明洪武二年(1369)，调莱州卫左千户所于宁海州。洪武十年(1377)升为宁海卫，辖原戍军，更增补。后陆续建起左、右、中、前、后五所。宁海卫有指挥18人，指挥使1人，同知2人，签事4人，镇抚2人；每个千户所有正副千户2人，镇抚2人；50个百户所，每所有百户1人。宁海卫共有卫官79人，军余5000人。
宁海卫左所为金山备御千户所，在县东北20公里(今姜格庄镇金山寨)，内有千户5人，百户10人，守城军余28人，守墩军余15人，守堡军余2人。
宁海卫后所为清泉备御百户所，在县西北20公里(今芝罘区初家镇清泉寨)。分设百户3人，守城军余,15人，守墩军余6人，守堡军余2人。
宁海卫奇山千户所，明洪武三十一年(1398)，倭寇袭宁海后增置。分设百户和守城、守墩、守堡。军余员额不详。
此外，还有驻宁京操军、捕倭军、守城军、种屯军、守墩军、守堡军。京操军包括春戍538人，秋戍1127人，定期戍边防倭。捕倭军包括登州营62人，文登营292人驻宁防倭。守城军余1210人，日夜扼守城门，进行城内巡逻。种屯军余391人，专事屯田，种田1.55万亩。守墩军余18人。守堡军余24人。