一、扩大企业经营自主权
1984年，牟平县委、县政府贯彻执行《中共中央关于经济体制改革的决定》，在县直企业中进行工业企业体制改革，扩大企业自主权。同年10月，县属工业企业全面实行厂长负责制，厂长对企业负全责，有干部任免和经营决策、生产指挥、产品销售及分配奖励等权力。并进行利税改革，对国有盈利工业企业全面实行征收所得税制度，以税代利，税后利润企业按照一定比例用于发展生产、发放奖金和职工福利，扩大企业对税后利润的支配权。1986年5月，推行厂长目标责任制，1987年，推行承包经营责任制，确立厂长（经理）在企业中的中心地位，企业可以根据承包合同规定，进行自主经营，厂长（经理）成为企业的法定代表人。1992年，全民所有制工业企业转换经营机制，把企业生产经营决策权，产品、劳务定价权，产品销售权，资金处置权，联营、兼并权，劳动用工权，人事管理权，工资、资金分配权，内部机构设置权，拒绝摊派权等14项经营权赋予企业，企业成为独立享有民事权利和承担民事义务的法人。
二、实行承包经营责任制
1987年，为使所有权与经营权适度分离，对100家县属企业分别实行招标承包、租赁制、资产经营责任制等形式的承包经营，初步改变了政企职责不分，条块分割，政府对企业统得过死的状况。
1990年，企业进入第二个承包期。县委、县政府以牟发[1990]40号文件下发《关于印发牟平县新一轮企业承包经营责任制实施办法的通知》，对承包班子、承包合同、承包指标和分配考核都做了更为明确的规定，并加大风险金抵押力度，实行承包收入和承包资格双重抵押。新一轮承包期限为3年，参与承包的企业共73家。1993年底，第二轮承包期满。1994年1月，企业进行第三轮承包，县政府对承包期和承包班子年龄做了具体规定，承包期不低于5年。调整承包指标，承包对象改为只对厂长（经理）1人，制定了承包人奖惩分配分档达标计奖制度，加大奖惩力度，奖惩上下限均为职工人均收入的10倍。强化承包审计，对承包者先审计后兑现，参与第三轮承包经营的共有40家企业。1998年第三轮承包到期 ，至此，企业承包经营工作基本结束。
三、建立现代企业制度
股份制改造 1988年，牟平县在轻工机械厂等企业进行试点，开始进行股份制改革探索。1993年，商业美术装潢有限公司、第二安装公司、新牟钢铁股份有限公司（地址在河北省邢台市）等企业完成改制。新牟钢铁股份有限公司总股本2亿元，是全省第一家向社会定向募股的村办企业。1994年3月，商业大厦、刺绣厂等10家县属企业完成改制。1994年5月后，股份制改造工作全面展开。1997年，区政府制定对改制企业资产评估、出售付款、土地使用权转让、财税、劳资等有关政策。至1999年底，全区有103家企业进行股份制或股份合作制改造，其中股份有限公司8家，有限责任公司75家，股份合作制企业20家。
组建企业集团 1988年10月，以县黄金公司为主体，吸收镇、村金矿为成员，组建牟平首家企业集团——牟平县黄金集团公司。到1989年初，又组建抽纱、鞋业、服装、纺织、建筑、水产、酿酒等7家企业集团公司。1992年先后组建了物资、粮食、供销社、电子、燃料等集团公司。1993年，随着乡镇企业的发展，乡镇企业组建集团工作正式起步，至1994年，先后组建了压缩机、东海、东方、金珠林、东华等10余家企业集团公司。1994年，组建牟平县第一个国家级企业集团——新牟国际集团公司。1995年，山东海德、山东佳伟分别组建成国家级企业集团公司；山东九发、山东顺正等4家分别组建成省级企业集团公司；烟台恒兴、烟台永兴等3家分别组建成市级企业集团公司。至2000年，全区共组建企业集团44家，其中区属企业15家，镇村企业29家。企业集团中，国家级企业集团3家，省级企业集团13家，市级企业集团3家，区级企业集团25家。
