲庄镇各30人。采取个人填报志愿、公开答辩、民主评议、组织考评相结合的方法进行竞聘，落聘人员采取分流安置。1999～2000年，根据省部分行业事业单位改革要求，莱山区建筑设计院、律师事务所、会计师事务所、审计师事务所先后与原主管部门脱钩，转为社会中介机构。 2001年12月，全区事业单位进行较大规模的改革，把一些事业单位承担的行政职能收归区政府有关部门承担，把党政机关中的一些技术性、服务性职能分离出来，由事业单位承担。区直事业单位职能加强的6个，撤销13个，改制为企业的4个，职能理顺的2个。保留盛泉工业园区管委、凤凰工业园区管委、创业服务中心、招商局4个直属事业单位，新设财贸办公室，房管局由区建委下属事业单位改为区政府（管委）直属事业单位。从事经营活动事业单位的区泊子苗圃、区检察院培训中心、区清泉垂钓俱乐部、区林业花卉科技园改制为经济实体。镇农业技术推广站、水利站、蔬菜站、林业站、果树站、农机站、水产站等为农服务单位合并设置为农业技术服务站，计划生育服务站、文化站、司法所等合并设置为社会事务服务站，设置村镇建设服务站。镇广播站等职能逐渐削弱或随着社会的发展不再保留，其职能由社会事务服务站承担。街道统一设置财政审计所和社区服务站，全额拨款，其职能与乡镇大体相当。事业编制，莱山镇、解甲庄镇分别为30人，初家、黄海路、滨海路三个街道分别为15人。