一、馆藏文物管理
等级文物管理 1992年始，县文管所组织力量对馆藏等级文物进行清理、保洁、登记入账、编目。1993年，完成前期工作，次年建档。至2000年，基本完成馆藏等级文物的目录、卡片和藏品档案工作。
文物安全保护 1987年底，县文物库房由文化馆办公楼迁至雷神庙西厢，并安装简易报警器和铁窗。1994年，文物搬至图书馆大楼新库房，安装铁门、铁窗、铁锁、干粉灭火器。工作人员24小时值班。1997年10月，安装与公安局110联网的红外线报警装置。区文管所多次被评为市文物安全保护先进单位。
二、遗址管理
1956年，省政府公布牟平境内第一批省级重点文物保护单位。1977年12月，山东省革命委员会公布蛤堆顶遗址、雷神庙战斗遗址为省级重点文物保护单位。1982年，在文物普查的基础上，经上级批准，撤销原省级重点文物保护单位7处：汉观阳故城址、汉太尉刘宠墓、金朝列大夫开国男郝俊彦墓、元开国公董友墓、元奉议大夫王淮墓、元翰林院编修鞠孝恭墓、清工部尚书李永绍墓。次年，县政府公布第一批县级文物保护单位10余处。1987年4月，矫家遗址、烟霞洞、恤养院公布为第一批市级文物保护单位。1992年6月，照格庄遗址公布为省级文物保护单位。1996年7月，市政府公布牟平境内第二批文物保护单位：蛎碴塂遗址、岳姑殿古庙群遗址、九龙池及龙王庙、养马岛三官庙。
1993年起，先后妥善解决一些单位在照格庄遗址、雷神庙战斗遗址、西系山遗址、矫家遗址、恤养院旧址、三官庙遗址的保护范围和控制带内建房问题，将遗址破坏的损失降到最低程度。1995年，区文管所加大保护力度，严禁在文物保护范围内与控制带内建造房屋。
1996年，牟平区文管所开始对各级重点文物保护单位开展“四有”保护工作，即有保护组织、保护范围、保护标志、保护档案。1999年5月，文管所派人进驻昆嵛山，基本查清并拓制岳姑殿、烟霞洞两处遗址历代碑刻。2000年10月，文化局筹集资金完成“四有”保护所需档案照片的拍摄工作，重新划定重点保护单位的范围，“四有”保护工作基本完成。