一、海运企业
山东牟平海洋运输公司1993年5月成立，隶属于县交通局，为国有企业（后转让给私人经营），职工60人，总投资3000余万元。有“昆嵛”号客滚船一艘，载重4149吨位，207个载客位。1995年11月正式开通烟台—大连客滚装运输线。1999年“11.24”海难后，遵照省政府、省交通厅指示，于2000年停航整顿一年，随后“昆嵛”号被转卖。
山东牟粮海运公司1994年5月，牟平饲料总厂（牟平区粮食综合加工厂）从日本购进一艘散装杂货轮，命名“牟粮1号”，从事沿海及长江中下游地区的货物运输。1994年8月独立成立“山东牟粮海运公司”，隶属牟平县粮油总公司（粮食局）。公司管理人员7人，外雇船员24人。固定资产546万元，流动资产54万元。因贷款负担重、修船费高、运价连续降低等原因，至次年底亏损163万元。1996年2月，将“牟粮1号”租给威海鲁东航运公司，年租金100万元，租期2年。因对方未履行合同，1997年7月底租期未满，海运公司将船收回，进厂大修。同年12月，将船卖给烟台宏运航务有限公司，因此引起鲁东航运与牟粮海运的合同纠纷。经青岛海事法院审理判决鲁东航运公司付给牟粮海运公司租金、滞期费308万元。后因鲁东公司在威海工商部门已注销登记而无法赔偿。1998年2月，牟粮海运公司与福州松竹梅船务有限公司签订租船合同，因手续不全，于同年4月将船退回。2000年公司员工14人，主营粮油购销业务。
二、运输船舶
1985年1月文化里渔工商联合公司成立后，购置24800吨级远洋货轮一艘，取名“宁海轮”。同年5月，自烟台港起航，开往大连、天津、广州、厦门等港口。之后主要往返于辽宁葫芦岛—广东黄埔一线，年盈利100余万元。因其吨位大，国内码头多靠不上而货源受限，1986年将船转卖。1985年8月，新牟里村成立烟台全洲运输公司后，购置“瑞祥”号4280马力货船一艘，经营国际近洋运输。1987年4月，西关村成立烟台市海德运输公司，购置载重2153吨位的“海明”号货轮一艘，经营国际近洋运输。1993年5月，山东牟平海洋运输公司购置“昆嵛”号客滚船一艘，载重4149吨位，207个载客位，经营烟台—大连车客滚装运输业务。1994年，山东牟粮海运公司从日本购进价值537万元、载重1877吨位的货轮一艘，命名“牟粮1号”，经营山东至国内沿海港口间货运。至2000年，全区营运船舶有海德海运公司的“海明”号、全洲海运公司的“瑞祥”号货轮各一艘，养马岛娱乐城旅游船两艘。
三、码头与航线
1988年前，牟平海上运输主要依托养马岛渔港庙港码头进行。1988年、1997年，牟平港分别建成杂货码头和化工专用码头，先后与大连、天津、广州、厦门等国内20多个城市港口通航。1997年10月，又申请停靠外国籍船舶，1998年4月通过省检查验收，8月，省政府批准牟平港作为烟台港作业区对外开放。9月6日，烟台港牟平码头举行外轮首航仪式，顺利停靠第一艘外轮—韩国“光阳”号。1999年5月，杂货码头第一艘开往日本的船舶装船出航。同月，交通部批准牟平作业区接靠国际航行船舶，并责成烟台海事局负责船舶出入境检查工作。
四、运输量
1989年8月，牟平港试营运，首航船舶“烟台港驳8”自丹东港始发，为牟平生资公司运送碳酸氢铵1000吨，于4日下午2时30分抵达本港。同年，牟平港完成货运量7000吨。之后港口货物吞吐量逐年上升，1996年，货运量达23.4万吨。2000年，全区海运业共完成海上货运量37.1万吨，货物周转量8343.2万吨公里。