一、办公室
1939年10月设立县委秘书科，1954年5月改称县委办公室。1967年2月受“文化大革命”冲击停止办公。1970年12月中共牟平县委恢复成立初期未设立工作机构，办公室职责先后由县革命委员会办公室和政治部办公室担任。1972年10月县委办公室恢复。1988年9月研究科撤销，设县委政策研究室。1990年成立保密局。1993年1月机要科改为机要局。同年11月机构改革时，撤销机要局、政策研究室、保密局。1995年1月县委办改称中共烟台市牟平区委办公室。1997年1月恢复政策研究室，与区委办合署办公。1999年12月设办公自动化管理中心。2000年办公室有工作人员31人。其主要职能：围绕区委各个时期的中心工作、对区委决议的贯彻落实情况进行调查研究，督促检查，及时提出建设性意见，为区委领导当好参谋和助手；负责区委工作的上呈下达、内外联系、文件起草、会议记录、会议安排、文书处理、机要保密、接待；协助指导全区的信访、档案工作等。
二、组织部
1939年5月设立县委组织科，1947年12月改称组织部。1969年10月县革委政治部组织组取代组织部，1975年8月撤销组织组，复设组织部。1995年1月更名为中共烟台市牟平区委组织部。2000年有工作人员18人。其主要职能：研究制定全区党的组织建设和干部队伍建设规划，指导检查基层组织建设和干部管理工作；负责领导班子的考察、任免、调配及后备干部的培养工作；负责干部培训、党员教育管理、发展党员及基层组织整顿和建设；负责党组织的统计、党费管理、干部档案管理，落实干部政策和知识分子政策，受理干部申诉和来信来访工作。
1984年12月，设立中共牟平县委组织员办公室，为县委所属职能部门，与县委组织部合署办公。主要负责发展党员工作。1993年11月撤销，1995年6月设中共烟台市牟平区委组织员办公室。
1990年10月，牟平县委党员电化教育中心成立。为副科级事业单位，1993年确定为正科级事业单位，1995年1月改称烟台市牟平区委党员电化教育中心。负责全区党员电化教育，编制10人，隶属区委组织部。
三、宣传部
1939年5月设立县委宣传科，1947年12月改称县委宣传部。1969年10月县革委政治部宣传组取代宣传部，1975年8月撤销宣传组，复设宣传部。1978年，宣传部设“五讲四美三热爱”办公室。1995年1月，改称中共烟台市牟平区委宣传部。同年11月，精神文明建设办公室设在宣传部。2000年，宣传部有工作人员13人。其主要职能：围绕党在各个时期的中心工作，组织全区党员、干部和群众学习马列主义、毛泽东思想、邓小平理论，进行党的路线、方针、政策的教育；宣传贯彻区委、区政府的重大决策；会同有关部门做好党员教育和党员干部培训工作；对新闻宣传、文化、广播电视、出版发行等部门进行业务指导；负责精神文明建设等。
四、统战部
1939年10月成立县委统一战线工作部，1958年11月撤销，1981年4月恢复，工作人员3人。1988年8月，县工商业联合会筹备组和县委对台工作办公室与统战部合署，有工作人员14人。1989年3月，县委对台工作办公室独立办公，工商联筹备组撤销，工商联合会成立。统战部实有工作人员8人。1993年11月，县委统战部增挂中共牟平县委台湾工作办公室、牟平县人民政府台湾事务办公室、牟平县人民政府侨务办公室、牟平县人民政府民族宗教事务办公室、牟平县工商业联合会、牟平县归国华侨联合会牌子并担负其职能，实有在编人员10人。1995年1月，县委统战部改称中共烟台市牟平区委统战部。辖山东养马岛海外联谊会会馆筹建处（副科级事业单位）。2000年有工作人员12人。负责民主党派、民主人士、民族事务、宗教事务、侨务、对台事务工作；协调统一战线内部各方面关系，团结各民主党派、各界人士和非党派群众合作共济，开展以祖国统一为重点的经济领域里的统战工作。
五、党校
1960年3月县委党员干部训练班改称县委党校，1967年停止工作，1973年1月恢复。1992年9月，党校定为中专体制，副县级单位。1994年1月，与牟平县行政学校实行一套机构，两块牌子。1995年1月改称中共烟台市牟平区委党校，2000年有教职工45人。负责全区乡镇、区直机关和农村基层党的领导干部的培训工作，有计划、有目的、分期分批地对干部进行马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和党的路线、方针、政策及党性教育等。
