80年代，环境保护依照“全面规划，合理布局，综合治理，化害为利，依靠群众，大家动手，保护环境，造福人民”的方针，对境内“三废”（废水、废气、固体废弃物）等进行综合治理。1988年开始，县政府按照市政府的要求以环境保护目标责任制的形式，连续组织实施了三个五年环境保护系统工程（“538”系统工程、CCP系统工程、IEQ系统工程），对重点领域、行业单位进行综合治理。至2000年，全区共投入环境保护资金33251.14万元，其中投入污染治理资金25449.54万元，投入城市环境建设资金7801.6万元。
一、工业污染治理
80年代初，牟平县开始对重点污染单位进行防治。1980年，县酒厂、造纸厂、印染厂等30多个单位，把锅炉改造成链条式，既减少对大气的污染，又节省了燃料。1981年，牟平磷肥厂筑1条长206米，宽4.5米，高5米的大坝储存废渣。1985年，县监测站监测厂矿企业单位2648个，其中有严重污染的118个，主要是电镀、锻打、丝绸、化工等企业。较严重污染的210个。继后，对有污染的企业进行了初步治理。1988～1992年，组织实施环境保护“538”系统工程。主要内容是：市长任期5年、县长任期3年，完成控制大气污染、控制噪声污染、保护饮用水源治理废水污染、加强固体废弃物的监督管理和开发利用、严格执行“三同时”、抓好农业生态环境管理、加强对排污费的管理、抓好环境监测科研工作等8项环境保护指标。为保证工程的顺利实施，县政府与有关责任部门、责任单位及有关乡镇政府签订责任书，各有关部门和乡镇与所属环境污染严重的单位签订责任书，确定污染治理时限，明确污染治理任务和相关责任。在环保部门的统一监督管理下，全县工业企业围绕治理污水、烟尘、噪声和工业固体废弃物污染，开展环境污染综合治理。先后完成县酒厂、染织厂、丝绸厂等排入小鱼鸟河工业污水的重点治理，完善了东关路、南北护城河和北关大街四大排污管网，共铺设管道6000多米，排水方沟1600米，使小鱼鸟河污染负荷除去率达84.94%。城区内新牟锻造厂等烟尘污染大户得到较好的解决，锅炉、窑炉、茶水炉和生活大灶，林格曼黑度达标率为96.43%，烟尘浓度达标率94.29%，气化率81.3%，热化率23.22%，城区大气环境质量达到二级标准。到1992年，全县共投入污染治理资金5179.74万元，治理污染源（点）178个，新增污水处理能力843.48万吨，减少烟尘粉尘排放量3.34万吨。经市政府考核，牟平县实施“538”环境保护系统工程总成绩列全市第一。
1993～1997年，组织实施“全面控制环境污染”系统工程（CCP系统工程）。在治理中对老企业进行严格监督管理，突出重点工业污染源治理。五年间，全区共治理超标排污的企业74个，新上污染处理设施20台（套），关停、搬迁或转产严重污染的企业13个。牟平造锁厂、啤酒厂、黄金冶炼厂等污染大户得到有效治理。共投入环境保护资金25471.4万元，其中用于城市环境建设资金7801.6万元，用于污染治理资金17669.8万元。主要污染物废水中的化学需氧量、悬浮物排放总量、大气中的总悬浮微粒、二氧化硫浓度保持在1992年水平上，全区整体环境污染发展趋势得到控制。
1998年，开始组织实施“全面改善环境质量”系统工程（IEQ系统工程）。牟平造纸厂共投入污染治理资金2000多万元，牟平热电厂投资600万元对全部机组进行消烟除尘改造。至2000年，全区52家主要工业污染企业全部得到治理，并实现达标排放。污染负荷大幅度削减，化学需氧量、二氧化硫、烟尘、粉尘等12种主要污染物排放总量控制在烟台市政府下达的允许排放指标以内。治理后，全区年少排化学需氧量4817吨、烟尘1358吨、二氧化硫1084吨；固体废弃物全部按规定要求综合利用、贮存和处置。工业废水排放达标率、工业固体废物综合利用率和环境噪声达标区覆盖率等环境指标均达到国家环保模范城市考核标准。
二、新污染源控制
90年代前，保护环境侧重于污染产生后的末端治理，进入90年代，环境保护的重点转移到污染预防上来。
建设项目“三同时”管理根据国务院颁布的《建设项目环境保护管理条例》，1988年以后，牟平区（县）制定了《建设项目环境管理程序》等地方规范性文件。环保部门在建设项目管理过程中，会同有关部门，严把项目审批关和竣工验收关。对报批的建设项目，首先进行环境影响评价，根据项目的产品、生产规模、采用工艺、使用原材料、能源消耗、采取的污染治理措施等基本情况，预估出可能产生的污染物及排放数量，初步确定可能对环境产生的污染危害情况，然后根据项目建设地点的环境质量要求和环境容量，确定建设项目在环境保护方面是否可行。对不利于经济社会持续发展的建设项目不批，不符合污染物排放总量控制要求的不批，不依法进行环境影响评价的不批。对于已经建成的项目，严格按照环境保护的标准进行验收，对达不到要求的建设项目不得投入生产，确保项目投产后所排放的污染物达到国家标准和总量控制要求，避免对环境造成影响。通过加强建设项目“三同时”（即建设项目的污染防治设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用）管理，至2000年，全区建设项目环境影响评价制度执行率达到100%，“三同时”执行合格率达到95%以上，改变了以往先污染后治理的现象，有效地控制新污染源的产生。
推行清洁生产清洁生产是以环境与经济协调发展为指导思想，以节能、降耗、减污为总体目标，以良好的企业管理、合理的工艺改进、有效的物料平衡及原材料的综合利用为手段，实现工业生产全过程控制污染，最大限度地提高原材料的利用率，减少污染物的产生量，避免对环境造成污染。境内推行清洁生产始于1993年。同年10月，县造锁总厂被国家环境保护局定为清洁生产示范工程首批试点企业。1994年2月，该企业又被国家环境保护局和联合国环境规划署工业与环境办公室列为世界银行中国环境技术援助项目：推进中国清洁生产示范单位。该企业成立了清洁生产领导小组，组织培训人员，制定清洁生产进度计划，对电镀分厂进行污染物审计，提出削减污染物的无费、低费和高费方案，并组织实施。期间，国内电镀工艺专家周仲凡高级工程师（北京电镀总厂总工程师）、中国科学院张久根研究员和联合国环境规划署特派的外国专家多次到县造锁总厂电镀分厂指导清洁生产工作。1994年底，企业顺利通过国家环境保护局和联合国环境规划署工业与环境办公室特派专家的验收。1997年6月，在全区电镀行业推行清洁生产，实施被国家科技部列为国家社会发展综合试验区可持续发展示范工程的“电镀业清洁生产工艺与技术的综合研究及应用示范”项目。通过采用清洁生产综合技术，全区电镀废水排放量减少90%，废水中污染物减少95%。2000年，环保部门把推行工业企业清洁生产列入每年的年度计划，企业分批推行清洁生产。