1862年(清同治元年)，清政府设东海关龙口分关，辖13个分卡。同治、光绪年间，黄山驿巡检司兼管龙口码头事务。1912年清朝灭亡，龙口民政署成立，兼管海关事务。1914年1月龙口开埠，同年9月成立龙口商埠局，管理港口贸易，兼管龙口港务，受省直辖。1915年11月，北洋政府设东海关龙口分关，专司征收轮船税务。1921年，龙口商埠局改称总办。1929年11月总办裁撤，龙口港务管理，除海关长期履行其职责外，其它事务皆由私人各自经营。1934年，，日本国驻芝罘领事成员柏木兴七总管龙口海关事务。1938年，北海专署接管龙口海关税务权。
1939年3月日军侵占龙口后，成立伪芝罘港务局龙口分局，把持港务。1940年秋，日伪在龙口设专员公署，下设伪龙口港事务所。1945年8月龙口解放。同年9月8日，胶东军分区在龙口成立胶东区兵运指挥部，从海上运送挺进东北的军队和干部。
建国后，龙口海关改为东海关龙口事务所。1950年1月成立山东省龙口搬运公司，统一领导码头工会(又称西工会)、装卸工会(又称东工会)。同年2月，龙口招商局成立；12月，设青岛港区港务管理局烟台分局龙口办事处。1951年春，招商局改为中国人民轮船公司龙口办事处。同年8月又更名北洋区海运管理局烟台办事处龙口运输站。
1952年2月，东海关龙口事务所改为烟台海关龙口事务所；5月，改为烟台海关龙口支关；9月，龙口支关撤销，港务行政管理事务和房产移交龙口办事处。翌年1月，龙口运输站并于龙口办事处。
1954年3月，龙口办事处改由区局直接领导，称青岛港务局龙口办事处。1958年9月，龙口办事处下放到地方，由莱阳专员公署海运局领导。同时，山东省航运局青岛分局龙口站并于龙口办事处。1959年1月，蓬莱、黄县、长岛三县合并为蓬莱县，龙口办事处于10月1日更名为蓬莱县龙口港。1962年7月，撤销海庙港，其业务归并龙口港。1964年3月经山东省海运局决定，掖县的虎头崖、黑港口(海庙)归属龙口港，分别成立龙口港虎头崖站和龙口港黑港口站。
1968年1月成立龙口港革命委员会，接管龙口港的领导权。1978年5月撤销，恢复青岛海运局龙口港建制。
1984直12月30日，龙口港正式对外开放。同时，交通部批准成立龙口港务监督。翌年1月，龙口港更名为山东省龙口港务管理局，升为县(处)级单位，实行事业单位企业管理。1987年7月，龙口港务管理局实行局长责任制,下设政治处、办公室、企业管理办公室、计财科、人事工资科、调度室、行政科、安全科、保卫科(派出所)、货商科、供应科、机务科、引航科及外轮代理公司、外轮理货公司、电台、劳动服务公司、建港办公室、客运站、港务监督等。1988年5月，港务监督从龙口港务局析出，独立工作。1989年，全局有职工1915人。