六、企业政治部
1984年3月设立县委企业政治部，1988年有工作人员12人，同年2月撤销。负责全县企业职工的思想政治和宣传教育工作；负责企业基层党组织建设和精神文明建设及纪检、工会等工作。
七、政法委员会
1956年8月设立县委政法部，1962年7月撤销。1983年1月，设立中共牟平县委政法委员会。1987年6月，由县纪委代管的县打击严重经济犯罪斗争领导小组办公室移交政法委管理，1991年7月政法委与县社会治安综合治理委员会办公室合署办公，1993年11月严打办和综治办撤销。1994年1月综治办恢复，仍与政法委合署办公，1995年1月，县政法委改称中共烟台市牟平区委政法委员会。2000年有工作人员10人。其职能：协调政法各部门的工作，研究处理政法工作中的重大问题和有争议、涉及面广的重大案件，抓好政法队伍建设等。
八、直属机关工作委员会
1956年11月设机关总支，1959年11月改称机关党委，1967年2月在文化大革命中受冲击瘫痪，1975年2月恢复，编制5人。1993年11月机关党委更名为中共牟平县直属机关工作委员会，编制7人。同时，县直属企业武装部（副科级）设在直属机关工委。1995年1月改称中共烟台市牟平区直属机关工作委员会。2000年有工作人员8人。直属机关工委所属6个总支，84个支部，2286名党员。负责区直机关基层党组织思想、党纪教育和组织、作风建设，促进区委指示、决议落实；负责区委直属机关纪检、共青团、妇女、人民武装部工作。
九、农村工作部
1956年12月设立，1967年2月撤销，1984年3月恢复。1992年有工作人员9人。负责农村教育、农村民主管理、驻村扶贫、干部挂职等工作。1993年11月农工部撤销。
十、档案馆（局）
1956年4月，牟平县委、县人委分别成立档案馆，1958年11月随撤县而撤销。1959年11月成立牟平县档案馆，1963年1月成立档案局，局、馆合署，由县委、县人委双重领导，1968年撤销。1971年11月县委办公室成立档案组，1980年4月，牟平县档案局、馆恢复，1984年3月改为县委办公室档案科，1985年10月恢复档案局、馆。1993年11月保留档案馆（县党史委、县志办与其合并），撤销档案局，其行政管理职能划归县委办公室。1994年7月，档案馆对外挂档案局牌子，档案行政管理职能由县委办公室移交档案局，1995年2月档案局正式恢复，1998年2月增挂区委党史研究室牌子。2000年有工作人员15人。其职能：制定本区档案工作长远规划和工作计划；组织、指导、监督和协调本区机关、事业、企业单位档案工作；根据国家规定监督全区各单位的重要档案向区档案馆移交；负责档案工作的定级、升级工作和档案信息的开发利用；负责地方党史研究和地方志编纂工作。
十一、信访局
1967年设立县革委接访组，1979年12月，接访组改为县委办公室信访科，1986年5月改称信访办公室，1988年8月改信访办公室为信访局，1993年11月改为信访办公室，1995年7月改称烟台市牟平区信访局。2000年有工作人员9人。其职能：在区委、区政府领导下调查处理信访案件，协助党政机关做好群众信访工作。
十二、党史资料征集研究委员会
1982年3月，牟平县党史资料征集工作领导小组成立，下设办公室，有工作人员4人。1986年2月，办公室改称党史资料征集研究委员会，编制8人。其职能：征集、整理和研究全县党组织在各个时期主要活动的资料；编辑出版党史书刊；开展党史宣传教育活动。1993年11月，党史委撤销，职能移交档案馆。
十三、老干部局
1983年9月，中共牟平县委老干部局成立，次年3月更名为老干部办公室，1985年2月复称老干部局，1993年11月撤销老干部局，成立老干部工作办公室，归口县委组织部管理。1995年6月，老干部工作办公室改称中共烟台市牟平区委老干部局，隶属区委。2000年，有工作人员8人。负责离休干部的管理、服务和安置工作；协同有关部门做好老干部的医疗保健工作；指导区直各部门和各镇老干部管理服务工作等。
十四、城乡一体化办公室
1987年，牟平南六乡经济开发工作领导小组成立，同时，农工部设农业综合开发办公室。1988年12月，牟平县城乡一体化办公室成立，隶属县委，工作人员7人。负责牟平南六乡（莒格庄、水道、刘家夼、王格庄、观水、埠西头）经济开发工作。1993年11月撤销。