1993年5月，牟平县外向型工业加工区管理委员会成立，1997年改称牟平经济开发区管理委员会，是牟平县政府派出机构，副县级，编制20人。2000年有工作人员21人。主要职能是编制并实施开发区发展计划，制定各项管理规定，统一规划管理开发区内各项基础设施和公共设施；审核批准或报批进入辖区内的投资项目，处理涉外事务；依法管理开发区的进出口业务；管理辖区内财政、税务和劳动人事等。管委会内设机构是：
办公室 1993年9月成立管委办公室，正科级，工作人员7人。2000年有工作人员9人。职能是按照开发区管委的工作决策和工作部署，做好文稿、调研、信息、督查、会务和上呈下达、文书、联络、协调、接待等工作。
土地规划建设处 1993年9月成立，正科级，工作人员3人。2000年有工作人员4人。负责辖区内土地开发、规划管理；研究制定适应开发区特点的建筑业发展战略，负责辖区内建筑市场的管理，以及基础设施的规划、勘测、设计、施工及预算等工作。
经济发展处 1993年9月成立，正科级，工作人员6人。职能是编制并实施开发区经济发展计划，负责进区外资项目的报批、外商投资企业合同条款的变更；负责对外商的邀请、联络、洽谈、项目推荐、咨询服务；协助办理辖区内企业新技术、新产品等科研成果的审核鉴定及专利的申报等。
劳动人事处 1993年9月成立，正科级，工作人员2人。负责起草开发区管委会对区内劳动人事的具体管理规定、办法，报批后组织实施；负责开发区所属企事业股级以下领导干部的考核、任免和直属单位人员的考察、调配、招用及招聘引进人才；负责辖区劳动与社会保障、职工培训、奖惩和职工档案管理等。
财税工商处 1993年9月成立，正科级，工作人员3人。2000年有工作人员4人。职能是编制开发区财政收支计划，编报年度预决算，管理预算外资金，负责区内所有企事业单位的税务登记和管理等。