一、无机化肥
1960年，县人委在系山口建化工厂生产磷肥，1962年4月停产。1971年12月，改水道公社炸药厂为牟平磷肥厂，次年10月投产。1975年，全县有无机化肥生产企业6家。1977年，发展到16家，其中县办1家，社办15家。2000年，全区有无机化肥企业7家，其中全民4家，村办1家，个体2家。
磷肥 1977年，全县有县办磷肥厂1家，社办15家。1983年，社办磷肥厂相继停产。同年，全县共生产磷肥7.91万吨，其中公社办磷肥厂生产3.87万吨，县办磷肥厂生产4.04万吨。1986年，宁海镇嵎岬河村建牟平县第二磷肥厂，年产磷肥1.3万吨。2000年，全区有国有、村办磷肥厂各1家。年产磷肥1.822万吨。
氮肥 氮肥生产始于20世纪70年代中期，至1985年，全县共有5家，其中全民1家，村办4家，继后村办企业相继关停。1974年8月，山东牟平化肥厂建成投产，生产合成氨和氨水，县内销售。1975～1979年，先后投资530万元进行设备改造。1980年，生产“鱼鸟”牌碳酸氢铵6165吨，氨水57624吨，实现产值742.5万元。1984年氨水停产。1985年化肥停产，次年恢复生产。1990年生产碳酸氢铵43063吨、氨水4890吨，产值771.3万元，利润15.1万元。1996年4月，进行20000吨合成铵系统改造。1998年初，因受进口化肥和国内大化肥厂产品的冲击停产。同年12月，该厂整体租赁给武宁镇小埠子村，改称烟台市牟平东方化肥厂。2000年，生产碳酸氢铵2553吨。
复合肥 1985年，东桥村建牟平县龙泉复合肥厂，年产复合肥1100吨。1986年，牟平磷肥厂引进混配复合肥生产线，以尿素、碳酸氢铵、普钙、氯化钾、硫铵等化学肥料为原料，通过混配生产多元素复合肥。年设计生产能力1万吨，投产当年生产复合肥2234吨。1990年生产6055吨。1995年8月，牟平区电业集团公司与化工部东方化肥有限公司、天津农资公司联合兴建恒源电力复合肥厂，主要生产多效花生专用肥、复混肥、烟草肥、果树专用肥等，年产2万吨。2000年，全区4家在产，全民、个体各2家。
二、有机化肥
1995年，山东牟平鱼虾 饵料厂利用原有设备，与河北省张家口市银丰物资贸易中心合资成立山东牟平有机肥料厂，并与烟台农科所合作研制出果树、葡萄、小麦、玉米、花生等数种专用肥。1997年取得“大乐”牌商标注册证。2000年，生产有机化肥4000吨。