1995年，区审计局首次对区经济发展局等部门、单位的负责人进行离任审计。1997年，区政府建立领导干部离任审计制度，出台《行政事业单位负责人离任经济责任审计暂行规定》。是年，区审计部门开展两项离任经济责任审计，查出莱山区某中学无依据收费35万元，白条支出4.10万元。1998年，对 3个单位负责人进行离任审计，明确其在任期间的经济责任。2000年，区委、区政府出台《机关事业单位领导干部任期经济责任审计暂行规定》，把镇（街道）党政正职和主持部门单位工作超过1年以上的副职纳入审计监督范围。在离任审计的基础上，增加在任审计和届满审计两种形式，注重对领导干部任期全程的监督。审计程序由原来的组织部门交办改为由区政府统一交办。区属机关事业单位侧重于预算执行情况、预算外资金收支情况审计，镇（街道）侧重于“三提五统”等经济指标完成情况、重大经济决策情况审计。2000年3月，烟台市莱山区离任审计处成立（编制2人，为股级全额拨款事业单位），专门负责对区直机关、事业单位、国有企业（包括国有资产占控股地位的企业）、法院、检察院和镇、街道、园区等法定代表人进行任期经济责任审计。2001年，区离任审计处对5个部门和单位主要领导干部进行任期经济责任审计。2002年，对15个部门和单位的17名负责人进行任期经济责任审计，查出违规金额600余万元，提交审计结果报告17份。2003年，对6个部门的负责人进行任期经济责任审计，审计调整家底资金100余万元。是年，莱山区建立由有关部门参加的领导干部经济责任审计联席会议制度，定期对全区领导干部经济责任审计情况进行通报。