建区初期，莱山区进出口企业均为“三资”（ 外商独资经营、中外合资经营、中外合作经营）企业，有10余家。1998年12月，烟台高新区对外贸易有限公司取得进出口经营权，为莱山区首家取得自营进出口权的内资企业。1999年，更名为烟台海翔对外贸易有限公司。之后，山东绿叶制药股份有限公司、烟台市振华木业有限公司、烟台宝源净化有限公司、烟台永盛木业有限公司、山东东方海洋科技股份有限公司相继取得进出口经营权。2000年，全区自营进出口企业80家，其中“三资”企业76家，内资企业4家。2003年，全区自营进出口企业156家，其中“三资”企业143家，内资企业13家。