上市公司 1996年11月，烟台新潮实业股份有限公司股票在上海证券交易所上市，是牟平第一家上市公司，也是全省第一家乡镇企业上市公司。首次上市流通股1400万股。1997年，该公司实施配股方案，配股比例为10配3，总股本增至14336.398万股。募集资金主要用于新牟电缆公司的技术改造及亚麻、棉麻织物新产品开发，使电缆产品及可利尔麻系列产品在全国市场上的占有率大幅度提高。2000年7月实施第二次配股方案，配股比例为10配2.3048，配售1826万多股，配股募集资金1.8亿多元，配股后总股本达20486.951万股。
1996年，新牟钢铁股份有限公司股票在山东省产权交易所挂牌交易，成为省内上柜较早的企业之一。1998年，该公司与养马岛秦皇体育娱乐中心、牟平区铸造厂、区建筑安装工程公司、区染料化学厂等企业实施资产重组，并更名为新牟股份有限公司。1999年6月，按照国家出台的“允许行业相同或相近的上市公司吸收合并资产质量好、有发展前途的挂牌公司”有关政策，新潮实业股份有限公司吸收合并了新牟股份有限公司。通过合并，新牟股份有限公司实现借“壳”上市。
1998年7月，山东九发食用菌股份有限公司股票在上海证券交易所上市。该公司由九发集团联合中国乡镇企业总公司共同发起募集设立。总股本12400万股，其中发起人股9200万股，社会公众股3200万股，上市首次发行2800万股。募集资金主要用于食用菌、生物制药、复合肥等产品开发，采取控股、参股、兼并等形式进行重组扩张。在北京、济南等地分别成立北京九发药业有限公司、山东格兰百克生物制药有限公司和山东九发药业有限公司等企业。通过资本运营，“九发股份”得以迅速膨胀和发展，成为集食用菌、果蔬、保健品、药业、生物有机肥等生产、销售于一体的大型综合公司。2000年配股募集资金2.4亿元，总股本达到20915.84万股。
兼并重组 牟平的企业兼并重组工作从1988年开始。1988～1994年实施兼并的企业有：烟台市水泥厂兼并牟平县第二水泥厂；烟台啤酒厂兼并牟平龙泉啤酒厂；县造纸厂兼并罐头厂；县棉纺厂兼并经编厂；商业大厦兼并副食品公司；五交化公司兼并糖茶酒公司；吉斯公司兼并国货公司；县服装公司兼并服装针织厂；发动机厂兼并纺织机械厂、农业机械厂、车辆厂等。1995年，区政府根据国家有关政策，制定《关于推进企业改组联合的意见》，明确企业兼并重组的有关政策：兼并亏损企业的，其亏损允许单独挂账，分期消化，允许用以后年度税前利润弥补亏损；一次性购买有困难的，可分期付款，一次性付款的优惠10%；兼并后亏损企业所得税三年内返还企业；利用企业资产进行改造的，缓缴城市综合开发费、教育费附加等。这些政策的出台，对企业兼并起到了积极作用。1995～2000年，实施兼并的企业有：耐腐蚀泵厂兼并拖拉机配件厂；百货公司兼并华侨供应服务公司；黄金冶炼厂兼并破产后的金牛山金矿；丽鹏包装有限责任公司兼并区社会福利公司和区橡塑制品厂等。
挂靠联合 1982年，牟平县按照调整企业组织结构和开展横向经济联合的要求，加大企业“外引内联”力度。1997年，区委、区政府按培植骨干抓改组、挂强联合找出路、放开放活小企业的思路，以盘活存量，优化增量，提高企业资产运营效益为目的，以资产为纽带，鼓励企业向区内外大企业挂靠联合，实施多元产权重组。1982～1994年，实施挂靠联合的企业主要有：新牟里村与呼和浩特机床厂，收获机厂与青海齿轮厂，县黄金公司与西安偏转线圈公司、韩国大宇公司。1995～2000年，实施挂靠联合的企业主要有：区塑料厂挂靠中国卷烟滤嘴材料有限公司、山东烟草宏发（集团）公司、山东将军烟草（集团）有限公司，四方出资 4428万元，组建山东牟平宏发卷烟滤材有限公司；牟平酿酒厂与三九集团、新牟国际集团挂靠联合，组建牟平三九昆嵛酒业有限公司；烟台化纤厂挂靠济南化纤总公司；牟平花莲食品有限公司挂靠山东省肉食蛋品进出口公司，花莲食品有限公司将其1372万元债权转为股权；牟平发动机厂先后挂靠莱阳动力机械总厂、济南轻骑（集团）有限公司；牟平食品厂挂靠北京光机电高科技产业有限公司；烟台耐腐蚀泵股份有限公司、牟平收获机厂挂靠山东鲁信国际经济股份有限公司。通过挂靠联合，拓展了企业的生存空间。
