一、医院管理
区人民医院、中医医院、妇幼保健院、口腔医院、卫生防疫站、皮肤病防治所、结核病防治所、精神病防治所、药品监督检验所、养马岛旅游度假区医院的人、财、物由卫生局直接管理。
1987年前，乡镇卫生院由卫生局管理 。1988年起，乡镇卫生院全部下放给乡镇政府管理，由原来的以条条为主、条块分割的管理体制变为条块结合、以块为主的管理体制。卫生主管部门只负责乡镇卫生院的业务指导、业务监督、业务培训。
二、医案管理
门诊病案实行门诊挂号制度，门诊病历手册病员自带。对门诊病历、住院病历、护理表格、处方及医技科室的报告单等，建立考核制度，按标准定期进行考核，将发现的问题及时反馈给各科室及医生本人。同时根据病案在临床、教学、科研以及做为法律、保险依据等方面所起到的作用，建立病案回收、检查、保管、查阅等制度，实行病案科学化、正规化管理。区人民医院、中医医院、第二人民医院病案设专屋、专柜、专人管理；其他医院（所）病案设兼管人员管理。区人民医院还对保存完好的16万余份住院病历首页输入计算机 ，纳入该院信息系统管理，使病案一源多用，信息共享。
三、工作质量统计考核
1978～2000年，区卫生主管部门每年的11～12月份，根据区属、乡镇医疗单位上报的工作质量统计报表，组织人员进行考核。病历书写（分甲级、乙级、丙级），甲级每年平均95%，乙级5%；处方书写，合格率98%以上；诊断符合率：门诊、住院诊断各达98%；住院病人治愈率95%，好转率4%；X光拍片合格率（片无污物，清晰度好，诊断正确等）90%以上；危重病人抢救成功率达90%以上。均达到规定标准。
四、公费医疗管理
1988年，牟平县公费医疗办公室成立，隶属卫生局，医疗经费由财政部门拨付，对机关、事业单位在职和退休人员实行医疗包干制度。1999年5月公费医疗办公室划归劳动与社会保障局。2000年，全区共有机关、事业单位在职和退休人员6563人，全年拨款78.7万元。离休、在乡二等乙级以上革命伤残军人1414人，按上级有关政策据实报销。全年共报销住院、医药费用327.9万元，其中门诊支出98万元，住院支出229.9万元。
五、合作医疗管理
1974年，社、队两级管理的合作医疗制度在全县普及。至1985年底，先后有16处乡镇停办，惟有龙泉乡仍实行乡办合作医疗制度，后也停办。
1990年，县政府根据农村形势发展的需要和群众的意愿，在全县农村推行合作医疗制度。至1992年，有玉林店、大窑等5处乡镇办起合作医疗。到2000年，全区参加合作医疗的农户达到40%，其中高陵、水道镇分别达到85%和95%。
六、个体医疗管理
1999年开始，区卫生管理部门，每年都对个体诊所进行一次验证。平时对医疗质量、处方及药品采购定期或不定期检查，并统一印制处方、登记簿、收据等。个体诊所要通过正常渠道购置药品，不准乱采乱购。至2000年，全区共取缔非法行医诊所12个。