1994年12月，烟台市莱山区机构编制委员会成立，区长任主任，区委分管副书记、秘书长、组织部部长任副主任，区政府秘书长和人事、计划、财政、建设部门负责人任委员，下设办公室，与区人事劳动局合署，负责编委会的日常工作。1995年3月，区编委印发《机构编制委员会工作规则》，对区编制委员会的职责、工作制度、工作程序作出具体规定，保障机构编制工作有序开展。1996年9月，区编委印发《关于进一步加强机构编制管理工作的通知》，对机构编制工作程序、机构设置原则作出明确规定。2003年，区编委会成员作调整，烟台高新区管委主任、区长任主任，区委分管副书记任副主任，区委秘书长、组织部部长、区政府秘书长、区人事劳动和社会保障局局长、区财政局局长任委员。
党政群机构 1994年，按照“精简、统一、效能”的原则，经烟台市委、市政府批准，莱山区委设工作部门5个（纪律检查委员会、办公室、组织部、宣传部、政法委员会），区政府设工作部门13个（办公室、
经济发展局、农村经济发展局、贸易局、城乡建设委员会、计划统计局、科技教育局、社会发展局、财政税务局、监察局、烟台市公安局莱山分局、国家安全局和审计局），群众团体3个（工会、共青团、妇联）。从牟平区、芝罘区划转区直行政编制200人，初家、莱山、解甲庄三个镇行政编制109人，司法编制10人。之后，根据工作需要，全区党政机构设置不断进行调整，编制有所增减。1996年，确定区直行政编制250人，三镇行政编制90人，司法编制11人。1998年10月，区财政税务局分设为区财政局、区地方税务局，地方税务局改为省垂直管理单位。1999年9月，设立烟台市莱山区科技工作办公室。1999年10月，撤销初家镇党委、政府，设立初家、黄海路、滨海路三个街道党工委和办事处。各街道设人大工作室、政协工作室、人民武装部；中层机构设党政办公室、政工办公室、综合治理办公室、社会事务办公室、城建办公室、经济发展办公室、财政审计办公室。各街道行政编制均为15人。2001年1月，莱山区国家安全局划归市国家安全局。2001年，烟台市环境保护局莱山分局下放到莱山区管理。2003年，全区党政群机关编制321人，其中区级编制216人，镇级编制105人。
事业机构 1994年，莱山区从牟平区、芝罘区划转镇级事业单位40个，编制20人。其中初家镇15个，编制84人；莱山镇13个，编制54人；解甲庄镇12个，编制62人（不包括教育事业单位）。1995年2月，莱山区设立区直事业单位30个。其中全额拨款10个，编制35人；差额拨款6个，编制28人；自收自支14个，编制72人。之后，根据工作需要，区直事业单位有所增加。1999年10月，初家、黄海路、滨海路三个街道办事处成立后，初家街道办事处事业编制22人，黄海路街道18人，滨海路街道20人。至2001年11月，莱山区区直事业单位78个，编制461人。其中，全额拨款编制229人，差额拨款85人，自收自支147人。2002年12月，设烟台市莱山区马山工业园区管理委员会。2003年7月，设烟台市莱山经济开发区管理委员会，均为全民所有制事业单位。2003年，全区各类事业单位92个（不包括中小学校），编制804人，实有787人。其中区级事业单位70个，编制621人；镇级事业单位22个，编制183人。