拍卖转让 1988年10月，牟平县对连续四年亏损的县采石场进行公开拍卖，以6.7万元卖给个体经营，是烟台市首家县办集体企业实行拍卖。1992年，建立企业产权公开拍卖市场，1993年2月22日，拍卖市场首批交易成功，县食品工业总公司所属的12处乡镇食品站产权易主。1996年下半年，山东海德集团对海德商场、海德建筑公司、海德包装公司等60家企业进行公开竞价转让，受让方可分期付款，10年内付清，转让金额计5.5亿多元。1998～1999年，镇办企业全面改制。大窑镇对大窑建筑公司、大昌公司等企业进行转让。高陵镇对毛巾厂等10处企业进行转让。玉林店镇对内燃机配件厂、水道镇金珠林金矿拍卖转让。山东蛤堆后贸工农集团公司对所属的冷风库、东山果树场等12处企业拍卖转让。其转让办法是：在企业资产评估的基础上，通过公开竞价的方式，将企业一次性卖给经营者。1998年5月，为探索放活小企业的途径，对区技术监督局所属的烟台市牟平电器仪表公司进行招标转让。1998～1999年，区、镇两级共转让企业50多家，转让产权收入3300多万元。
其他形式改革 在企业体制改革的探索中，根据企业的具体状况，还分别采用租赁、剥离、破产等形式。租赁，主要实行抵押租赁制，即在收取风险抵押金（或财产抵押）的情况下，将企业租赁给法人或自然人经营。1988年，对县钟表厂、造锁厂等企业实行租赁。1994年，县属企业实行租赁的有10家。1997年，推广蛤堆后村办企业实行风险抵押租赁和牟平客车运输公司实行单车租赁的经验。区化工厂、磷肥厂被东方冶炼股份有限公司整体租赁，富海集团公司租赁区丝绸厂，武宁镇小埠子村租赁区化肥厂。至1999年，区属企业实施租赁25家，镇村企业实施租赁430家。剥离是将困难企业中有活力的部分资产从其母体中分离出来，成立新的法人企业，以实现由部分活而至整体活的逐步过渡。1996年，牟平区食品集团公司对所属第二丝绸厂进行剥离。1997年，又按经营项目、业务性质、经营场地划分，将食品集团公司分离为食品公司、肉联厂、水产品加工厂、商业批发经营部4个法人企业。1998～1999年，进行林北盐场、牟平水产养殖公司等企业的内部剥离。对长期亏损、资不抵债的企业，实施依法破产。1994～1999年，区属企业先后有盐业绣品厂、盐业机械厂、金牛山金矿、牟平油厂、绣花厂等企业实施破产。至2000年，区属及镇办企业实施破产的55家。
四、企业领导体制改革
1984年，牟平县工业企业开始进行领导体制改革。至1987年底，全县工业企业全部实行厂长负责制，国营、集体企业厂长经理的任免，由过去的委任制改为聘任制。实行股份制改革后，公司的董事会成员、监事会成员由股东大会选举产生，董事长由董事选举产生，经理由董事会聘任，党委或支部成员与董事会、经理交叉任职。对未改制的企业厂长继续实行聘任制或由职工民主选举产生。1998年后，有区印刷厂、耐腐蚀泵厂、食品厂等企业实行职工民主选举厂长制度。
五、企业内部制度改革
企业普遍实行承包后，各企业改革原有的用工分配制度，在优化劳动组合、全员合同管理、工资工效挂钩等方面进行深入探索。1992年2月，县委、县政府制定《关于深化企业内部改革的实施办法》，对劳动人事制度、分配制度、岗位责任管理等方面改革作出明确要求，并在造锁厂等企业试点的基础上全面推广。牟平收获机械厂、电业集团公司等企业为加强对企业内部生产经营活动各个环节的考核、控制和管理，在实行二级核算的基础上，建立“厂内银行”，形成一套类似银行的结算体系，通过结算来反映记账、算账、报账和监督、控制、分析、考核生产经营活动每一个环节，划小核算单位，变企业内部“供给”关系为“买卖”关系，变无偿服务为“有偿服务”。牟平造锁厂、安装公司等企业在改革内部分配制度方面，结合企业经济责任制，按照“双挂钩一拉开”的原则，采取多种分配形式，实行计件、超定额计件、百分考核、结构工资等不同种类的工资制，把职工的收入同劳动贡献紧密联系起来，职工不再吃企业的“大锅饭”。“双挂钩一拉开”就是一线与经济效益挂钩，后勤机关与考评结果挂钩，适当拉开分配档次。 1991年，县体改委、财办印发《关于国营商业进行“四放开”试点工作的意见》，并在商业大厦进行“四放开”改革工作试点。具体内容是经营放开、价格放开、分配放开、用工放开。