1984年上半年，牟平海港开始筹建。1985年8月，省计划委、省交通厅举行论证会，决定于牟平县宁海镇牟山北、养马岛渔港对岸建5000吨级海港码头，10月批复立项。同年11月，国家交通部确定牟平港投资形式为部、厅、县三级筹办，各投资1/3。
一、杂货码头建设
1985～1987年上半年完成港区岸边“三通一平”（通水、电、路，修混凝土构件预制场3500平方米）等前期工程。1987年5月1日，牟平港杂货码头正式开工兴建，1988年11月建成。其主体工程包括疏浚港池、航道，回填陆域、护岸、建进港公路及其它配套项目。码头泊位长120米，前沿水深-7.5米，年吞吐能力30万吨。同时，购旧装载机、旧电吊、160KVA变压器各1台，配备高频电话1台、对讲机4部，1989年8月开始生产运营。1990年12月1日通过省航运局验收，正式交付使用。此后，牟平港务管理局采取自身滚动发展等举措，不断改善基础设施和设备，铺进港路面3.2万平方米，硬化港区道路和码头面积1.3万平方米，绿化场地2500平方米，安装400KVA变压器1台，10吨门座起重机1台，建成综合楼3420平方米，港口达到装卸5000吨级船舶的能力。
1992～1999年，省石油集团牟平分公司、市石油公司、海昌石油公司、市供销社油库4个单位，在港区内相继建燃料成品油库，总容量5万立方米，敷设地下输油管道直通码头，使之成为装卸散杂货和燃料油综合使用的多功能泊位，年接卸成品油10万吨以上。2000年，常铭石油公司在港区内建1座8000立方米的油库。
二、化工专用码头建设
1995年8月，牟平港与烟台市化工局、深圳蛇口招商石油化工实业有限公司、烟台市煤气公司、香港达峰贸易有限公司达成协议，共同投资8000万元，成立“烟台招商局液化石油气公司”，开展石油液化气和液体化工原料生产、加工、销售业务，并成立牟平港化工专用码头工程筹建处。1996年6月，该工程筹建处召开“牟平港化工专用码头工程可行性研究论证会”，确定在原杂货泊位以西300米处，建5000吨级化工专用泊位1个，并在港区划定6.67万平方米区域建石油液化气储罐4000立方米，液体化工原料储罐6000立方米及生产配套设施。设计码头泊位长120米，前沿水深-7.5米，年吞吐能力30万吨。1996年7月，烟台市煤气公司和香港达峰贸易有限公司将其股份分别转让给深圳蛇口招商石油化工实业有限公司和法国道达尔炼油销售股份有限公司，烟台招商局液化石油气公司随之改名“烟台招商局—道达尔石油化工有限公司”。其化工专用码头工程于1997年8月建成，1997年12月经省交通厅验收，投入运营。该码头在牟平港统一调度下，由合资企业“烟台招商局—道达尔石油化工有限公司”专管专用。
三、港池航道锚地
1987年5月至1988年11月，在修建牟平港杂货码头主体工程的同时，完成了港池、航道疏浚和锚地划定等工程。
港池杂货泊位和化工专用泊位的港池面积分别为8.4万平方米（含过渡段）、3.7万平方米，其共用的调头圆直径240米，水深-6.0米。
航道牟平港航道分内航道和外航道。内航道以-6.0米等深线为起点，向内至港池，全长700米，其中600米为人工疏浚而成，由外向里依次设助航浮标3座。外航道起点在烟台港东水道南侧，终点与内航道相接，自然水深-6.0至-11.0米，全长约4.8海里、宽1000米，由北向南依次设助航浮标3座。
锚地牟平港锚地划定于烟台港东水道的北侧，边长为0.8海里，水域四至相互交角点各有固定的地理位置。
四、港区风浪
港区内系正规半日潮，最高潮位3.41米，最低潮位-0.87米；平均高潮位2.34米，低潮位0.68米，最大潮差2.90米。常风向为S(南），频率14.2%；强风向为ENE（东北东）及SSW（南南西），最大风速均为16米/秒。因北有养马岛遮护，湾内不受N（北）及E（东）向风浪直接影响；湾口NNW（北北西）向浪因芝罘岛、崆峒岛阻挡而减弱，N（北）向浪区较短，无大浪，只有NWW（北西西）、NW（西北）向浪由外海直接传入港区，才有一定影响。该港基本属天然良港。