生产1吨粉丝用原料2.5～2.6吨，每吨原料用水2.6～2.8吨。加工过程主要有泡豆废水、制浆废水、洗粉废水。粉丝废水污染物成分单一，主要含有淀粉、蛋白质、纤维素等有机物。浆水污染指数高，且大多以悬浮颗粒形式存在。废水主要污染指数COD（化学耗氧量）分别为：泡豆水2000毫克/升，浆水25000毫克/升，洗粉水1200毫克/升。
1985年以前，粉丝生产规模小，排放的废渣、废浆直接作为猪饲料或肥料。1985年后粉丝生产规模不断扩大，原来废水处理方法已不适应发展要求，造成污染，污水治理提到政府部门重要议事日程。1999年，环保部门开始要求粉丝企业增上污水治理措施，多处污水治理科研单位协同生产企业进行治理，经过比较探索，取得理想效果。2000年，金城股份有限公司、金华粉丝有限公司、三嘉粉丝蛋白有限公司等粉丝骨干企业污水处理设备投入运转，利用"厌氧-好氧"生物法处理技术，污染物去除率95%以上，达到国家污水综合排放二级标准，且运行成本低，被企业广泛接受，2002年全市30多家粉丝企业增上污水处理项目。
提取蛋白工艺是一个物理过程，投资少、易操作，可回收大量粗蛋白，每生产1吨粉丝，可提取0.5吨左右粗蛋白，处理后的废水COD由25000毫克/升降至7000毫克/升左右，为后续处理提供保障。
厌氧工段采用UASB反应器(即上流式厌氧污泥床),是污水处理的主要过程。UASB反应器顶部设有气、固、液三相分离器，下部为污泥悬浮层和污泥床区，废水从反应器底部进入，向上升流至反应器顶部流出。由于混合液在沉淀区进行回流分离，污泥可自行回流到污泥床区，因此污泥床区可保持很高的污泥浓度。产生的沼气可用作生产锅炉燃料，每处理1吨废水可产生1立方米左右的沼气。
好氧工段采用活性滤料接触氧化池。厌氧后的废水进入氧化池，通过曝气，使附着在氧化填料上的微生物膜具有很高的流动性，对废水中有机物进一步氧化、去除。接触氧化池出水进入絮凝池，通过絮凝沉淀使水中脱落的生物膜在沉淀池中沉降，进行泥水分离。