自1985年粮食体制下放后，国家一方面为鼓励农民积极种粮卖粮，连续3次提高粮食统购价格；另一方面为保证城镇居民吃粮不受影响，对统销价格几十年一贯制形成的购销价格倒挂由地方财政予以专项补贴，并对经营平价粮的合理亏损给予补偿，县财政每年支出价差补贴200万元，拨补亏损补贴765万元。1986～1987年，县财政对粮食企业实行扭亏包干办法。1988～1990年，粮食企业实行第一轮盈亏大包干。承包的基本原则是“确保上缴，超收全留”。为弥补企业平价经营亏损，招远县从1989年开始向有关国营集体企业征收补粮基金，至1992年停止征收。1990年2月，县粮食局从政府序列中分离出来，成立招远县粮油集团公司，公司成员企业为原粮食局所属企业。核心层企业实行委托法人经营方式，独立核算，自负盈亏。1991～1992年，粮食企业实行第二轮盈亏大包干。承包的基本原则过渡为“利润递增包干，超收分成”。1992年10月，全部放开粮油销售价格。1993～1995年，粮食企业实行盈亏总承包。基本原则是“盈不缴，亏不补”，又称“零对零承包”。1995年，全市16处基层粮所和粮油供应公司的政策性业务和商业性经营实行财务分账，分别核算，搞活经营，提高效益。1996年，财政局开始对国有粮食商业企业征收所得税。1998年6月，烟台市审计局牵头组织的审计小组对招远市粮食企业1992年4月1日至1998年5月31日间发生的新增财务挂账和其他不合理占用贷款情况进行专项审计。经省政府复核，招远市新增财务挂账6458万元，其他不合理占用贷款10344万元，纳入贴息范围的新增财务挂账和其他不合理占用贷款为7236万元，扣除审计期间未补年末已补的政策性补贴挂账569万元，实际为6667万元。1999年3月，市财政局会同粮食局、农业发展银行招远支行对全市16处基层粮管所人员、财务进行彻底分离，分离出来的主营业务划归粮食收储管理中心，实行统一管理、统一核算，乡镇收储站作为报账单位实行二级核算；附营业务成立粮油经营公司，各基层粮油经营公司独立核算、自负盈亏。1999～2000年，由于市场粮价持续低落，粮食收储企业执行“敞开收购、顺价销售、封闭运行”政策，导致粮食库存激增，财政补贴开支增长过快。经市政府同意，市财政局与粮食局、收储中心协商，核定每年超储粮库存4万吨，补贴620万元，再超储不补，一定3年不变。2000年，为鼓励企业顺价销售，在政策规定范围内，根据销售数量、库存成本、销售价格给予一定销售补贴，当年促销粮食17661吨，拨补销售补贴571万元。2000年初，原由市财政局负责征管的粮食商业企业所得税移交地税局负责征管。2000年9月，国家专项储备粮下放地方6154吨。年末，全市粮食收储管理中心共存粮118535吨。
1994年，农业发展银行招远支行开设粮食风险基金专户。该基金由中央和地方按1∶1.5比例共同出资，招远市初始规模为108万元，其中中央拨补43.5万元，地方配套64.5万元。1999年，规模增至1000万元，其中中央拨补400万元，地方配套600万元，风险基金缺口部分仍由中央和地方按1∶1.5比例补充。1994～1996年，粮食风险基金使用范围为：地方政府为平衡粮食市场，吞吐调节粮食和储存省人民政府核定的地方储备粮所需支付、代垫的利息、费用；地方政府为平抑粮食销售价格，以低于成本价抛售粮食发生的价差损失；供应农村返销粮、水库移民口粮的价差补贴。1998年1月1日起，农村返销粮、水库移民口粮的价差补贴，一律不再从粮食风险基金中列支，而从地方财政预算中安排。1994～2000年，全市累计拨付粮食风险基金4046万元，为稳定粮食市场，保护广大农民利益，促进粮食企业改革和发展发挥了积极作用。