一、分税前机构
牟平县税务局 1978年，县财政局内设税政管理组。1983年1月，税政管理组从县财政局析出，成立牟平县税务局。1993年，县税务局工作人员215人。其职责是负责全县税收及其有关工作。1994年8月，国家进行税收体制改革，实行国家税收与地方税收分税制，县税务局撤销，分设牟平县国家税务局和牟平县地方税务局。
基层税务机构 1978年，境内17处公社均设税务所。1983年1月，按经济区并为7个基层机构：城关税务分局，辖区城关、大窑、武宁、象岛4处公社（镇）；观水税务所，辖区观水、埠西头两公社；莱山税务所，辖区莱山、院格庄两公社；姜格庄税务所，辖区姜格庄、龙泉两公社；水道税务所，辖区水道、玉林店、莒格庄三公社；高陵税务所，辖区高陵、刘家夼、王格庄三公社；解甲庄税务所，辖区解甲庄公社。1984年11月，设牟平县税务局征收处，同时，从城关税务分局析出大窑、武宁二税务所。1988年10月，县税务局征收处分设为牟平县税务局征收一处和征收二处，地址均在政府大街113号；同年，改按经济区设所为一乡镇一所，增设埠西头、院格庄、玉林店、刘家夼、王格庄、龙泉、莒格庄、养马岛8处税务所。1990年8月，成立牟平县税务局稽查大队。1991年9月，成立牟平县税务局涉外征收处。各征收处、稽查大队、税务分局均为副科级单位。1994年8月，上述所、处、分局随县税务局撤销而撤销。
二、国税机构
烟台市牟平区国家税务局 1994年8月，牟平县国家税务局成立，国税局实行垂直管理。1995年1月，改名烟台市牟平区国家税务局。1997年，区局与各分局税收管理实现信息化，均建有多功能办税服务厅。至2000年，有工作人员169人。主要职责是制定本系统税收发展规划和年度计划并组织实施，运用税收对经济进行宏观调控和监督，促进经济发展；负责本区中央税、中央地方共享税的征收管理工作。
国税局下属机构 1994年，设5个副科级分局：第一征收分局，地址政府大街38号；第二征收分局、第三征收分局，地址均在宁海大街98号；涉外分局、稽查分局，地址均在政府大街113号。同时成立税务咨询事务所，副科级事业单位。1995年8月，设立烟台华信会计事务所牟平业务部，与税务咨询事务所合署办公，一个机构，两块牌子。1996年9月，撤销两处事务所，成立牟平区税务师事务所，为事业单位。同年下半年，5个直属分局并为直属分局、涉外分局、稽查分局。1998年12月，稽查分局更名稽查局。2000年1月，牟平区税务师事务所与国税局脱钩改制，更名烟台牟平环宇税务师事务所有限责任公司，为税务中介服务机构，从事多种税务代理业务。
1994年，国税局设18个基层单位：外向型工业加工区征收分局，科级单位；养马岛旅游度假区、宁海、武宁、高陵4个征收分局，为副科级单位；埠西头、观水、院格庄、王格庄、刘家夼、水道、玉林店、莒格庄、龙泉、姜格庄、大窑 、莱山、解甲庄13个国税所，为股级单位。1994年10月，莱山、解甲庄2所划归莱山区。1996年下半年，其余局、所撤并为6个基层分局：养马岛旅游度假区分局，驻宁海镇，辖区宁海、养马岛镇；外向型工业加工区分局，辖区外加区（开发区）、武宁镇；姜格庄分局，辖区姜格庄、大窑、龙泉镇；水道分局，辖区水道、玉林店、莒格庄镇 ；高陵分局，辖区高陵、刘家夼、院格庄镇；观水分局，辖区观水、埠西头、王格庄镇。前2个分局为科级单位，后4个分局为副科级单位。1999年1月，养马岛旅游度假区、外向型工业加工区2个分局撤销，其业务划归直属分局。
三、地税机构
烟台市牟平区地方税务局 1994年8月，牟平县地方税务局成立。1995年1月，改称烟台市牟平区地方税务局。1998年10月1日，实行经费、机构设置、编制、人事等省局垂直管理，其上级主管局为烟台市地税局。至2000年，局机关与下属单位共有工作人员178人，业务实现微机管理，并与省、市联网。主要职责是编制并组织实施本区地税系统税收计划，负责相关的管理、监督、稽查等工作。
地税局下属机构 1994年8月，成立县地方税务局第一、二、三征收分局和稽查分局，均为副科级全民所有制事业单位。1996年4月，成立涉外征收分局、征税中心、税务咨询事务所（自收自支），均为副科级事业单位；同时成立城区市场税收管理所，股级事业单位。1998年1月，征税中心更名办税服务厅；10月，税务咨询事务所更名税务代理事务所；同年，稽查分局改称稽查局。1999年10月，税务代理事务所暂停对外服务。2000年2月，第一、二、三征收分局合并，成立直属征收分局；城区市场税收管理所撤销，其业务归宁海征收分局。
1994年8月，地税局在全县设宁海、养马岛旅游度假区、水道、高陵、观水5个副科级征收分局；设大窑、龙泉、姜格庄、武宁、玉林店、莒格庄6个股级税务所。观水分局辖区观水、埠西头、院格庄3镇，高陵分局辖区高陵、刘家夼、王格庄3镇。1998年4月，由观水分局析出埠西头、院格庄二镇税务所，由高陵分局析出王格庄、刘家夼二镇税务所。2000年2月，撤销姜格庄、大窑、龙泉三镇税务所，成立姜格庄征收分局；撤销水道分局、玉林店和莒格庄税务所，成立玉林店征收分局；同时，王格庄、埠西头二镇税务所并入观水征收分局，院格庄、刘家夼二镇税务所并入高陵征收分局，武宁税务所并入宁海征收分局。