宗教事务由区政府民族宗教事务办公室管理。负责宣传教育，落实宗教政策，帮助基督教成立牟平基督教三自（自传、自治、自养）爱国运动委员会，帮助宗教团体培养教职人员，推荐宗教人士担任政协委员，参与洗礼、开光、法会等宗教事务，制止和抵御境内外一切非法宗教活动。
一、治理乱建庙宇及露天佛像
1997年6月，牟平区对乱建庙宇和露天佛像进行专项治理，分别对存在问题的昆嵛山林场九龙庙、养马岛东三官庙、养马岛镇马埠崖村露天佛像作出处理。
昆嵛山林场九龙庙（龙王庙） 属历史遗留寺庙。建国初期庙内神像被毁，1996年由昆嵛山林场在正殿重塑一尊龙王像，并改称九龙庙。每年农历6月13日当地群众在此举行庙会。由区人民政府民族宗教事务办公室和昆嵛山林场对该庙采取季节性封闭。举行庙会时，可临时开放，庙会结束后，再行封闭。
养马岛东三官庙 属历史遗留寺庙。建国初期神像被毁。有关单位建设旅游景点时，在该庙重塑5尊佛像。确定将该庙做为文化景观供游人参观，禁止在庙中进行宗教活动和封建迷信活动。
马埠崖村露天佛像 1995年，养马岛镇马埠崖村投资建设。该像由于与旅游景点相邻，确定将其做为文化景观供游人观览，禁止将其作为一切形式的宗教活动和封建迷信活动的场所。
二、制止非法宗教活动
1999年7月，山西五台山碧山寺和尚仁念等人来牟，未经政府批准登记，擅自将养马岛镇西三官庙改建成“隆华寺”，并塑五尊佛像，设立宗教活动场所。是年11月，邀请外地和尚主持开光仪式，严重违反了国务院《宗教活动场所管理条例》等宗教法规。2000年7月，区政府民族宗教事务办公室依据违法事实，给予仁念等人行政处罚，责令“隆华寺”停止非法宗教活动。
三、调处民教纠纷
2000年1月2日，姜格庄镇峒岭村一位都姓村民，因妻子患病，怀疑是信教所致，于当日午后1时许，手持铁锤将基督教峒岭教堂正房和厢房部分瓦、门头马赛克、十字架、铜字毁坏。事件发生后，区、镇有关部门及时调查处理，都某某承认了错误，修复了教堂。
四、恢复庙会
1996年，昆嵛山林场恢复6月13日的九龙庙传统庙会，开放九龙庙。九龙庙位于昆嵛山 国家森林公园九龙池景区内。旧时，每逢旱天，方圆百里的群众敲锣打鼓，烧香送供，祈祷求雨。每年农历6月13日，在此举行庙会，成为当地群众进行物资、文化交流的中心，“文化大革命”开始后中断。庙会恢复期间，举办单位邀请牟平京剧团、文登民间京剧团现场演出两天，还有群众组织的秧歌、跑驴等杂耍表演，同时，进行物资交流活动，历时3天，有万余人次参加。
1998年农历4月15～16日，开放昆嵛山岳姑殿景区的坡里庙，恢复自1937年终止的胶东最大的农历4月15日庙会。历时两天的庙会，有8000多人次参加，既有商品交易，又有文化活动。之后九龙庙和坡里庙庙会年年举行。
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