1994年，按照国务院统一要求，莱山区实行分税制改革，即设立中央税、地方税、中央与地方共享税。将维护国家利益、实施宏观调控所必须的税种划分为中央税；将适合地方征管的税种划为地方税；将同经济发展直接相关的主要税种划分为中央与地方共享税。共享税中，中央分享75%，地方分享25%。2001年2月，莱山区按照中央和省市的统一部署，开展税费改革工作，对农民负担及农作物常年产量进行测算，对第二轮土地延包、土地面积进行核查。后因国家将此项工作改为在局部地区试点，全区税费改革工作暂停。2002年，山东省被列入试点省份之一后，莱山区税费改革工作重新起动。改革的主要内容包括取消镇统筹、农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府性基金，取消屠宰税，逐步取消“两工”（劳动积累工和义务工）；调整农业税政策，以计税土地面积、农业常年产量为征税基础征收农业税，按农业税和农业特产税不重复交叉征收的原则，逐步取消农业特产的应税品种；改革村提留征收使用办法，即由农民按人均纯收入上缴村提留，改为按新的农业税和农业特产税附加的形式收取。对70岁以上老年人、优抚对象及残疾人实行减免。此次改革，全区实际计税土地约8000公顷，农业税计税常年亩产471公斤，涉及农户3.19万户。税费改革后，全区农民年人均负担98元，人均减负44元，减负率31%。2003年，农业特产税停征，“两工”全部停用。