1984和1993年，牟平县党政机构经过两次较大的改革。
1984年党政机构改革工作，从1983年12月准备，机构设置和领导班子配备于1984年3月结束。党政机关72个部委办局调整为41个。按照革命化、年轻化、知识化、专业化的要求，领导班子配备三分之一大专以上学历的中青年干部。对原领导班子中达到离退休年龄或接近离退休年龄，经本人申请离退休的，办理离退休手续；对不够离退休年龄，身体条件比较好，并有一定工作能力的，由于年龄、职数、学历的原因而退出班子的，分别安排为调研员、巡视员。改革后部委办局正副职由221职降为110职，减少111职；平均年龄由49岁降到43.5岁，平均下降5.5岁；高中、中专以上文化程度的占62.7%，其中大专文化程度的占33.6%，比改革前提高24.4%。
此次机构改革后，根据形势发展需要，县政府相继增设一些职能部门，如审计局、国家安全局、旅游局、协作委等；县委增设企业政治部、县直企业党委，恢复农村工作部等。至1993年机构改革前，全县有县级党政机构（包括行政性公司和科级事业单位）86个，工作人员1385人（不含司法部门），全县17处乡镇机关中共有工作人员630人。
1993年11月的县乡机构改革工作，本着精简、统一、效能和积极、慎重、稳妥的原则，以精简机构人员、转变职能、理顺关系、完善管理体制和减轻财政负担为重点，相继出台《牟平县县级机构改革工作实施方案》和《机构设置方案》、《机构改革实施细则》、《乡镇管理体制改革方案》、《人员分流意见》、《四定工作意见》、《财产物资交接分配方案》、《机关人员辞退、辞职有关规定》、《领导干部交流回避政策》、《领导干部诫勉规定及激励机制》等10余个配套文件。
此次改革，县级党政机构共设45个，比原来减少41个，精简48%；设领导职数163职，减少78职，精简24%；实有人数700人，比原来减少685人，精简49.4%。主要有：将县经委改为工业经济委员会，管理县属工业；财办改为对内贸易委员会，管理流通企业；粮食、供销、物资、电子、黄金5个部门分别与其下属企业组建企业集团；商业局及机械、一轻、二轻、化工、纺织、盐业等行政性公司改为总公司；涉农部门，组建农业委员会，主管农业和农村工作；县直30个全额拨款事业单位改为差额拨款或自收自支事业单位，8个差额拨款事业单位改为自收自支或企业化经营单位。17处乡镇共设副科级以上领导职数212职，比原来减少53职，精简20%；实有人数减至573人，精简9%；党政机构设立农业委员会、经济委员会、政治工作委员会、社会事务委员会、党政办公室；85个全额拨款事业单位改为差额拨款事业单位，撤合并转105个。