1994年11月，烟台市土地管理局莱山分局成立，正科级建制。编制7人，内设办公室、建设用地科、地籍规划科，负责全区土地管理工作。办公地址初设在初家镇政府办公楼，后迁址凤凰工业园新苑路7号，又迁址山东清泉集团公司办公楼（清泉路1号）。1995年8月，下设烟台市莱山区统一征地办公室（2000年，更名为烟台市莱山区地租征收办公室），为股级自收自支事业单位（2000年升格为副科级差额拨款事业单位），编制8人，负责土地征用手续办理服务和划拨土地有偿使用费用征收等。1998年，区土地分局增设市场科、测绘科、执法监察科。2001年12月，与烟台市莱山区矿产资源管理办公室合并，更名为烟台市国土资源局莱山分局，内设办公室、耕保科、地籍科、市场科、法规科、测绘科、地矿科，行政编制12人。增加矿产资源管理职能。2003年，全局实有人员30人。