至2000年，全区有经各级政府公布的重点文物保护单位16处：其中省级重点文物保护单位有蛤堆顶遗址、雷神庙战斗遗址、照格庄遗址3处；市级重点保护单位有蛎碴塂遗址、矫家遗址、岳姑殿古庙群遗址、烟霞洞、九龙池及龙王庙、养马岛三官庙、恤养院旧址、北头古墓塔群8处；县级重点保护单位有许家疃遗址、西系山遗址、观阳故城遗址、云溪古墓塔群、端午山烈士陵园5处。此外，尚有待公布的店村古墓群等其他遗址。
一、新石器时期遗址
重要的有6处。蛤堆顶遗址、蛎碴塂遗址（姜格庄村东南半里处），为北辛文化晚期至大汶口文化中期，距今约6500～5500年。蛤堆顶遗址保存最完整，价值较高；蛎碴塂遗址出土器物最丰富，规格最高。许家疃遗址为大汶口文化早中期，矫家遗址为大汶口文化至龙山文化，西系山遗址为龙山文化至岳石文化，照格庄遗址为岳石文化。其中照格庄遗址在国内外影响较大。
二、观阳故城遗址
观阳古县于汉初始设，唐后不复置。其间数百年时废时置，治所多次迁移。据出土文物和文献资料分析，现观水镇半城村遗址为汉观阳故城城址。
三、云溪、北头古墓塔（鍪子坟）群
为元末明初的墓葬石塔群。地上建塔，塔下造墓穴。塔形似古代武士头盔“兜鍪”，故俗称鍪子坟。1992年北头村在临海沙岭上取沙时发现。墓群不但数量多，而且保存好，塔身上的雕刻清晰可见。塔的前面刻成对开的大门，两侧为一对守门蹲狮，有的是站立的人物，侍卫或是门神，须弥座的上下立沿上，刻满仰莲、覆莲。1992年牟平文物工作人员对部分墓塔进行修复，后村民嫌临房不吉，被掘毁。
四、宗教遗址
境内此类遗址较多，其中比较集中，且具有重要历史文物价值的主要有昆嵛山的岳姑殿古庙群遗址、烟霞洞、九龙池、龙王庙，以及养马岛三官庙、雷神庙等。最胜禅院在刘家夼镇嵠山西南，建于宋朝，后统称嵠山院，有旧房6间。
五、牟平恤养院
1933年建。原为牟平红卍字会附设的慈善机构所在处，分前、中、后三进院。前院中间是花坛，坛内原有假山。坛东西两侧分别为纪念碑亭和钟亭，今皆无存。前院北侧是一座独立的两层八角楼房。八角楼两侧有甬路向后与左右走廊相连，通向后院。其建筑单体仿德国风格，总体建筑群犹显中国传统左右对称的特色。
六、雷神庙战斗遗址
1938年2月13日，中共胶东特委书记、山东人民抗日救国军第三军司令员理琪，率领第三军第一大队攻克牟平城后，与日军激战于此，理琪不幸牺牲。这次战斗打响了胶东抗战第一枪。该遗址被烟台市政府定为爱国主义教育基地。
七、端午山革命烈士陵园
建于1946年，位于牟平城东端午山上。山顶有牟平抗日烈士纪念碑和烈士纪念祠，园西侧有烈士陵墓。新中国成立后，多次修葺、改建与扩建，松柏苍翠，塔、祠、亭、坊掩映其中。