海洋监察 1994~1998年，莱山区渔政海洋管理工作由烟台市海洋监察大队兼管。自1995年起，在每年休渔期间，海监部门均对拖网、放地筏等违法行为进行专项检查，并会同工商、公安、宣传等部门对各市场内非法销售水产品业户进行查处。1998年8月，区海洋监察大队接管渔政海洋管理工作，对境内渔业资源和渔业生产秩序等进行全面监管。每年4~11月，组织执法人员对出海作业的船只携带证件、救生设备配备等情况进行检查，对违规作业、违法捕捞、违法占用海域等现象进行查处。每年查处违法捕捞、违法占用海域50余起，均处以强制拆除筏架，并缴纳渔业资源赔偿费处罚，年出海检查130天、400人次以上。2000年，对境内用海单位征收海域使用金。2001年，进行海域使用权初始测量登记。2003年6~9月，区海监大队对用船拖蛤、用水泵吸蛤等非法作业现象进行大面积检查，查处非法作业20起，全部没收工具及非法所得，并缴纳渔业资源赔偿费。至2003年，全区征收海域使用金40余万元，全部上缴国库。测量登记筏式养殖566.67公顷，海播增养殖1333.33公顷，大棚养殖2.20公顷；规划使用海域2000公顷。查处渔业、海域使用纠纷210余起，非法用海700余起，海洋污染9起；强制拆除违法筏架4000余条。
渔船管理 1999年4月，区海监大队从市海监大队接管渔船1100条，重新颁发证书，建立船舶档案。之后，每年定期对辖区内渔业船舶进行审验，对职务船员及普通船员进行培训，常年进行上岗监督和安全隐患查处。1999年11月24日傍晚，境内海域出现9级大风，阵风10级，并伴有大雨。区海监大队立即组织救援出海渔船，救助遇险渔民14人，渔船5条，挽回经济损失5万余元。2000年7月，先后在东泊子、迟家、孔家滩村举办安全技术培训班，培训职务船员609人，普通船员410人。是年完成全区渔船普查。全区渔船1200条，其中捕捞渔船475条，养殖渔船725条。2002~2003年，开展渔船换证检验，实行捕捞渔船“三证合一”（即捕捞证、登记证书、所有权证书合并为中华人民共和国海洋小型渔业船舶证书），检验率98%以上。至2003年，区海监大队培训船员1630人，渔船年审率95%以上。出海救助遇险渔船、渔民34人次，处理港务纠纷10余起。
管理机构 1998年8月，烟台市莱山区海洋监察大队成立，为股级自收自支事业单位，编制13人，负责全区渔政海域管理工作，隶属区海洋与水产局。办公地址初设在樗岚制衣大楼，后迁址区行政中心办公大楼，又迁址芝罘宾馆大楼。1999年4月，山东渔业船舶检验局在莱山区设立山东渔业船舶检验局莱山检验站和中华人民共和国莱山渔港监督，负责境内渔业船舶初次（建造）检验、定期检验、运营检验、年度检验、临时检验、换证检验和渔港监督检查、渔业船员培训、抢险救助、船舶登记等。2003年，更名为中国海监烟台市莱山区大队，实有人员13人。