境内河道管理长期无法可依，重治轻管。1988年，《中华人民共和国河道管理条例》实施，结束河道管理无法可依的局面。1990年，水利局设立水政科和河道管理站，合署办公，负责河道的规划、治理，依法对河道堤防、涵闸等建筑物以及护堤护岸进行监督管理和保护，对河道管理范围内阻水障碍物进行清理，制定河道岁修计划，对河道采沙、取土、淘金等进行科学规划和管理，审批监督管理河道建设项目。1991年12月10日，《招远县河道管理办法》颁布。1992年7月至1993年5月，招远市完成河道确权划界发证工作。先后对界河、大沽河、诸流河3条国有河道划界，总长152.7公里，签订边界协议182份，埋设永久性界桩291个，申报河道堤防面积1409公顷。其他河道管理范围和保护范围的划定由所属乡镇水利站负责。1992年6月制定《招远市河道采沙收费管理细则》，规范采沙秩序，规划审批沙场20余处，保护河堤60多处，水工建筑物100座，清除河内障碍物80个，挽回经济损失1000多万元。
1993年后，河道管理站依据河道防洪标准，从严审批、监督河道管理范围内的建设项目，至2002年全市办理涉河建设项目58个。
1999年，水利局对全市河道进行综合规划，按照“疏浚、拦蓄、清障、复堤”要求，遵循“因地制宜、兴利除害、突出拦蓄、综合治理”原则，实行“宜疏则疏、宜拦则拦、宜砌则砌”。规划按20年一遇防洪标准设计的有界河、大沽河、诸流河、钟离河、城东河、罗山河、单家河、傅家河、留仙庄河、薄家河、道头河、东庄河、下林庄河、方家河；其他河道均按10年一遇防洪标准规划、设计，共50条。总工程量为729.49万立方米，疏浚总工日16.1 3万个，总投资4258.53万元。2000年11月18日该规划通过省水利厅专家鉴定。至2002年，全市已浆砌河道68公里。
1999年，招远市水政监察大队成立，副科级事业单位，定编6人，加强对河道水事案件的查处力度，全市河道实行封闭管理，不受理任何单位和个人的采沙申请，滥采乱挖现象得到遏制。2002年4月，市水政监察大队和公安局2名干警在钟离河巡察，发现吴某等十几人驾驶6辆拖拉机在河道采沙，吴某等抗拒执法，市水务局对吴某等违法采沙行为立案调查，下达行政处罚决定书，并将肇事者移交公安部门处理。