预算外资金管理经过分权管理、财政代管、财政专管三个阶段。
一、分权管理（1978～1986.9)
这一时期预算外资金较少，按其来源分布情况，实行由财政部门和行政事业单位分别管理的办法。由于预算外资金逐年增长，1984年县财政局设立预算外资金管理科。县集中上来的资金，改预算科管理为预算外资金管理科管理。
二、财政代管（1986.9～1996.4）
这一时期预算外资金急剧增长，基本可与预算内资金持平。1986年9月，县政府发布《关于预算外资金管理办法》，将预算外资金在所有权使用权不变的前提下，全部纳入财政部门专户存储，实行计划管理，财政审批，银行监督。代管范围为：财政部门管理的各项附加收入和集中的各项资金；行政事业单位不纳入预算管理的各项资金；企业主管部门收取的管理费和集中的各项专用基金；县属以上企业提取的生产发展基金、更新改造资金、职工奖励基金。1990年，区级代管单位197个，代管资金总额1240万元，为本阶段代管额最高年份。
三、财政专管（1996.5～2000.12）
1996年4月，区政府发布《烟台市牟平区预算外资金管理暂行规定》。同年7月，国务院发布《关于加强预算外资金管理的决定》。《决定》指出：预算外资金是国家财政性资金，不是部门和单位自有资金，必须纳入财政管理，在银行开设统一专户，用于预算外资金收入和支出。部门和单位的预算外收入必须上缴同级财政专户，支出由同级财政按预算外资金收支计划和单位财务收支计划统筹安排，从财政专户中拨付，实行收支两条线管理。这一时期，预算外资金逐年增加，2000年区政府调控资金达3306万元。政府每年调控这部分资金在预算外统筹安排，并调入预算内平衡预算，对促进区内经济和社会事业的发展起到了积极作用。